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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23719 | |||||||||
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タイトル | EBOV GP bound to rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs | |||||||||
マップデータ | Mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) in complex with rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / Virion spike glycoprotein / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ebola virus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Pan-ebolavirus protective therapy by two multifunctional human antibodies. 著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Robert W Cross / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Seth J Zost / Rachel S Nargi / ...著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Robert W Cross / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Seth J Zost / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Naveenchandra Suryadevara / Robin G Bombardi / Robert H Carnahan / Alexander Bukreyev / Thomas W Geisbert / Andrew B Ward / James E Crowe / 要旨: Ebolaviruses cause a severe and often fatal illness with the potential for global spread. Monoclonal antibody-based treatments that have become available recently have a narrow therapeutic spectrum ...Ebolaviruses cause a severe and often fatal illness with the potential for global spread. Monoclonal antibody-based treatments that have become available recently have a narrow therapeutic spectrum and are ineffective against ebolaviruses other than Ebola virus (EBOV), including medically important Bundibugyo (BDBV) and Sudan (SUDV) viruses. Here, we report the development of a therapeutic cocktail comprising two broadly neutralizing human antibodies, rEBOV-515 and rEBOV-442, that recognize non-overlapping sites on the ebolavirus glycoprotein (GP). Antibodies in the cocktail exhibited synergistic neutralizing activity, resisted viral escape, and possessed differing requirements for their Fc-regions for optimal in vivo activities. The cocktail protected non-human primates from ebolavirus disease caused by EBOV, BDBV, or SUDV with high therapeutic effectiveness. High-resolution structures of the cocktail antibodies in complex with GP revealed the molecular determinants for neutralization breadth and potency. This study provides advanced preclinical data to support clinical development of this cocktail for pan-ebolavirus therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23719.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23719-v30.xml emd-23719.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23719_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23719.png | 111.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23719 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23719 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23719_validation.pdf.gz | 353.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23719_full_validation.pdf.gz | 353.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23719_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23719_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23719 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23719 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) in complex with rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) bound to...
全体 | 名称: Complex of mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) bound to rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) bound to...
超分子 | 名称: Complex of mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) bound to rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Virion spike glycoprotein 1
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 34.978613 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKR WGFRSGVPPK VVNYEAGEWA ENCYNLEIKK PDGSECLPAA PDGIRGFPRC RYVHKVSGTG PCAGDFAFHK E GAFFLYDR ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKR WGFRSGVPPK VVNYEAGEWA ENCYNLEIKK PDGSECLPAA PDGIRGFPRC RYVHKVSGTG PCAGDFAFHK E GAFFLYDR LASTVIYRGT TFAEGVVAFL ILPQAKKDFF SSHPLREPVN ATEDPSSGYY STTIRYQATG FGTNETEYLF EV DNLTYVQ LESRFTPQFL LQLNETIYAS GKRSNTTGKL IWKVNPEIDT TIGEWAFWET KKNLTRKIRS EELSFT |
-分子 #2: rEBOV-442 Fab heavy chain
分子 | 名称: rEBOV-442 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.179199 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCTGSGGTGF TFKYAGMSWV RQAPGKGPEW IGRIKSRIDG GTTDYAAPVK DRFIVSRDDS RNTLYLQMN SLKTEDTAVY YCATGSGKGP SASFGESYYY YDFINVWGKG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY ...文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCTGSGGTGF TFKYAGMSWV RQAPGKGPEW IGRIKSRIDG GTTDYAAPVK DRFIVSRDDS RNTLYLQMN SLKTEDTAVY YCATGSGKGP SASFGESYYY YDFINVWGKG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA A LGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS C |
-分子 #3: rEBOV-442 Fab light chain
分子 | 名称: rEBOV-442 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.715314 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ESVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS RKYLAWYQQK PGQAPRLLIY GSSSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC HQYESSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: ESVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS RKYLAWYQQK PGQAPRLLIY GSSSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC HQYESSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLRSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: Virion spike glycoprotein 2
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.158592 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH ...文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH DDDDKAGWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEK |
-分子 #5: rEBOV-515 Fab heavy chain
分子 | 名称: rEBOV-515 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.047846 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLHESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIN SAGYYWTWIR QHPGKGLEWI GYIDYTGRTY YNPSLESRVI ISIDTSKNHF SLRLTSVSA ADTAVYYCAR ESSWVSELGR DNWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: QVQLHESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIN SAGYYWTWIR QHPGKGLEWI GYIDYTGRTY YNPSLESRVI ISIDTSKNHF SLRLTSVSA ADTAVYYCAR ESSWVSELGR DNWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSC |
-分子 #6: rEBOV-515 Fab light chain
分子 | 名称: rEBOV-515 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.528092 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAT LPVSPGEGAT LSCRASQSVF TNLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPRTYG QGTRVEVKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVMTQSPAT LPVSPGEGAT LSCRASQSVF TNLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPRTYG QGTRVEVKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLRSPVTKS FNRGEC |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |