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万見
- EMDB-23901: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23901
タイトルEscherichia coli RNA polymerase elongation complex
マップデータRNA polymerase elongation complex
試料
  • 複合体: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (29-MER)
    • RNA: RNA (20-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine
キーワードRNAP recycling / RapA / Post-Termination Complex / PTC / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Qayyum MZ / Murakami KS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM087350 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM131860 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Structural basis of RNA polymerase recycling by the Swi2/Snf2 family of ATPase RapA in Escherichia coli.
著者: M Zuhaib Qayyum / Vadim Molodtsov / Andrew Renda / Katsuhiko S Murakami /
要旨: After transcription termination, cellular RNA polymerases (RNAPs) are occasionally trapped on DNA, impounded in an undefined post-termination complex (PTC), limiting the free RNAP pool and ...After transcription termination, cellular RNA polymerases (RNAPs) are occasionally trapped on DNA, impounded in an undefined post-termination complex (PTC), limiting the free RNAP pool and subsequently leading to inefficient transcription. In Escherichia coli, a Swi2/Snf2 family of ATPase called RapA is known to be involved in countering such inefficiency through RNAP recycling; however, the precise mechanism of this recycling is unclear. To better understand its mechanism, here we determined the structures of two sets of E. coli RapA-RNAP complexes, along with the RNAP core enzyme and the elongation complex, using cryo-EM. These structures revealed the large conformational changes of RNAP and RapA upon their association that has been implicated in the hindrance of PTC formation. Our results along with DNA-binding assays reveal that although RapA binds RNAP away from the DNA-binding main channel, its binding can allosterically close the RNAP clamp, thereby preventing its nonspecific DNA binding and PTC formation. Taken together, we propose that RapA acts as a guardian of RNAP by which RapA prevents nonspecific DNA binding of RNAP without affecting the binding of promoter DNA recognition σ factor, thereby enhancing RNAP recycling.
履歴
登録2021年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mko
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23901.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA polymerase elongation complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.11104618 - 0.20369841
平均 (標準偏差)-0.000004471961 (±0.0057646646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 343.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z343.200343.200343.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.1110.204-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli RNA polymerase elongation complex

全体名称: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex
要素
  • 複合体: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (29-MER)
    • RNA: RNA (20-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine

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超分子 #1: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex

超分子名称: Escherichia coli RNA polymerase elongation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 26.21383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 150.590547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: YSYTEKKRIR KDFGKRPQVL DVPYLLSIQL DSFQKFIEQD PEGQYGLEAA FRSVFPIQSY SGNSELQYVS YRLGEPVFDV QECQIRGVT YSAPLRVKLR LVIYEREAPE GTVKDIKEQE VYMGEIPLMT DNGTFVINGT ERVIVSQLHR SPGVFFDSDK G KTHSSGKV ...文字列:
YSYTEKKRIR KDFGKRPQVL DVPYLLSIQL DSFQKFIEQD PEGQYGLEAA FRSVFPIQSY SGNSELQYVS YRLGEPVFDV QECQIRGVT YSAPLRVKLR LVIYEREAPE GTVKDIKEQE VYMGEIPLMT DNGTFVINGT ERVIVSQLHR SPGVFFDSDK G KTHSSGKV LYNARIIPYR GSWLDFEFDP KDNLFVRIDR RRKLPATIIL RALNYTTEQI LDLFFEKVIF EIRDNKLQME LV PERLRGE TASFDIEANG KVYVEKGRRI TARHIRQLEK DDVKLIEVPV EYIAGKVVAK DYIDESTGEL ICAANMELSL DLL AKLSQS GHKRIETLFT NDLDHGPYIS ETLRVDPTND RLSALVEIYR MMRPGEPPTR EAAESLFENL FFSEDRYDLS AVGR MKFNR SLLREEIEGS GILSKDDIID VMKKLIDIRN GKGEVDDIDH LGNRRIRSVG EMAENQFRVG LVRVERAVKE RLSLG DLDT LMPQDMINAK PISAAVKEFF GSSQLSQFMD QNNPLSEITH KRRISALGPG GLTRERAGFE VRDVHPTHYG RVCPIE TPE GPNIGLINSL SVYAQTNEYG FLETPYRKVT DGVVTDEIHY LSAIEEGNYV IAQANSNLDE EGHFVEDLVT CRSKGES SL FSRDQVDYMD VSTQQVVSVG ASLIPFLEHD DANRALMGAN MQRQAVPTLR ADKPLVGTGM ERAVAVDSGV TAVAKRGG V VQYVDASRIV IKVNEDEMYP GEAGIDIYNL TKYTRSNQNT CINQMPCVSL GEPVERGDVL ADGPSTDLGE LALGQNMRV AFMPWNGYNF EDSILVSERV VQEDRFTTIH IQELACVSRD TKLGPEEITA DIPNVGEAAL SKLDESGIVY IGAEVTGGDI LVGKVTPKG ETQLTPEEKL LRAIFGEKAS DVKDSSLRVP NGVSGTVIDV QVFTRDGVEK DKRALEIEEM QLKQAKKDLS E ELQILEAG LFSRIRAVLV AGGVEAEKLD KLPRDRWLEL GLTDEEKQNQ LEQLAEQYDE LKHEFEKKLE AKRRKITQGD DL APGVLKI VKVYLAVKRR IQPGDKMAGR HGNKGVISKI NPIEDMPYDE NGTPVDIVLN PLGVPSRMNI GQILETHLGM AAK GIGDKI NAMLKQQQEV AKLREFIQRA YDLGADVRQK VDLSTFSDEE VMRLAENLRK GMPIATPVFD GAKEAEIKEL LKLG DLPTS GQIRLYDGRT GEQFERPVTV GYMYMLKLNH LVDDKMHARS TGSYSLVTQQ PLGGKAQFGG QRFGEMEVWA LEAYG AAYT LQEMLTVKSD DVNGRTKMYK NIVDGNHQME PGMPESFNVL LKEIRSLGIN IELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 150.865766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: TEEFDAIKIA LASPDMIRSW SFGEVKKPET INYRTFKPER DGLFCARIFG PVKDYECLCG KYKRLKHRGV ICEKCGVEVT QTKVRRERM GHIELASPTA HIWFLKSLPS RIGLLLDMPL RDIERVLYFE SYVVIEGGMT NLERQQILTE EQYLDALEEF G DEFDAKMG ...文字列:
TEEFDAIKIA LASPDMIRSW SFGEVKKPET INYRTFKPER DGLFCARIFG PVKDYECLCG KYKRLKHRGV ICEKCGVEVT QTKVRRERM GHIELASPTA HIWFLKSLPS RIGLLLDMPL RDIERVLYFE SYVVIEGGMT NLERQQILTE EQYLDALEEF G DEFDAKMG AEAIQALLKS MDLEQECEQL REELNETNSE TKRKKLTKRI KLLEAFVQSG NKPEWMILTV LPVLPPDLRP LV PLDGGRF ATSDLNDLYR RVINRNNRLK RLLDLAAPDI IVRNEKRMLQ EAVDALLDNG RRGRAITGSN KRPLKSLADM IKG KQGRFR QNLLGKRVDY SGRSVITVGP YLRLHQCGLP KKMALELFKP FIYGKLELRG LATTIKAAKK MVEREEAVVW DILD EVIRE HPVLLNRAPT LHRLGIQAFE PVLIEGKAIQ LHPLVCAAYN ADFDGDQMAV HVPLTLEAQL EARALMMSTN NILSP ANGE PIIVPSQDVV LGLYYMTRDC VNAKGEGMVL TGPKEAERLY RSGLASLHAR VKVRITEYEK DANGELVAKT SLKDTT VGR AILWMIVPKG LPYSIVNQAL GKKAISKMLN TCYRILGLKP TVIFADQIMY TGFAYAARSG ASVGIDDMVI PEKKHEI IS EAEAEVAEIQ EQFQSGLVTA GERYNKVIDI WAAANDRVSK AMMDNLQTET VINRDGQEEK QVSFNSIYMM ADSGARGS A AQIRQLAGMR GLMAKPDGSI IETPITANFR EGLNVLQYFI STHGARKGLA DTALKTANSG YLTRRLVDVA QDLVVTEDD CGTHEGIMMT PVIEGGDVKE PLRDRVLGRV TAEDVLKPGT ADILVPRNTL LHEQWCDLLE ENSVDAVKVR SVVSCDTDFG VCAHCYGRD LARGHIINKG EAIGVIAAQS IGEPGTQLTM RTFHIGGAAS RAAAESSIQV KNKGSIKLSN VKSVVNSSGK L VITSRNTE LKLIDEFGRT KESYKVPYGA VLAKGDGEQV AGGETVANWD PHTMPVITEV SGFVRFTDMI DGQTITRQTD EL TGLSSLV VLDSAERTAG GKDLRPALKI VDAQGNDVLI PGTDMPAQYF LPGKAIVQLE DGVQISSGDT LARIPQESGG TKD ITGGLP RVADLFEARR PKEPAILAEI SGIVSFGKET KGKRRLVITP VDGSDPYEEM IPKWRQLNVF EGERVERGDV ISDG PEAPH DILRLRGVHA VTRYIVNEVQ DVYRLQGVKI NDKHIEVIVR QMLRKATIVN AGSSDFLEGE QVEYSRVKIA NRELE ANGK VGATYSRDLL GITKASLATE SFISAASFQE TTRVLTEAAV AGKRDELRGL KENVIVGRLI PAGTGYAYHQ DRMRRR AAG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #5: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 8.840689 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #7: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 8.813646 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #6: RNA (20-MER)

分子名称: RNA (20-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 3.625242 KDa
配列文字列:
GCGGAGAGGU A

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}pho...

分子名称: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: 2TM
分子量理論値: 481.184 Da
Chemical component information

ChemComp-2TM:
5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine / 5′-シチジルオキシホスホニルメチルホスホニルオキシホスホン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 256565
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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