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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22886 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor | |||||||||
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![]() | RNA polymerase / Transcription factor / Mycobacterium tuberculosis / Iron cluster / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / response to fatty acid / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding ...dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / response to fatty acid / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
![]() | Lilic M / Darst SA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of transcriptional activation by the Mycobacterium tuberculosis intrinsic antibiotic-resistance transcription factor WhiB7. 著者: Mirjana Lilic / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / ![]() 要旨: In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription ...In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription factors and plays a crucial role in inducible antibiotic resistance in mycobacteria. Here, we present cryoelectron microscopy structures of Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase σ-holoenzyme, global regulators CarD and RbpA, and WhiB7, bound to a WhiB7-regulated promoter. The structures reveal how WhiB7 interacts with σ-holoenzyme while simultaneously interacting with an AT-rich sequence element via its AT-hook. Evidently, AT-hooks, rare elements in bacteria yet prevalent in eukaryotes, bind to target AT-rich DNA sequences similarly to the nuclear chromosome binding proteins. Unexpectedly, a subset of particles contained a WhiB7-stabilized closed promoter complex, revealing this intermediate's structure, and we apply kinetic modeling and biochemical assays to rationalize how WhiB7 activates transcription. Altogether, our work presents a comprehensive view of how WhiB7 serves to activate gene expression leading to antibiotic resistance. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 86.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 23.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7kifMC ![]() 7kimC ![]() 7kinC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.0 TB Data #1: Unaligned multi-frame raw micrographs of Mycobacterium tuberculosis RNAP with WhiB7 transcription factor [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co...
+超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co...
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA
+分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA
+分子 #7: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
+分子 #10: Probable transcriptional regulator WhiB7
+分子 #8: DNA (63-MER)
+分子 #9: DNA (55-MER)
+分子 #11: ZINC ION
+分子 #12: MAGNESIUM ION
+分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87743 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |