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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19907 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with GABA and puerarin | ||||||||||||
マップデータ | Unsharpened map from the refinement | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | GABA(A) receptor / Inhibitory synapse / GABA / Puerarin / Fat regulation / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway ...benzodiazepine receptor activity / GABA receptor complex / cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / adult behavior / chloride channel activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynaptic membrane / postsynapse / dendritic spine / neuron projection / axon / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kasaragod VB / Aricescu AR | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: A brain-to-gut signal controls intestinal fat absorption. 著者: Qianqian Lyu / Wenzhi Xue / Ruixin Liu / Qinyun Ma / Vikram Babu Kasaragod / Shan Sun / Qian Li / Yanru Chen / Mingyang Yuan / Yuying Yang / Bing Zhang / Aifang Nie / Sheng Jia / Chongrong ...著者: Qianqian Lyu / Wenzhi Xue / Ruixin Liu / Qinyun Ma / Vikram Babu Kasaragod / Shan Sun / Qian Li / Yanru Chen / Mingyang Yuan / Yuying Yang / Bing Zhang / Aifang Nie / Sheng Jia / Chongrong Shen / Po Gao / Weifang Rong / Chenxi Yu / Yufang Bi / Chunlei Zhang / Fajun Nan / Guang Ning / Zihe Rao / Xiuna Yang / Jiqiu Wang / Weiqing Wang / 要旨: Although fat is a crucial source of energy in diets, excessive intake leads to obesity. Fat absorption in the gut is prevailingly thought to occur organ-autonomously by diffusion. Whether the ...Although fat is a crucial source of energy in diets, excessive intake leads to obesity. Fat absorption in the gut is prevailingly thought to occur organ-autonomously by diffusion. Whether the process is controlled by the brain-to-gut axis, however, remains largely unknown. Here we demonstrate that the dorsal motor nucleus of vagus (DMV) plays a key part in this process. Inactivation of DMV neurons reduces intestinal fat absorption and consequently causes weight loss, whereas activation of the DMV increases fat absorption and weight gain. Notably, the inactivation of a subpopulation of DMV neurons that project to the jejunum shortens the length of microvilli, thereby reducing fat absorption. Moreover, we identify a natural compound, puerarin, that mimics the suppression of the DMV-vagus pathway, which in turn leads to reduced fat absorption. Photoaffinity chemical methods and cryogenic electron microscopy of the structure of a GABA receptor-puerarin complex reveal that puerarin binds to an allosteric modulatory site. Notably, conditional Gabra1 knockout in the DMV largely abolishes puerarin-induced intestinal fat loss. In summary, we discover that suppression of the DMV-vagus-jejunum axis controls intestinal fat absorption by shortening the length of microvilli and illustrate the therapeutic potential of puerarin binding to GABRA1 in fat loss. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19907.map.gz | 257.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19907-v30.xml emd-19907.xml | 30 KB 30 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19907_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19907.png | 129.4 KB | ||
マスクデータ | emd_19907_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19907.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_19907_additional_1.map.gz emd_19907_half_map_1.map.gz emd_19907_half_map_2.map.gz | 31.5 MB 474.5 MB 474.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19907 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19907_validation.pdf.gz | 968.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19907_full_validation.pdf.gz | 968.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19907_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19907_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19907 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9eqgMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map from the refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.824 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19907_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R...
+超分子 #1: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R...
+分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
+分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
+分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
+分子 #7: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
+分子 #8: DECANE
+分子 #9: HEXANE
+分子 #10: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tr...
+分子 #11: HEXADECANE
+分子 #12: PALMITIC ACID
+分子 #13: CHLORIDE ION
+分子 #14: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
+分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #16: Puerarin
+分子 #17: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
+分子 #18: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 15 mM Hepes pH 7.4, 100 mM NaCl | |||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 287 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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温度 | 最低: 84.0 K / 最高: 84.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8747 / 平均露光時間: 4.19 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Real space refinement with ADP correction. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 10 / 当てはまり具合の基準: FSC at 0.5 |
得られたモデル | PDB-9eqg: |