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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23040 | |||||||||
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タイトル | The Structure of the moss PSI-LHCI reveals the evolution of the LHCI antenna | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Physcomitrium patens (植物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Riddle R / Gorski C / Toporik H / Dobson Z / Da Z / Williams D / Mazor Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2022 タイトル: The structure of the Physcomitrium patens photosystem I reveals a unique Lhca2 paralogue replacing Lhca4. 著者: C Gorski / R Riddle / H Toporik / Z Da / Z Dobson / D Williams / Y Mazor / 要旨: The moss Physcomitrium patens diverged from green algae shortly after the colonization of land by ancient plants. This colonization posed new environmental challenges, which drove evolutionary ...The moss Physcomitrium patens diverged from green algae shortly after the colonization of land by ancient plants. This colonization posed new environmental challenges, which drove evolutionary processes. The photosynthetic machinery of modern flowering plants is adapted to the high light conditions on land. Red-shifted Lhca4 antennae are present in the photosystem I light-harvesting complex of many green-lineage plants but absent in P. patens. The cryo-EM structure of the P. patens photosystem I light-harvesting complex I supercomplex (PSI-LHCI) at 2.8 Å reveals that Lhca4 is replaced by a unique Lhca2 paralogue in moss. This PSI-LHCI supercomplex also retains the PsaM subunit, present in Cyanobacteria and several algal species but lost in vascular plants, and the PsaO subunit responsible for binding light-harvesting complex II. The blue-shifted Lhca2 paralogue and chlorophyll b enrichment relative to flowering plants make the P. patens PSI-LHCI spectroscopically unique among other green-lineage supercomplexes. Overall, the structure represents an evolutionary intermediate PSI with the crescent-shaped LHCI common in vascular plants, and contains a unique Lhca2 paralogue that facilitates the moss's adaptation to low-light niches. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23040.map.gz | 78.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23040-v30.xml emd-23040.xml | 28.8 KB 28.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23040.png | 18.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23040 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23040 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23040_validation.pdf.gz | 358.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23040_full_validation.pdf.gz | 358.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23040_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23040_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23040 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23040 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : PSI
+超分子 #1: PSI
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #8: PsaD
+分子 #9: PsaE
+分子 #10: PSI-F
+分子 #11: PSI-G
+分子 #12: PsaH
+分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #15: PsaK
+分子 #16: PSI subunit V
+分子 #17: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #18: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #19: CHLOROPHYLL A
+分子 #20: PHYLLOQUINONE
+分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #22: BETA-CAROTENE
+分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #24: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #25: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #26: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #27: CHLOROPHYLL B
+分子 #28: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #29: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114608 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |