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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist. | |||||||||
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![]() | Left-handed helix. / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Dlamini LS / Woodward JD / Sewell BT | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist 著者: Dlamini LS / Woodward JD / Sewell BT | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 166.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 48.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 139.6 MB 139.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9er3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19910_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19910_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with a...
全体 | 名称: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist. |
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要素 |
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-超分子 #1: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with a...
超分子 | 名称: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist. タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 703 KDa |
-分子 #1: Cyanide dihydratase
分子 | 名称: Cyanide dihydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 36.19873 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TSIYPKFRAA AVQAAPIYLN LEASVEKSCE LIDEAASNGA KLVAFPEAFL PGYPWFAFIG HPEYTRKFYH ELYKNAVEIP SLAIQKISE AAKRNETYVC ISCSEKDGGS LYLAQLWFNP NGDLIGKHRK MRASVAERLI WGDGSGSMMP VFQTRIGNLG G LMCWEHQV ...文字列: TSIYPKFRAA AVQAAPIYLN LEASVEKSCE LIDEAASNGA KLVAFPEAFL PGYPWFAFIG HPEYTRKFYH ELYKNAVEIP SLAIQKISE AAKRNETYVC ISCSEKDGGS LYLAQLWFNP NGDLIGKHRK MRASVAERLI WGDGSGSMMP VFQTRIGNLG G LMCWEHQV PLDLMAMNAQ NEQVHVASWP GYFDDEISSR YYAIATQTFV LMTSSIYTEE MKEMICLTQE QRDYFETFKS GH TCIYGPD GEPISDMVPA ETEGIAYAEI DVERVIDYKY YIDPAGHYSN QSLSMNFNQQ PTPVVKHLNH QKNEVFTYED IQ UniProtKB: Cyanide dihydratase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl / 構成要素 - 名称: Tris-(hydroxymethyl) aminomethane / 詳細: 50 mM NaCL, 50 mM Tris-HCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 2.0 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31418 / 平均露光時間: 2.04 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other 詳細: The initial model was built ab initio using the map and amino acid sequence. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 101.248 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | ![]() PDB-9er3: |