+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23572 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7 (ConM-EDC) in complex with bNAb PGT122 | |||||||||
マップデータ | filtered and B-factor sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Env / SOSIP / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Martin GM / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2023 タイトル: Profound structural conservation of chemically cross-linked HIV-1 envelope glycoprotein experimental vaccine antigens. 著者: Gregory M Martin / Rebecca A Russell / Philip Mundsperger / Scarlett Harris / Lu Jovanoska / Luiza Farache Trajano / Torben Schiffner / Katalin Fabian / Monica Tolazzi / Gabriella Scarlatti / ...著者: Gregory M Martin / Rebecca A Russell / Philip Mundsperger / Scarlett Harris / Lu Jovanoska / Luiza Farache Trajano / Torben Schiffner / Katalin Fabian / Monica Tolazzi / Gabriella Scarlatti / Leon McFarlane / Hannah Cheeseman / Yoann Aldon / Edith E Schermer / Marielle Breemen / Kwinten Sliepen / Dietmar Katinger / Renate Kunert / Rogier W Sanders / Robin Shattock / Andrew B Ward / Quentin J Sattentau / 要旨: Chemical cross-linking is used to stabilize protein structures with additional benefits of pathogen and toxin inactivation for vaccine use, but its use has been restricted by the potential for local ...Chemical cross-linking is used to stabilize protein structures with additional benefits of pathogen and toxin inactivation for vaccine use, but its use has been restricted by the potential for local or global structural distortion. This is of particular importance when the protein in question requires a high degree of structural conservation for inducing a biological outcome such as the elicitation of antibodies to conformationally sensitive epitopes. The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer is metastable and shifts between different conformational states, complicating its use as a vaccine antigen. Here we have used the hetero-bifunctional zero-length reagent 1-Ethyl-3-(3-Dimethylaminopropyl)-Carbodiimide (EDC) to cross-link two soluble Env trimers, selected well-folded trimer species using antibody affinity, and transferred this process to good manufacturing practice (GMP) for experimental medicine use. Cross-linking enhanced trimer stability to biophysical and enzyme attack. Cryo-EM analysis revealed that cross-linking retained the overall structure with root-mean-square deviations (RMSDs) between unmodified and cross-linked Env trimers of 0.4-0.5 Å. Despite this negligible distortion of global trimer structure, we identified individual inter-subunit, intra-subunit, and intra-protomer cross-links. Antigenicity and immunogenicity of the trimers were selectively modified by cross-linking, with cross-linked ConS retaining bnAb binding more consistently than ConM. Thus, the EDC cross-linking process improves trimer stability whilst maintaining protein folding, and is readily transferred to GMP, consistent with the more general use of this approach in protein-based vaccine design. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23572.map.gz | 37.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-23572-v30.xml emd-23572.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23572.png | 61.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23572.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23572 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23572 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23572_validation.pdf.gz | 526.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_23572_full_validation.pdf.gz | 526.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23572_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23572_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23572 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23572 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | filtered and B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.026 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7 in complex with PGT122 Fab
全体 | 名称: EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7 in complex with PGT122 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7 in complex with PGT122 Fab
超分子 | 名称: EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7 in complex with PGT122 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|
-超分子 #2: EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7
超分子 | 名称: EDC-crosslinked ConM SOSIP.v7 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-超分子 #3: PGT122 Fab
超分子 | 名称: PGT122 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: HIV-1 Env glycoprotein gp120
分子 | 名称: HIV-1 Env glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 55.826781 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYDTEK RNVWATHCCV PTDPNPQEI VLENVTENFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTDV NATNNTTNNE EIKNCSFNIT T ELRDKKKK ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYDTEK RNVWATHCCV PTDPNPQEI VLENVTENFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTDV NATNNTTNNE EIKNCSFNIT T ELRDKKKK VYALFYKLDV VPIDDNNSYR LINCNTSAIT QACPKVSFEP IPIHYCAPAG FAILKCNDKK FNGTGPCKNV ST VQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEEEII IRSENITNNA KTIIVQLNES VEINCTRPNN NTRKSIRIGP GQWFYATGDI IGD IRQAHC NISRTKWNKT LQQVAKKLRE HFNKTIIFNP SSGGDLEITT HSFNCGGEFF YCNTSELFNS TWNGTNNTIT LPCR IKQII NMWQRVGQAM YAPPIEGKIR CTSNITGLLL TRDGGNNNTE TFRPGGGDMR DNWRSELYKY KVVKIEPLGV APTRC KRRV VERRRRRR |
-分子 #2: HIV-1 Env glycoprotein gp41
分子 | 名称: HIV-1 Env glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.214486 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEC QQHLLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNKSQD EIWDNMTWME WDKEINNYTD IIYSLIEESQ NQQEKNEQEL LALD |
-分子 #3: PGT122 Fab heavy chain
分子 | 名称: PGT122 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.434691 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCNVSGTLVR DNYWSWIRQP LGKQPEWIGY VHDSGDTNYN PSLKSRVHLS LDKSKNLVSL RLTGVTAAD SAIYYCATTK HGRRIYGVVA FKEWFTYFYM DVWGKGTSVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCNVSGTLVR DNYWSWIRQP LGKQPEWIGY VHDSGDTNYN PSLKSRVHLS LDKSKNLVSL RLTGVTAAD SAIYYCATTK HGRRIYGVVA FKEWFTYFYM DVWGKGTSVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSC |
-分子 #4: PGT122 Fab light chain
分子 | 名称: PGT122 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.880275 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: APTFVSVAPG QTARITCGEE SLGSRSVIWY QQRPGQAPSL IIYNNNDRPS GIPDRFSGSP GSTFGTTATL TITSVEAGDE ADYYCHIWD SRRPTNWVFG EGTTLIVLSQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ ...文字列: APTFVSVAPG QTARITCGEE SLGSRSVIWY QQRPGQAPSL IIYNNNDRPS GIPDRFSGSP GSTFGTTATL TITSVEAGDE ADYYCHIWD SRRPTNWVFG EGTTLIVLSQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HKSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTECS |
-分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 9 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91987 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |