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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21366 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AcrVIA1-Cas13(crRNA) complex | |||||||||
マップデータ | AcrVIA1-Cas13(crRNA) complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR-Cas system / Cas13 / type VIA / IMMUNE SYSTEM / Anti-CRISPR / HYDROLASE / RNA | |||||||||
機能・相同性 | : / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Listeria seeligeri (バクテリア) / Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア) / Listeria seeligeri serovar 1/2b (strain ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jia N / Meeske AJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: A phage-encoded anti-CRISPR enables complete evasion of type VI-A CRISPR-Cas immunity. 著者: Alexander J Meeske / Ning Jia / Alice K Cassel / Albina Kozlova / Jingqiu Liao / Martin Wiedmann / Dinshaw J Patel / Luciano A Marraffini / 要旨: The CRISPR RNA (crRNA)-guided nuclease Cas13 recognizes complementary viral transcripts to trigger the degradation of both host and viral RNA during the type VI CRISPR-Cas antiviral response. ...The CRISPR RNA (crRNA)-guided nuclease Cas13 recognizes complementary viral transcripts to trigger the degradation of both host and viral RNA during the type VI CRISPR-Cas antiviral response. However, how viruses can counteract this immunity is not known. We describe a listeriaphage (ϕLS46) encoding an anti-CRISPR protein (AcrVIA1) that inactivates the type VI-A CRISPR system of Using genetics, biochemistry, and structural biology, we found that AcrVIA1 interacts with the guide-exposed face of Cas13a, preventing access to the target RNA and the conformational changes required for nuclease activation. Unlike inhibitors of DNA-cleaving Cas nucleases, which cause limited immunosuppression and require multiple infections to bypass CRISPR defenses, a single dose of AcrVIA1 delivered by an individual virion completely dismantles type VI-A CRISPR-mediated immunity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21366.map.gz | 2.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21366-v30.xml emd-21366.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21366_fsc.xml | 7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21366.png | 90 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21366.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21366 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21366 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21366_validation.pdf.gz | 401.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21366_full_validation.pdf.gz | 401.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21366_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21366_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21366 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21366 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AcrVIA1-Cas13(crRNA) complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cas13-crRNA-AcrVIA1 complex
全体 | 名称: Cas13-crRNA-AcrVIA1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cas13-crRNA-AcrVIA1 complex
超分子 | 名称: Cas13-crRNA-AcrVIA1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Listeria seeligeri (バクテリア) |
-分子 #1: RNA (52-MER)
分子 | 名称: RNA (52-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 16.534871 KDa |
配列 | 文字列: GACUACCUCU AUAUGAAAGA GGACUAAAAC CAUAUUUCCA AACUCCACUU UG GENBANK: GENBANK: FN557490.1 |
-分子 #2: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
分子 | 名称: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b (strain ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954) (バクテリア) 株: ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954 |
分子量 | 理論値: 128.350414 KDa |
組換発現 | 生物種: Listeria seeligeri (バクテリア) |
配列 | 文字列: TMRITKVEVD RKKVLISRDK NGGKLVYENE MQDNTEQIMH HKKSSFYKSV VNKTICRPEQ KQMKKLVHGL LQENSQEKIK VSDVTKLNI SNFLNHRFKK SLYYFPENSP DKSEEYRIEI NLSQLLEDSL KKQQGTFICW ESFSKDMELY INWAENYISS K TKLIKKSI ...文字列: TMRITKVEVD RKKVLISRDK NGGKLVYENE MQDNTEQIMH HKKSSFYKSV VNKTICRPEQ KQMKKLVHGL LQENSQEKIK VSDVTKLNI SNFLNHRFKK SLYYFPENSP DKSEEYRIEI NLSQLLEDSL KKQQGTFICW ESFSKDMELY INWAENYISS K TKLIKKSI RNNRIQSTES RSGQLMDRYM KDILNKNKPF DIQSVSEKYQ LEKLTSALKA TFKEAKKNDK EINYKLKSTL QN HERQIIE ELKENSELNQ FNIEIRKHLE TYFPIKKTNR KVGDIRNLEI GEIQKIVNHR LKNKIVQRIL QEGKLASYEI EST VNSNSL QKIKIEEAFA LKFINACLFA SNNLRNMVYP VCKKDILMIG EFKNSFKEIK HKKFIRQWSQ FFSQEITVDD IELA SWGLR GAIAPIRNEI IHLKKHSWKK FFNNPTFKVK KSKIINGKTK DVTSEFLYKE TLFKDYFYSE LDSVPELIIN KMESS KILD YYSSDQLNQV FTIPNFELSL LTSAVPFAPS FKRVYLKGFD YQNQDEAQPD YNLKLNIYNE KAFNSEAFQA QYSLFK MVY YQVFLPQFTT NNDLFKSSVD FILTLNKERK GYAKAFQDIR KMNKDEKPSE YMSYIQSQLM LYQKKQEEKE KINHFEK FI NQVFIKGFNS FIEKNRLTYI CHPTKNTVPE NDNIEIPFHT DMDDSNIAFW LMCKLLDAKQ LSELRNEMIK FSCSLQST E EISTFTKARE VIGLALLNGE KGCNDWKELF DDKEAWKKNM SLYVSEELLQ SLPYTQEDGQ TPVINRSIDL VKKYGTETI LEKLFSSSDD YKVSAKDIAK LHEYDVTEKI AQQESLHKQW IEKPGLARDS AWTKKYQNVI NDISNYQWAK TKVELTQVRH LHQLTIDLL SRLAGYMSIA DRDFQFSSNY ILERENSEYR VTSWILLSEN KNKNKYNDYE LYNLKNASIK VSSKNDPQLK V DLKQLRLT LEYLELFDNR LKEKRNNISH FNYLNGQLGN SILELFDDAR DVLSYDRKLK NAVSKSLKEI LSSHGMEVTF KP LYQTNHH LKIDKLQPKK IHHLGEKSTV SSNQVSNEYC QLVRTLLTMK UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a |
-分子 #3: AcrVIA1
分子 | 名称: AcrVIA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Listeria seeligeri (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 27.144854 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIYYIKDLKV KGKIFENLMN KEAVEGLITF LKKAEFEIYS RENYSKYNKW FEMWKSPTSS LVFWKNYSFR CHLLFVIEKD GECLGIPAS VFESVLQIYL ADPFAPDTKE LFVEVCNLYE CLADVTVVEH FEAEESAWHK LTHNETEVSK RVYSKDDDEL L KYIPEFLD ...文字列: MIYYIKDLKV KGKIFENLMN KEAVEGLITF LKKAEFEIYS RENYSKYNKW FEMWKSPTSS LVFWKNYSFR CHLLFVIEKD GECLGIPAS VFESVLQIYL ADPFAPDTKE LFVEVCNLYE CLADVTVVEH FEAEESAWHK LTHNETEVSK RVYSKDDDEL L KYIPEFLD TIATNKKSQK YNQIQGKIQE INKEIATLYE SSEDYIFTEY VSNLYRESAK LEQHSKQILK E |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.23 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |