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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21445 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana MSL1 A320V | |||||||||
マップデータ | Arabidopsis thaliana MSL1 A320V | |||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mechanosensitive monoatomic ion channel activity / chloroplast envelope / chloroplast / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng Z / Zhang J / Yuan P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural mechanism for gating of a eukaryotic mechanosensitive channel of small conductance. 著者: Zengqin Deng / Grigory Maksaev / Angela M Schlegel / Jingying Zhang / Michael Rau / James A J Fitzpatrick / Elizabeth S Haswell / Peng Yuan / 要旨: Mechanosensitive ion channels transduce physical force into electrochemical signaling that underlies an array of fundamental physiological processes, including hearing, touch, proprioception, ...Mechanosensitive ion channels transduce physical force into electrochemical signaling that underlies an array of fundamental physiological processes, including hearing, touch, proprioception, osmoregulation, and morphogenesis. The mechanosensitive channels of small conductance (MscS) constitute a remarkably diverse superfamily of channels critical for management of osmotic pressure. Here, we present cryo-electron microscopy structures of a MscS homolog from Arabidopsis thaliana, MSL1, presumably in both the closed and open states. The heptameric MSL1 channel contains an unusual bowl-shaped transmembrane region, which is reminiscent of the evolutionarily and architecturally unrelated mechanosensitive Piezo channels. Upon channel opening, the curved transmembrane domain of MSL1 flattens and expands. Our structures, in combination with functional analyses, delineate a structural mechanism by which mechanosensitive channels open under increased membrane tension. Further, the shared structural feature between unrelated channels suggests the possibility of a unified mechanical gating mechanism stemming from membrane deformation induced by a non-planar transmembrane domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21445.map.gz | 49 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21445-v30.xml emd-21445.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21445.png | 161.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21445.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21445 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21445 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21445_validation.pdf.gz | 481.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21445_full_validation.pdf.gz | 480.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21445_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21445_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21445 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21445 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Arabidopsis thaliana MSL1 A320V | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MSL1 A320V
全体 | 名称: MSL1 A320V |
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要素 |
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-超分子 #1: MSL1 A320V
超分子 | 名称: MSL1 A320V / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial
分子 | 名称: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 46.604586 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MSSKSDDFGS IVASGVTGSG DGNGNGNDWV EKAKDVLQTS VDAVTETAKK TKDVSDEMIP HVQQFLDSNP YLKDVIVPVS LTMTGTLFA WVVMPRILRR FHTYAMQSSA KLLPVGFSNE DVPYEKSFWG ALEDPARYLV TFIAFAQIAA MVAPTTIAAQ Y FSPTVKGA ...文字列: MSSKSDDFGS IVASGVTGSG DGNGNGNDWV EKAKDVLQTS VDAVTETAKK TKDVSDEMIP HVQQFLDSNP YLKDVIVPVS LTMTGTLFA WVVMPRILRR FHTYAMQSSA KLLPVGFSNE DVPYEKSFWG ALEDPARYLV TFIAFAQIAA MVAPTTIAAQ Y FSPTVKGA VILSLVWFLY RWKTNVITRM LSAKSFGGLD REKVLTLDKV SSVGLFAIGL MASAEACGVA VQSILTVGGV GG VVTAFAA RDILGNVLSG LSMQFSRPFS MGDTIKAGSV EGQVIEMGLT TTSLLNAEKF PVLVPNSLFS SQVIVNKSRA QWR AIASKI PLQIDDLDMI PQISNEIKEM LRSNTKVFLG KEAPHCYLSR VEKSFAELTI GCNLIRMGKE ELYNTQQEVL LEAV KIIKK HGVSLGTTWD NSTLSNSLEV LFQ UniProtKB: Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial |
-分子 #2: DODECANE
分子 | 名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: D12 |
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分子量 | 理論値: 170.335 Da |
Chemical component information | ChemComp-D12: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 62.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |