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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22638 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of pyrene-labeled ADP-actin filaments | |||||||||
マップデータ | Mg-ADP-pyrenyl-actin filament | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Striated Muscle Contraction / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Chicken (ニワトリ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chou SZ / Pollard TD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy structures of pyrene-labeled ADP-P- and ADP-actin filaments. 著者: Steven Z Chou / Thomas D Pollard / 要旨: Since the fluorescent reagent N-(1-pyrene)iodoacetamide was first used to label skeletal muscle actin in 1981, the pyrene-labeled actin has become the most widely employed tool to measure the ...Since the fluorescent reagent N-(1-pyrene)iodoacetamide was first used to label skeletal muscle actin in 1981, the pyrene-labeled actin has become the most widely employed tool to measure the kinetics of actin polymerization and the interaction between actin and actin-binding proteins. Here we report high-resolution cryo-electron microscopy structures of actin filaments with N-1-pyrene conjugated to cysteine 374 and either ADP (3.2 Å) or ADP-phosphate (3.0 Å) in the active site. Polymerization buries pyrene in a hydrophobic cavity between subunits along the long-pitch helix with only minor differences in conformation compared with native actin filaments. These structures explain how polymerization increases the fluorescence 20-fold, how myosin and cofilin binding to filaments reduces the fluorescence, and how profilin binding to actin monomers increases the fluorescence. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22638.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22638-v30.xml emd-22638.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22638.png | 140.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22638 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22638_validation.pdf.gz | 322.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22638_full_validation.pdf.gz | 322.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22638_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22638_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22638 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mg-ADP-pyrenyl-actin filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pyrene-labeled ADP-actin filaments
全体 | 名称: Pyrene-labeled ADP-actin filaments |
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要素 |
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-超分子 #1: Pyrene-labeled ADP-actin filaments
超分子 | 名称: Pyrene-labeled ADP-actin filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Pyene is chemically conjugated to the side chain of actin C374 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The C19 atom of pyrene (1T4) is chemically conjugated to the SG atom of actin C374 コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chicken (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 41.875633 KDa |
配列 | 文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: N-(pyren-1-yl)acetamide
分子 | 名称: N-(pyren-1-yl)acetamide / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 1T4 |
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分子量 | 理論値: 259.302 Da |
Chemical component information | ChemComp-1T4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 67.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.385195 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166.57869 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 268618 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18) |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |