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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20459 | ||||||||||||
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タイトル | Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | translocase / anthrax toxin / protective antigen / lethal factor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anthrax lethal factor endopeptidase / positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity ...anthrax lethal factor endopeptidase / positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hardenbrook NJ / Liu S | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Atomic structures of anthrax toxin protective antigen channels bound to partially unfolded lethal and edema factors. 著者: Nathan J Hardenbrook / Shiheng Liu / Kang Zhou / Koyel Ghosal / Z Hong Zhou / Bryan A Krantz / 要旨: Following assembly, the anthrax protective antigen (PA) forms an oligomeric translocon that unfolds and translocates either its lethal factor (LF) or edema factor (EF) into the host cell. Here, we ...Following assembly, the anthrax protective antigen (PA) forms an oligomeric translocon that unfolds and translocates either its lethal factor (LF) or edema factor (EF) into the host cell. Here, we report the cryo-EM structures of heptameric PA channels with partially unfolded LF and EF at 4.6 and 3.1-Å resolution, respectively. The first α helix and β strand of LF and EF unfold and dock into a deep amphipathic cleft, called the α clamp, which resides at the interface of two PA monomers. The α-clamp-helix interactions exhibit structural plasticity when comparing the structures of lethal and edema toxins. EF undergoes a largescale conformational rearrangement when forming the complex with the channel. A critical loop in the PA binding interface is displaced for about 4 Å, leading to the weakening of the binding interface prior to translocation. These structures provide key insights into the molecular mechanisms of translocation-coupled protein unfolding and translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20459.map.gz | 115.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20459-v30.xml emd-20459.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20459.png | 38.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20459.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20459 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20459 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20459_validation.pdf.gz | 577.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20459_full_validation.pdf.gz | 577.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20459_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20459_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20459 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20459 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor
全体 | 名称: Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor |
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要素 |
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-超分子 #1: Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor
超分子 | 名称: Anthrax toxin protective antigen channels bound to lethal factor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
-分子 #1: Protective antigen
分子 | 名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 63.519508 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: STSAGPTVPD RDNDGIPDSL EVEGYTVDVK NKRTFLSPWI SNIHEKKGLT KYKSSPEKWS TASDPYSDFE KVTGRIDKNV SPEARHPLV AAYPIVHVDM ENIILSKNED QSTQNTDSQT RTISKNTSTS RTHTSEVHGN AEVHASFFDI GGSVSAGFSN S NSSTVAID ...文字列: STSAGPTVPD RDNDGIPDSL EVEGYTVDVK NKRTFLSPWI SNIHEKKGLT KYKSSPEKWS TASDPYSDFE KVTGRIDKNV SPEARHPLV AAYPIVHVDM ENIILSKNED QSTQNTDSQT RTISKNTSTS RTHTSEVHGN AEVHASFFDI GGSVSAGFSN S NSSTVAID HSLSLAGERT WAETMGLNTA DTARLNANIR YVNTGTAPIY NVLPTTSLVL GKNQTLATIK AKENQLSQIL AP NNYYPSK NLAPIALNAQ DDFSSTPITM NYNQFLELEK TKQLRLDTDQ VYGNIATYNF ENGRVRVDTG SNWSEVLPQI QET TARIIF NGKDLNLVER RIAAVNPSDP LETTKPDMTL KEALKIAFGF NEPNGNLQYQ GKDITEFDFN FDQQTSQNIK NQLA ELNAT NIYTVLDKIK LNAKMNILIR DKRFHYDRNN IAVGADESVV KEAHREVINS STEGLLLNID KDIRKILSGY IVEIE DTEG LKEVINDRYD MLNISSLRQD GKTFIDFKKY NDKLPLYISN PNYKVNVYAV TKENTIINPS ENGDTSTNGI KKILIF SKK GYEIG UniProtKB: Protective antigen |
-分子 #2: Lethal factor
分子 | 名称: Lethal factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: anthrax lethal factor endopeptidase |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 93.904211 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNIKKEFIKV ISMSCLVTAI TLSGPVFIPL VQGAGGHGDV GMHVKEKEKN KDENKRKDEE RNKTQEEHLK EIMKHIVKIE VKGEEAVKK EAAEKLLEKV PSDVLEMYKA IGGKIYIVDG DITKHISLEA LSEDKKKIKD IYGKDALLHE HYVYAKEGYE P VLVIQSSE ...文字列: MNIKKEFIKV ISMSCLVTAI TLSGPVFIPL VQGAGGHGDV GMHVKEKEKN KDENKRKDEE RNKTQEEHLK EIMKHIVKIE VKGEEAVKK EAAEKLLEKV PSDVLEMYKA IGGKIYIVDG DITKHISLEA LSEDKKKIKD IYGKDALLHE HYVYAKEGYE P VLVIQSSE DYVENTEKAL NVYYEIGKIL SRDILSKINQ PYQKFLDVLN TIKNASDSDG QDLLFTNQLK EHPTDFSVEF LE QNSNEVQ EVFAKAFAYY IEPQHRDVLQ LYAPEAFNYM DKFNEQEINL SLEELKDQRM LARYEKWEKI KQHYQHWSDS LSE EGRGLL KKLQIPIEPK KDDIIHSLSQ EEKELLKRIQ IDSSDFLSTE EKEFLKKLQI DIRDSLSEEE KELLNRIQVD SSNP LSEKE KEFLKKLKLD IQPYDINQRL QDTGGLIDSP SINLDVRKQY KRDIQNIDAL LHQSIGSTLY NKIYLYENMN INNLT ATLG ADLVDSTDNT KINRGIFNEF KKNFKYSISS NYMIVDINER PALDNERLKW RIQLSPDTRA GYLENGKLIL QRNIGL EIK DVQIIKQSEK EYIRIDAKVV PKSKIDTKIQ EAQLNINQEW NKALGLPKYT KLITFNVHNR YASNIVESAY LILNEWK NN IQSDLIKKVT NYLVDGNGRF VFTDITLPNI AEQYTHQDEI YEQVHSKGLY VPESRSILLH GPSKGVELRN DSEGFIHE F GHAVDDYAGY LLDKNQSDLV TNSKKFIDIF KEEGSNLTSY GRTNEAEFFA EAFRLMHSTD HAERLKVQKN APKTFQFIN DQIKFIINS UniProtKB: Lethal factor |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 62.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |