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- EMDB-19894: Arabidopsis thaliana R2T complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19894
タイトルArabidopsis thaliana R2T complex
マップデータArabidopsis thaliana R2T complex
試料
  • 複合体: AtR2T complex
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like helicase
    • タンパク質・ペプチド: At1g56440
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードRUVBL1 / RUVBL2 / R2TP / HSP90 / Chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


meristem development / regulation of defense response to fungus / flower development / Swr1 complex / plastid / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / DNA helicase / cell differentiation / nucleolus ...meristem development / regulation of defense response to fungus / flower development / Swr1 complex / plastid / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / DNA helicase / cell differentiation / nucleolus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA-polymerase II-associated protein 3-like, C-terminal domain / Potential Monad-binding region of RPAP3 / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. ...RNA-polymerase II-associated protein 3-like, C-terminal domain / Potential Monad-binding region of RPAP3 / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
At1g56440 / RuvB-like helicase / RuvB-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Lopez-Perrote A / Llorca O
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2020-114429RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The structure of the R2T complex reveals a different architecture from the related HSP90 cochaperone R2TP.
著者: Alberto Palacios-Abella / Andrés López-Perrote / Jasminka Boskovic / Sandra Fonseca / Cristina Úrbez / Vicente Rubio / Oscar Llorca / David Alabadí /
要旨: The R2TP complex is a specialized HSP90 cochaperone essential for the maturation of macromolecular complexes such as RNAPII and TORC1. R2TP is formed by a hetero-hexameric ring of AAA-ATPases RuvBL1 ...The R2TP complex is a specialized HSP90 cochaperone essential for the maturation of macromolecular complexes such as RNAPII and TORC1. R2TP is formed by a hetero-hexameric ring of AAA-ATPases RuvBL1 and RuvBL2, which interact with RPAP3 and PIH1D1. Several R2TP-like complexes have been described, but these are less well characterized. Here, we identified, characterized and determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of R2T from Arabidopsis thaliana, which lacks PIH1D1 and is probably the only form of the complex in seed plants. In contrast to R2TP, R2T is organized as two rings of AtRuvBL1-AtRuvBL2a interacting back-to-back, with one AtRPAP3 anchored per ring. AtRPAP3 has no effect on the ATPase activity of AtRuvBL1-AtRuvBL2a and binds with a different stoichiometry than in human R2TP. We show that the interaction of AtRPAP3 with AtRuvBL2a and AtHSP90 occurs via a conserved mechanism. However, the distinct architectures of R2T and R2TP suggest differences in their functions and mechanisms.
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Arabidopsis thaliana R2T complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.72 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.72 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.012261973 - 0.040693942
平均 (標準偏差)0.0000053762565 (±0.0018697606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 294.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map (Postprocess) for the Arabidopsis thaliana R2T complex

ファイルemd_19894_additional_1.map
注釈Sharpened map (Postprocess) for the Arabidopsis thaliana R2T complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Arabidopsis thaliana dodecameric R2T complex II (containing a...

ファイルemd_19894_additional_2.map
注釈Arabidopsis thaliana dodecameric R2T complex II (containing a AtRUVBL1-AtRUVBL2 hetero-dodecamer in complex with 1 AtRPAP3 RBD domain)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Arabidopsis thaliana dodecameric R2T complex I (containing a...

ファイルemd_19894_additional_3.map
注釈Arabidopsis thaliana dodecameric R2T complex I (containing a AtRUVBL1-AtRUVBL2 hetero-dodecamer in complex with 2 AtRPAP3 RBD domains)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 (unfil) for the Arabidopsis thaliana R2T complex

ファイルemd_19894_half_map_1.map
注釈Half map 1 (unfil) for the Arabidopsis thaliana R2T complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 (unfil) for the Arabidopsis thaliana R2T complex

ファイルemd_19894_half_map_2.map
注釈Half map 2 (unfil) for the Arabidopsis thaliana R2T complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AtR2T complex

全体名称: AtR2T complex
要素
  • 複合体: AtR2T complex
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like helicase
    • タンパク質・ペプチド: At1g56440
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: AtR2T complex

超分子名称: AtR2T complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: AtRuvBL1-AtRuvBL2a in complex with AtRPAP3
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: RuvB-like protein 1

分子名称: RuvB-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Protein sequence contains a N-terminal 10xHistidine tag and TEV protease cleavage site that do not affect protein activity nor structure
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 53.750754 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH HHSSGENLYF QGSHMLEDPM EKVKIEEIQS TAKKQRIATH THIKGLGLEP TGIPIKLAAG FVGQLEAREA AGLVVDMIK QKKMAGKALL LAGPPGTGKT ALALGISQEL GSKVPFCPMV GSEVYSSEVK KTEVLMENFR RAIGLRIKET K EVYEGEVT ...文字列:
MGSSHHHHHH HHSSGENLYF QGSHMLEDPM EKVKIEEIQS TAKKQRIATH THIKGLGLEP TGIPIKLAAG FVGQLEAREA AGLVVDMIK QKKMAGKALL LAGPPGTGKT ALALGISQEL GSKVPFCPMV GSEVYSSEVK KTEVLMENFR RAIGLRIKET K EVYEGEVT ELSPEETESL TGGYGKSISH VVITLKTVKG TKHLKLDPTI YDALIKEKVA VGDVIYIEAN SGAVKRVGRS DA FATEFDL EAEEYVPLPK GEVHKKKEIV QDVTLQDLDA ANARPQGGQD ILSLMGQMMK PRKTEITDKL RQEINKVVNR YID EGVAEL VPGVLFIDEV HMLDMECFSY LNRALESSLS PIVIFATNRG VCNVRGTDMP SPHGVPIDLL DRLVIIRTQI YDPS EMIQI IAIRAQVEEL TVDEECLVLL GEIGQRTSLR HAVQLLSPAS IVAKMNGRDN ICKADIEEVT SLYLDAKSSA KLLHE QQEK YIS

UniProtKB: RuvB-like protein 1

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分子 #2: RuvB-like helicase

分子名称: RuvB-like helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Protein sequence contains a stretch of 18 residues extra at the N-terminus due to cloning design that does not affect protein activity nor structure
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 54.007848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADLNWISAG HAIADVGTMA ELKLSESRDL TRVERIGAHS HIRGLGLDSA LEPRAVSEGM VGQVKARKAA GVILQMIREG KIAGRAILI AGQPGTGKTA IAMGMAKSLG LETPFAMIAG SEIFSLEMSK TEALTQSFRK AIGVRIKEET EVIEGEVVEV Q IDRPASSG ...文字列:
MADLNWISAG HAIADVGTMA ELKLSESRDL TRVERIGAHS HIRGLGLDSA LEPRAVSEGM VGQVKARKAA GVILQMIREG KIAGRAILI AGQPGTGKTA IAMGMAKSLG LETPFAMIAG SEIFSLEMSK TEALTQSFRK AIGVRIKEET EVIEGEVVEV Q IDRPASSG VASKSGKMTM KTTDMETVYD MGAKMIEALN KEKVQSGDVI AIDKATGKIT KLGRSFSRSR DYDAMGAQTK FV QCPEGEL QKRKEVVHCV TLHEIDVINS RTQGFLALFT GDTGEIRSEV REQIDTKVAE WREEGKAEIV PGVLFIDEVH MLD IECFSF LNRALENEMS PILVVATNRG VTTIRGTNQK SPHGIPIDLL DRLLIITTQP YTDDDIRKIL EIRCQEEDVE MNEE AKQLL TLIGRDTSLR YAIHLITAAA LSCQKRKGKV VEVEDIQRVY RLFLDVRRSM QYLVEYQSQY MFSEPIKNDE AAAED EQDA MQI

UniProtKB: RuvB-like helicase

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分子 #3: At1g56440

分子名称: At1g56440 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Protein sequence contains a N-terminal His-tag followed by an IF2D1 tag and a TEV protease site, and C-terminal Strep-II tag with HRV 3C protease site that do not affect protein activity nor structure
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 59.14498 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH HHHHMTDVTI KGGENLYFQG MARSPSKHGR DQTQDFQGFF NDLQDWELSL KDKDKKIKQQ PANSSNPSSE TFRPSGSGK YDFAKKYRSI RDLSSSLIGE SLLDSSSEKE QGNEFFKQKK FNEAIDCYSR SIALSPNAVT YANRAMAYLK I KRYREAEV ...文字列:
MGSSHHHHHH HHHHMTDVTI KGGENLYFQG MARSPSKHGR DQTQDFQGFF NDLQDWELSL KDKDKKIKQQ PANSSNPSSE TFRPSGSGK YDFAKKYRSI RDLSSSLIGE SLLDSSSEKE QGNEFFKQKK FNEAIDCYSR SIALSPNAVT YANRAMAYLK I KRYREAEV DCTEALNLDD RYIKAYSRRA TARKELGMIK EAKEDAEFAL RLEPESQELK KQYADIKSLL EKEIIEKATG AM QSTAQEL LKTSGLDKKI QKPKTEMTSK PVTLVAKTNR DIVQPVLGSN ESSGKKLIEN IQPEEKSKEG SMKIPAITEI LDS KKVTPG SQSYEKEAKP SDRNGTQPSG PENQVSKQLE LKPSVQELAA HAASLAMTEA SKNIKTPKSA YEFENSWRSF SGDS ALRSQ LLKVTTPSSL PQIFKNALTS PVLVDIIKCV ASFFTEDMDL AVKYIENLTK VPRFNMLVMC LTSTEKNELL KIWED VFCN KATPMEYAEV LDKLRSRYCL KQLEVLFQGP WSHPQFEK

UniProtKB: At1g56440

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESN-(2-Hydroxyethyl)piperazine-N-(2-ethanesulfonic acid)
300.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMDTT1,4-Dithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 100.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.12 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2334954
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryoSPARC Ab Initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 185042
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-9eq2:
Arabidopsis thaliana R2T complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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