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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23507 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-7 | |||||||||
マップデータ | Sharpened global refinement | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Rapp M / Shapiro L | |||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021 タイトル: Structural Basis for Accommodation of Emerging B.1.351 and B.1.1.7 Variants by Two Potent SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies. 著者: Gabriele Cerutti / Micah Rapp / Yicheng Guo / Fabiana Bahna / Jude Bimela / Eswar R Reddem / Jian Yu / Pengfei Wang / Lihong Liu / Yaoxing Huang / David D Ho / Peter D Kwong / Zizhang Sheng / Lawrence Shapiro 要旨: Emerging SARS-CoV-2 strains, B.1.1.7 and B.1.351, from the UK and South Africa, respectively show decreased neutralization by monoclonal antibodies and convalescent or vaccinee sera raised against ...Emerging SARS-CoV-2 strains, B.1.1.7 and B.1.351, from the UK and South Africa, respectively show decreased neutralization by monoclonal antibodies and convalescent or vaccinee sera raised against the original wild-type virus, and are thus of clinical concern. However, the neutralization potency of two antibodies, 1-57 and 2-7, which target the receptor-binding domain (RBD) of spike, was unaffected by these emerging strains. Here, we report cryo-EM structures of 1-57 and 2-7 in complex with spike, revealing each of these antibodies to utilize a distinct mechanism to bypass or accommodate RBD mutations. Notably, each antibody represented a response with recognition distinct from those of frequent antibody classes. Moreover, many epitope residues recognized by 1-57 and 2-7 were outside hotspots of evolutionary pressure for both ACE2 binding and neutralizing antibody escape. We suggest the therapeutic use of antibodies like 1-57 and 2-7, which target less prevalent epitopes, could ameliorate issues of monoclonal antibody escape. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23507.map.gz | 204.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23507-v30.xml emd-23507.xml | 31 KB 31 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23507.png | 87.4 KB | ||
マスクデータ | emd_23507_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23507_additional_1.map.gz emd_23507_additional_2.map.gz emd_23507_additional_3.map.gz emd_23507_additional_4.map.gz emd_23507_additional_5.map.gz emd_23507_additional_6.map.gz emd_23507_half_map_1.map.gz emd_23507_half_map_2.map.gz | 108.3 MB 204.2 MB 107.9 MB 200.6 MB 200.6 MB 1.4 MB 200.3 MB 200.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23507 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23507_validation.pdf.gz | 979 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23507_full_validation.pdf.gz | 978.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23507_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23507_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23507 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened global refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23507_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened global refinement
ファイル | emd_23507_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened global refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened local refinement
ファイル | emd_23507_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened local refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened local refinement
ファイル | emd_23507_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened local refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement half map A
ファイル | emd_23507_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement half map B
ファイル | emd_23507_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Density modified consensus map
ファイル | emd_23507_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | Density modified consensus map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Global refinement half map A
ファイル | emd_23507_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Global refinement half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Global refinement half map B
ファイル | emd_23507_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Global refinement half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with Fab 2-7 variable domain
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with Fab 2-7 variable domain |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with Fab 2-7 variable domain
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with Fab 2-7 variable domain タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: Fab 2-7 variable light chain
分子 | 名称: Fab 2-7 variable light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.182218 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SALAQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGA YNYVSWYQQH PGKAPKLMIY DVSKRPSGVS NRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSYTTSSTVF GGGTKLTVL |
-分子 #3: Fab 2-7 variable heavy chain
分子 | 名称: Fab 2-7 variable heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.319156 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TSGVGVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDDDKR YSPSLKSRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDP VDTATYYCAH HKIERIFDYW GQGTLVTVSS |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 30 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.69 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165576 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |