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- EMDB-19908: Human Picobirnavirus Reassembled VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19908
タイトルHuman Picobirnavirus Reassembled VLP
マップデータHuman Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened map)
試料
  • ウイルス: Human Picobirnavirus Reassembled VLP (ヒト)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein precursor
キーワードPicobirnavirus / CryoEM / Assembly / VLP / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性: / : / Picobirnavirus, Capsid protein / T=3 icosahedral viral capsid / Capsid protein precursor
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human Picobirnavirus Reassembled VLP (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Rodriguez-Espinosa MJ / Novoa G / Martinez-Romero JM / de Pablo PJ / Caston JR
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-113287RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Picobirnavirus CP Reassembled VLP
著者: Rodriguez-Espinosa MJ / Novoa G / Martinez-Romero JM / de Pablo PJ / Caston JR
履歴
登録2024年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19908.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 548. Å		1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 548. Å		1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 548. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-2.3836496 - 5.40348
平均 (標準偏差)0.04679481 (±0.37248677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 548.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened...

ファイルemd_19908_additional_1.map
注釈Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened...

ファイルemd_19908_half_map_1.map
注釈Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened...

ファイルemd_19908_half_map_2.map
注釈Human Picobirnavirus Reassembled VLPs - Cryosparc Refinement (sharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Picobirnavirus Reassembled VLP

全体名称: Human Picobirnavirus Reassembled VLP (ヒト)
要素
  • ウイルス: Human Picobirnavirus Reassembled VLP (ヒト)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein precursor

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超分子 #1: Human Picobirnavirus Reassembled VLP

超分子名称: Human Picobirnavirus Reassembled VLP / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 9606 / 生物種: Human Picobirnavirus Reassembled VLP / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
分子量理論値: 7.44 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 380.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein precursor

分子名称: Capsid protein precursor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.225707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: VAWYARYPHI LEEATRLPFA YPIGQYYDTG YSVASATEWS KYVDTSLTIP GVMCVNFTPT PGESYNKNSP INIAAQNVYT YVRHMNSGH ANYEQADLMM YLLAMDSLYI FHSYVRKILA ISKLYTPVNK YFPRALLVAL GVDPEDVFAN QAQWEYFVNM V AYRAGAFA ...文字列:
VAWYARYPHI LEEATRLPFA YPIGQYYDTG YSVASATEWS KYVDTSLTIP GVMCVNFTPT PGESYNKNSP INIAAQNVYT YVRHMNSGH ANYEQADLMM YLLAMDSLYI FHSYVRKILA ISKLYTPVNK YFPRALLVAL GVDPEDVFAN QAQWEYFVNM V AYRAGAFA APASMTYYER HAWMSNGLYV DQDVTRAQIY MFKPTMLWKY ENLGTTGTKL VPLMMPKAGD NRKLVDFQVL FN NLVSTML GDEDFGIMSG DVFKAFGADG LVKLLAVDST TMTLPTYDPL ILAQIHSARA VGAPILETST LTGFPGRQWQ ITQ NPDVNN GAIIFHPSFG YDGQDHEELS FRAMCSNMIL NLPGEAHSAE MIIEATRLAT MFQVKAVPAG DTSKPVLYLP NGFG TEVVN DYTMISVDKA TPHDLTIHTF FNNILVPNAK ENYVANLELL NNIIQFDWAP QLYLTYGIAQ ESFGPFAQLN DWTIL TGET LARMHEVCVT SMFDVPQ

UniProtKB: Capsid protein precursor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris-HCl
50.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: OTHER / 平均電子線量: 45.76 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 41048
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 40192
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9eqw:
Human Picobirnavirus CP Reassembled VLP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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