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- EMDB-21434: Bestrophin-2 (BEST2) calcium-unbound state 1 (EGTA only) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21434
タイトルBestrophin-2 (BEST2) calcium-unbound state 1 (EGTA only)
マップデータBestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)
試料
  • 細胞: bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードChloride Channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / Stimuli-sensing channels / bicarbonate channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / bicarbonate transport / chloride channel activity / chloride channel complex / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Owji AP / Zhao Q
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)F31EY030763 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY025290 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127652 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107462 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structural and functional characterization of the bestrophin-2 anion channel.
著者: Aaron P Owji / Qingqing Zhao / Changyi Ji / Alec Kittredge / Austin Hopiavuori / Ziao Fu / Nancy Ward / Oliver B Clarke / Yin Shen / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang /
要旨: The bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels, which mediate the influx and efflux of monovalent anions in response to the levels of intracellular Ca, comprises four members ...The bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels, which mediate the influx and efflux of monovalent anions in response to the levels of intracellular Ca, comprises four members in mammals (bestrophin 1-4). Here we report cryo-EM structures of bovine bestrophin-2 (bBest2) bound and unbound by Ca at 2.4- and 2.2-Å resolution, respectively. The bBest2 structure highlights four previously underappreciated pore-lining residues specifically conserved in Best2 but not in Best1, illustrating the differences between these paralogs. Structure-inspired electrophysiological analysis reveals that, although the channel is sensitive to Ca, it has substantial Ca-independent activity for Cl, reflecting the opening at the cytoplasmic restriction of the ion conducting pathway even when Ca is absent. Moreover, the ion selectivity of bBest2 is controlled by multiple residues, including those involved in gating.
履歴
登録2020年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月11日-
マップ公開2020年4月8日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vx9
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6vx9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.35128 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-7.2480297 - 8.72892
平均 (標準偏差)0.000000000227142 (±0.53771484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 118.03008 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.351279761904760.351279761904760.35127976190476
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z118.030118.030118.030
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ336336336
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-7.2488.7290.000

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添付データ

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追加マップ: Additional map

ファイルemd_21434_additional.map
注釈Additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 1

ファイルemd_21434_half_map_1.map
注釈half-volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 2

ファイルemd_21434_half_map_2.map
注釈half-volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)

全体名称: bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)
要素
  • 細胞: bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)

超分子名称: bestrophin-2 (BEST2) calcium-free state 1 (EGTA only)
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Bestrophin

分子名称: Bestrophin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 47.424754 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTVTYTARVA KARFGGFSKL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GLFMALSAAY RFVLTEEQKR YFEKLVLYCD RYASLIPVSF VLGFYVTLV VHRWWNQYLS MPLTDALMCV VVGTVHGHDE RGRLYRRTLM RYAGLSGVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER ...文字列:
MTVTYTARVA KARFGGFSKL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GLFMALSAAY RFVLTEEQKR YFEKLVLYCD RYASLIPVSF VLGFYVTLV VHRWWNQYLS MPLTDALMCV VVGTVHGHDE RGRLYRRTLM RYAGLSGVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER KKFENLNSSY NKYWVPCVWF CNLAAQARRE GRIRDNGAFK LLLEELNVFR SKCGMLFHYD WISVPLVYTQ VV TIAVYSY FLACLIGRQF LDPAQGYKDH DLDLCVPIFT LLQFFFYAGW LKVAEQLINP FGEDDDDFET NFLIDRCFQV SML AVDEMY DDLAMLEKDL YWDAAEARAP YTAATAFLMQ QPSFQGSTFD ITLAKEDMQF QRQDGLEAPL NEAHGDFLQR LLPV GTGMG TGGLL

UniProtKB: Bestrophin-2

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分子 #2: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 455 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 69.67 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.13.2) / 使用した粒子像数: 280524
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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