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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24468 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of apo-state of human CNGA3/CNGB3 channel | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / axon initial segment / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium channel activity / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / glial cell projection ...inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / axon initial segment / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium channel activity / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / glial cell projection / response to magnesium ion / ligand-gated monoatomic ion channel activity / cGMP binding / photoreceptor outer segment / transmembrane transporter complex / response to cAMP / visual perception / calcium channel activity / perikaryon / cadherin binding / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng X / Yang J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structure of the human cone photoreceptor cyclic nucleotide-gated channel. 著者: Xiangdong Zheng / Zhengshan Hu / Huan Li / Jian Yang / 要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce light-induced chemical signals into electrical signals in retinal cone and rod photoreceptors. Structures of native CNG channels, which are ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce light-induced chemical signals into electrical signals in retinal cone and rod photoreceptors. Structures of native CNG channels, which are heterotetramers formed by CNGA and CNGB subunits, have not been obtained. In the present study, we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of the human cone CNG channel in the apo closed state. The channel contains three CNGA3 and one CNGB3 subunits. Arg403 in the pore helix of CNGB3 projects into an asymmetric selectivity filter and forms hydrogen bonds with two pore-lining backbone carbonyl oxygens. Arg442 in S6 of CNGB3 protrudes into and occludes the pore below the hydrophobic cavity gate previously observed in homotetrameric CNGA channels. It is interesting that Arg403Gln is a disease mutation, and Arg442 is replaced by glutamine in some animal species with dichromatic or monochromatic vision. These and other unique structural features and the disease link conferred by CNGB3 indicate a critical role of CNGB3 in shaping cone photoresponses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24468.map.gz | 168 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24468-v30.xml emd-24468.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24468.png | 164.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24468 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24468 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24468_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24468_full_validation.pdf.gz | 440.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24468_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24468_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24468 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24468 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8247 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA...
全体 | 名称: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3 |
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要素 |
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-超分子 #1: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA...
超分子 | 名称: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 80.233195 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPGSMAKINT QYSHPSRTHL KVKTSDRDLN RAENGLSRAH SSSEETSSVL QPGIAMETRG LADSGQGSFT GQGIARLSRL IFLLRRWAA RHVHHQDQGP DSFPDRFRGA ELKEVSSQES NAQANVGSQE PADRGRSAWP LAKCNTNTSN NTEEEKKTKK K DAIVVDPS ...文字列: GPGSMAKINT QYSHPSRTHL KVKTSDRDLN RAENGLSRAH SSSEETSSVL QPGIAMETRG LADSGQGSFT GQGIARLSRL IFLLRRWAA RHVHHQDQGP DSFPDRFRGA ELKEVSSQES NAQANVGSQE PADRGRSAWP LAKCNTNTSN NTEEEKKTKK K DAIVVDPS SNLYYRWLTA IALPVFYNWY LLICRACFDE LQSEYLMLWL VLDYSADVLY VLDVLVRART GFLEQGLMVS DT NRLWQHY KTTTQFKLDV LSLVPTDLAY LKVGTNYPEV RFNRLLKFSR LFEFFDRTET RTNYPNMFRI GNLVLYILII IHW NACIYF AISKFIGFGT DSWVYPNISI PEHGRLSRKY IYSLYWSTLT LTTIGETPPP VKDEEYLFVV VDFLVGVLIF ATIV GNVGS MISNMNASRA EFQAKIDSIK QYMQFRKVTK DLETRVIRWF DYLWANKKTV DEKEVLKSLP DKLKAEIAIN VHLDT LKKV RIFQDCEAGL LVELVLKLRP TVFSPGDYIC KKGDIGKEMY IINEGKLAVV ADDGVTQFVV LSDGSYFGEI SILNIK GSK SGNRRTANIR SIGYSDLFCL SKDDLMEALT EYPEAKKALE EKGRQILMKD NLIDEELARA GADPKDLEEK VEQLGSS LD TLQTRFARLL AEYNATQMKM KQRLSQLESQ VKGGGDKPLA DGEVPGDATK TEDKQQDYKD DDDK |
-分子 #2: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 95.450758 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGSWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSFKSLTKV NKVKPIGENN ENEQSSRRNE EGSHPSNQSQ QTTAQEENKG EEKSLKTKS TPVTSEEPHT NIQDKLSKKN SSGDLTTNPD PQNAAEPTGT VPEQKEMDPG KEGPNSPQNK PPAAPVINEY A DAQLHNLV ...文字列: MGSWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSFKSLTKV NKVKPIGENN ENEQSSRRNE EGSHPSNQSQ QTTAQEENKG EEKSLKTKS TPVTSEEPHT NIQDKLSKKN SSGDLTTNPD PQNAAEPTGT VPEQKEMDPG KEGPNSPQNK PPAAPVINEY A DAQLHNLV KRMRQRTALY KKKLVEGDLS SPEASPQTAK PTAVPPVKES DDKPTEHYYR LLWFKVKKMP LTEYLKRIKL PN SIDSYTD RLYLLWLLLV TLAYNWNCCF IPLRLVFPYQ TADNIHYWLI ADIICDIIYL YDMLFIQPRL QFVRGGDIIV DSN ELRKHY RTSTKFQLDV ASIIPFDICY LFFGFNPMFR ANRMLKYTSF FEFNHHLESI MDKAYIYRVI RTTGYLLFIL HINA CVYYW ASNYEGIGTT RWVYDGEGNE YLRCYYWAVR TLITIGGLPE PQTLFEIVFQ LLNFFSGVFV FSSLIGQMRD VIGAA TANQ NYFRACMDDT IAYMNNYSIP KLVQKRVRTW YEYTWDSQRM LDESDLLKTL PTTVQLALAI DVNFSIISKV DLFKGC DTQ MIYDMLLRLK SVLYLPGDFV CKKGEIGKEM YIIKHGEVQV LGGPDGTKVL VTLKAGSVFG EISLLAAGGG NRRTANV VA HGFANLLTLD KKTLQEILVH YPDSERILMK KARVLLKQKA KTAEATPPRK DLALLFPPKE ETPKLFKTLL GGTGKASL A RLLKLKREQA AQKKENSEGG EEEGKENEDK QKENEDKQKE NEDKGKENED KDKGREPEEK PLDRPECTAS PIAVEEEPH SVRRTVLPRG TSRQSLIISM APSAEGGEEV LTIEVKEKAK Q |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.58 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 57.63 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |