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万見
- EMDB-21810: Cryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21810
タイトルCryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Thermotoga maritima (TmE)
マップデータEncapsulin protein
試料
  • 複合体: Mutant Enapsulin protein
    • タンパク質・ペプチド: Encapsulin
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
キーワードProteolysis / Cytolysis / Defense Response to Bacterium / Extracellular Region / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / iron ion transport / peptidase activity / intracellular iron ion homeostasis / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 1 encapsulin shell protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Williams E / Jenkins M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)US-NSF (CBET 1706891) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Thermotoga maritima (TmE)
著者: Williams E / Zhao H / Jenkins M / Juneja P / Lutz S
履歴
登録2020年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wkv
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6wkv
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Encapsulin protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416. Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416. Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.06372584 - 0.106755
平均 (標準偏差)0.00032502474 (±0.004504463)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0640.1070.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mutant Enapsulin protein

全体名称: Mutant Enapsulin protein
要素
  • 複合体: Mutant Enapsulin protein
    • タンパク質・ペプチド: Encapsulin
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

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超分子 #1: Mutant Enapsulin protein

超分子名称: Mutant Enapsulin protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: FMN bound to Encapsulin
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)

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分子 #1: Encapsulin

分子名称: Encapsulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
分子量理論値: 29.603766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEFLKRSFAP LTEKQWQEID NRAREIFKTQ LYGRKFVDVE GPYGWEYAAH PLGEVEVLSD ENEVVKWGLR KSLPLIELRA TFTLDLWEL DNLERGKPNV DLSSLEETVR KVAEFEDEVI FRGCEKSGVK GLLSFEERKI ECGSTPKDLL EAIVRALSIF S KDGIEGPY ...文字列:
MEFLKRSFAP LTEKQWQEID NRAREIFKTQ LYGRKFVDVE GPYGWEYAAH PLGEVEVLSD ENEVVKWGLR KSLPLIELRA TFTLDLWEL DNLERGKPNV DLSSLEETVR KVAEFEDEVI FRGCEKSGVK GLLSFEERKI ECGSTPKDLL EAIVRALSIF S KDGIEGPY TLVINTDRWI NFLGGEKRVE ECLRGGKIIT TPRIEDALVV SERGGDFKLI LGQDLSIGYE DREKDAVRLF IT ETFTFQV VNPEALILLK F

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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分子 #2: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 69476
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 24401
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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