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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22883 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Taspoglutide-bound Glucagon-Like Peptide-1 (GLP-1) Receptor in Complex with Gs Protein | ||||||||||||||||||
マップデータ | consensus postprocess map | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of heart contraction / activation of adenylate cyclase activity / response to psychosocial stress / peptide hormone binding / cAMP-mediated signaling ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of heart contraction / activation of adenylate cyclase activity / response to psychosocial stress / peptide hormone binding / cAMP-mediated signaling / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / cellular response to prostaglandin E stimulus / transmembrane signaling receptor activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang X / Belousoff MJ / Danev R / Sexton PM / Wootten D | ||||||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Structure and dynamics of semaglutide- and taspoglutide-bound GLP-1R-Gs complexes. 著者: Xin Zhang / Matthew J Belousoff / Yi-Lynn Liang / Radostin Danev / Patrick M Sexton / Denise Wootten / 要旨: The glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) regulates insulin secretion, carbohydrate metabolism, and appetite and is an important target for treatment of type 2 diabetes and obesity. Multiple GLP- ...The glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) regulates insulin secretion, carbohydrate metabolism, and appetite and is an important target for treatment of type 2 diabetes and obesity. Multiple GLP-1R agonists have entered into clinical trials, with some, such as semaglutide, progressing to approval. Others, including taspoglutide, failed due to the high incidence of side effects or insufficient efficacy. GLP-1R agonists have a broad spectrum of signaling profiles, but molecular understanding is limited by a lack of structural information on how different agonists engage with the GLP-1R. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures and cryo-EM 3D variability analysis of semaglutide- and taspoglutide-bound GLP-1R-Gs protein complexes. These reveal similar peptide interactions to GLP-1 but different motions within the receptor and bound peptides, providing insights into the molecular determinants of GLP-1R peptide engagement. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22883.map.gz | 19.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22883-v30.xml emd-22883.xml | 27.1 KB 27.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22883_fsc.xml | 6.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22883.png | 102.8 KB | ||
マスクデータ | emd_22883_msk_1.map | 20.8 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_22883_additional_1.map.gz emd_22883_additional_2.map.gz emd_22883_additional_3.map.gz emd_22883_half_map_1.map.gz emd_22883_half_map_2.map.gz | 18.4 MB 18.4 MB 15.8 MB 15.9 MB 15.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22883 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22883 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22883_validation.pdf.gz | 694.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22883_full_validation.pdf.gz | 694.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22883_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22883_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22883 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22883 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | consensus postprocess map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.207 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22883_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: AHD focussed postprocess map
ファイル | emd_22883_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | AHD focussed postprocess map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: ECD focussed postprocess map
ファイル | emd_22883_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | ECD focussed postprocess map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: consensus refinement map
ファイル | emd_22883_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | consensus refinement map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: consensus half map1
ファイル | emd_22883_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | consensus half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: consensus half map2
ファイル | emd_22883_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | consensus half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : taspoglutide-GLP-1R-Gs complex
全体 | 名称: taspoglutide-GLP-1R-Gs complex |
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要素 |
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-超分子 #1: taspoglutide-GLP-1R-Gs complex
超分子 | 名称: taspoglutide-GLP-1R-Gs complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.699434 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCS VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.413863 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.375332 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR |
-分子 #4: Nb35
分子 | 名称: Nb35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.885439 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS |
-分子 #5: Glucagon-like peptide 1 receptor
分子 | 名称: Glucagon-like peptide 1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.748418 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PARPQGATVS LWETVQKWRE YRRQCQRSLT EDPPPATDLF CNRTFDEYAC WPDGEPGSF VNVSCPWYLP WASSVPQGHV YRFCTAEGLW LQKDNSSLPW RDLSECEESK RGERSSPEEQ LLFLYIIYTV G YALSFSAL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PARPQGATVS LWETVQKWRE YRRQCQRSLT EDPPPATDLF CNRTFDEYAC WPDGEPGSF VNVSCPWYLP WASSVPQGHV YRFCTAEGLW LQKDNSSLPW RDLSECEESK RGERSSPEEQ LLFLYIIYTV G YALSFSAL VIASAILLGF RHLHCTRNYI HLNLFASFIL RALSVFIKDA ALKWMYSTAA QQHQWDGLLS YQDSLSCRLV FL LMQYCVA ANYYWLLVEG VYLYTLLAFS VFSEQWIFRL YVSIGWGVPL LFVVPWGIVK YLYEDEGCWT RNSNMNYWLI IRL PILFAI GVNFLIFVRV ICIVVSKLKA NLMCKTDIKC RLAKSTLTLI PLLGTHEVIF AFVMDEHARG TLRFIKLFTE LSFT SFQGL MVAILYCFVN NEVQLEFRKS WERWRLEHLH IQRDSSMKPL KCPTSSLSSG ATAGSSMYTA TCQASCSPAG LEVLF QGPH HHHHHHH |
-分子 #6: Taspoglutide
分子 | 名称: Taspoglutide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.342735 KDa |
配列 | 文字列: H(AIB)EGTFTSDV SSYLEGQAAK EFIAWLVK(AIB)R (NH2) |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 73 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.996 sec. / 平均電子線量: 0.887 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |