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- EMDB-23808: Structure of the phosphoinositide 3-kinase p110 gamma (PIK3CG) p1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23808
タイトルStructure of the phosphoinositide 3-kinase p110 gamma (PIK3CG) p101 (PIK3R5) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5
キーワードPI3K / p110 / PIK3CG / PIK3R5 / p101 / phosphoinositide 3-kinase / PIP3 / IMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport ...: / secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5/6 / Phosphoinositide 3-kinase gamma adapter protein p101 subunit / PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. ...Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5/6 / Phosphoinositide 3-kinase gamma adapter protein p101 subunit / PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Burke JE / Dalwadi U / Rathinaswamy MK / Yip CK
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)168998 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: HDX-MS-optimized approach to characterize nanobodies as tools for biochemical and structural studies of class IB phosphoinositide 3-kinases.
著者: Manoj K Rathinaswamy / Kaelin D Fleming / Udit Dalwadi / Els Pardon / Noah J Harris / Calvin K Yip / Jan Steyaert / John E Burke /
要旨: There is considerable interest in developing antibodies as modulators of signaling pathways. One of the most important signaling pathways in higher eukaryotes is the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) ...There is considerable interest in developing antibodies as modulators of signaling pathways. One of the most important signaling pathways in higher eukaryotes is the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathway, which plays fundamental roles in growth, metabolism, and immunity. The class IB PI3K, PI3Kγ, is a heterodimeric complex composed of a catalytic p110γ subunit bound to a p101 or p84 regulatory subunit. PI3Kγ is a critical component in multiple immune signaling processes and is dependent on activation by Ras and G protein-coupled receptors (GPCRs) to mediate its cellular roles. Here we describe the rapid and efficient characterization of multiple PI3Kγ binding single-chain camelid nanobodies using hydrogen-deuterium exchange (HDX) mass spectrometry (MS) for structural and biochemical studies. We identify nanobodies that stimulated lipid kinase activity, block Ras activation, and specifically inhibited p101-mediated GPCR activation. Overall, our work reveals insight into PI3Kγ regulation and identifies sites that may be exploited for therapeutic development.
履歴
登録2021年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7mez
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23808.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-3.5281403 - 7.714876
平均 (標準偏差)-0.002197762 (±0.1345252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 317.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z317.700317.700317.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-3.5287.715-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody

全体名称: Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody
要素
  • 複合体: Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

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超分子 #1: Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody

超分子名称: Ternary complex of p110 gamma with p101 and a p101 binding nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Nanobody binds to GBD domain, but was too fleixble to be built in the atomic model
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit ...

分子名称: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 126.627406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MELENYKQPV VLREDNCRRR RRMKPRSAAA SLSSMELIPI EFVLPTSQRK CKSPETALLH VAGHGNVEQM KAQVWLRALE TSVAADFYH RLGPHHFLLL YQKKGQWYEI YDKYQVVQTL DCLRYWKATH RSPGQIHLVQ RHPPSEESQA FQRQLTALIG Y DVTDVSNV ...文字列:
MELENYKQPV VLREDNCRRR RRMKPRSAAA SLSSMELIPI EFVLPTSQRK CKSPETALLH VAGHGNVEQM KAQVWLRALE TSVAADFYH RLGPHHFLLL YQKKGQWYEI YDKYQVVQTL DCLRYWKATH RSPGQIHLVQ RHPPSEESQA FQRQLTALIG Y DVTDVSNV HDDELEFTRR GLVTPRMAEV ASRDPKLYAM HPWVTSKPLP EYLWKKIANN CIFIVIHRST TSQTIKVSPD DT PGAILQS FFTKMAKKKS LMDIPESQSE QDFVLRVCGR DEYLVGETPI KNFQWVRHCL KNGEEIHVVL DTPPDPALDE VRK EEWPLV DDCTGVTGYH EQLTIHGKDH ESVFTVSLWD CDRKFRVKIR GIDIPVLPRN TDLTVFVEAN IQHGQQVLCQ RRTS PKPFT EEVLWNVWLE FSIKIKDLPK GALLNLQIYC GKAPALSSKA SAESPSSESK GKVQLLYYVN LLLIDHRFLL RRGEY VLHM WQISGKGEDQ GSFNADKLTS ATNPDKENSM SISILLDNYC HPIALPKHQP TPDPEGDRVR AEMPNQLRKQ LEAIIA TDP LNPLTAEDKE LLWHFRYESL KHPKAYPKLF SSVKWGQQEI VAKTYQLLAR REVWDQSALD VGLTMQLLDC NFSDENV RA IAVQKLESLE DDDVLHYLLQ LVQAVKFEPY HDSALARFLL KRGLRNKRIG HFLFWFLRSE IAQSRHYQQR FAVILEAY L RGCGTAMLHD FTQQVQVIEM LQKVTLDIKS LSAEKYDVSS QVISQLKQKL ENLQNSQLPE SFRVPYDPGL KAGALAIEK CKVMASKKKP LWLEFKCADP TALSNETIGI IFKHGDDLRQ DMLILQILRI MESIWETESL DLCLLPYGCI STGDKIGMIE IVKDATTIA KIQQSTVGNT GAFKDEVLNH WLKEKSPTEE KFQAAVERFV YSCAGYCVAT FVLGIGDRHN DNIMITETGN L FHIDFGHI LGNYKSFLGI NKERVPFVLT PDFLFVMGTS GKKTSPHFQK FQDICVKAYL ALRHHTNLLI ILFSMMLMTG MP QLTSKED IEYIRDALTV GKNEEDAKKY FLDQIEVCRD KGWTVQFNWF LHLVLGIKQG EKHSA

UniProtKB: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform

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分子 #2: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 97.471805 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAGTMQPGAT TCTEDRIQHA LERCLHGLSL SRRSTSWSAG LCLNCWSLQE LVSRDPGHFL ILLEQILQKT REVQEKGTYD LLAPLALLF YSTVLCTPHF PPDSDLLLKA ARTYHRFLTW PVPYCSICQE LLTFIDAELK APGISYQRLV RAEQGLSTRS H RSSTVTVL ...文字列:
GAGTMQPGAT TCTEDRIQHA LERCLHGLSL SRRSTSWSAG LCLNCWSLQE LVSRDPGHFL ILLEQILQKT REVQEKGTYD LLAPLALLF YSTVLCTPHF PPDSDLLLKA ARTYHRFLTW PVPYCSICQE LLTFIDAELK APGISYQRLV RAEQGLSTRS H RSSTVTVL LLNPVEVQAE FLDVADKLST PGPSPHSAYI TLLLHAFQAT FGAHCDLSGL HRRLQSKTLA ELEAIFTETA EA QELASGI GDAAEARQWL RTKLQAVGEK AGFPGVLDTA KPGKLRTIPI PVARCYTYSW NQDSFDILQE ILLKEQELLQ PEI LDDEED EDEEDEEEDL DADGHCAERD SVLSTGSAAS HASTLSLASS QASGPTLSRQ LLTSFVSGLS DGVDSGYMED IEES AYERP RRPGGHERRG HRRPGQKFNR IYKLFKSTSQ MVLRRDSRSL EGSPDSGPPL RRAGSLCSPL DSPTLPPSRA QRSRS LPQP KLSPQLPGWL LAPASRHQRR RPFLSGDEDP KASTLRVVVF GSDRISGKVA RAYSNLRRLE NNRPLLTRFF KLQFFY VPV KRSRGTGTPT SPAPRSQTPP LPTDAPRHPG PAELGAAPWE ESTNDISHYL GMLDPWYERN VLGLMHLPPE VLCQSLK AE PRPLEGSPAQ LPILADMLLY YCRFAARPVL LQVYQTELTF ITGEKTTEIF IHSLELGHSA ATRAIKASGP GSKRLGID G DREAVPLTLQ IIYSKGAISG RSRWSNMEKL CTSVNLSKAC RQQEELDSST EALTLNLTEV VKRQTPKSKK GFNQISTSQ IKVDKVQIIG SNSCPFAVCL DQDERKILQS VIRCEVSPCY KPEKSSLCPP PQRPSYPPAP ATPDLCSLLC LPIMTFSGAL P

UniProtKB: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTrisHClTris(hydroxymethyl)aminomethane-Hydrochloric acid
100.0 mMNaClSodium Chloride
50.0 mM(NH4)2SO4Ammonium Sulfate
0.5 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine

詳細: Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
詳細: Glow discharged using the Pelco EasiGlow. 15mA Current.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5s blot time, -5 blot force.
詳細Specimen was a 1:1:1 molar ratio of p110g-p101-nanobody, purified to homogeneity by gel filtration.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6808 / 平均電子線量: 36.4 e/Å2
詳細: Movies were collected in super-resolution mode set to collect 3 shots per grid hole over 9 holes by beam-shift before applying a stage shift.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All data processing carried out using cryoSPARC v2.18 or newer. Movies were subjected to patch motion correction and 2x2 binning. CTFs of the resulting micrographs were estimated using patch CTF estimation. Template picking using 2D averages low-pass filtered to 20A was carried out before 1 round of 2D and 1 round of 3D classification. Best particles were refined by local motion correction, then subjected to 1 more round of 3D classification. Best class/particles were refined by homogeneous refinement, followed by CTF/defocus refinement and a final non-uniform refinement step.
粒子像選択選択した数: 3762631
詳細: Particles were picked using the cryoSPARC template picker
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction with 2 classes
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 詳細: cryoSPARC local refinement job (L) from v3.0 / 使用した粒子像数: 320179
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 詳細: cryoSPARC SGD-based ab intio reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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