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- EMDB-19870: Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo les... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19870
タイトルHuman OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of human 8-oxoguanine glycosylase with nucleosome core particle
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: N-glycosylase/DNA lyase
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-C
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
    • 複合体: Widom 601 DNA
      • DNA: Widom 601 DNA (145-MER)
      • DNA: Widom 601 DNA (145-MER)
キーワードhOGG1 / 8-oxoguanine / nucleosome / base excision repair / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / base-excision repair, AP site formation / Barr body / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / base-excision repair, AP site formation / Barr body / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of chromosome condensation / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / oocyte maturation / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / nucleosomal DNA binding / oxidized purine DNA binding / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / nucleus organization / spermatid development / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / embryo implantation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / nucleotide-excision repair / cellular response to reactive oxygen species / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / response to radiation / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / base-excision repair / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / male gonad development / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / HCMV Early Events / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heterochromatin formation / nucleosome assembly / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / HATs acetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs
類似検索 - 分子機能
8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / : ...8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-glycosylase/DNA lyase / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H3.3 / Histone H2A type 1-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ren M / Gut F / Fan Y / Hopfner K-P / Zhou C
資金援助 中国, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2023YFA0913800 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377059 中国
German Research Foundation (DFG)SFB1361-project ID 393547839, TRR237-project ID 369799452, HO2489/11-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Gottfried Wilhelm Leibniz-Price HO 2489/9-1 ドイツ
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for human OGG1 processing 8-oxodGuo within nucleosome core particles.
著者: Mengtian Ren / Fabian Gut / Yilan Fan / Jingke Ma / Xiajing Shan / Aysenur Yikilmazsoy / Mariia Likhodeeva / Karl-Peter Hopfner / Chuanzheng Zhou /
要旨: Base excision repair (BER) is initialized by DNA glycosylases, which recognize and flip damaged bases out of the DNA duplex into the enzymes active site, followed by cleavage of the glycosidic bond. ...Base excision repair (BER) is initialized by DNA glycosylases, which recognize and flip damaged bases out of the DNA duplex into the enzymes active site, followed by cleavage of the glycosidic bond. Recent studies have revealed that all types of DNA glycosylases repair base lesions less efficiently within nucleosomes, and their repair activity is highly depended on the lesion's location within the nucleosome. To reveal the underlying molecular mechanism of this phenomenon, we determine the 3.1 Å cryo-EM structure of human 8-oxoguanine-DNA glycosylase 1 (hOGG1) bound to a nucleosome core particle (NCP) containing a common oxidative base lesion, 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxodGuo). Our structural analysis shows that hOGG1 can recognize and flip 8-oxodGuo even within NCPs; however, the interaction between 8-oxodGuo and hOGG1 in a NCP context is weaker than in free DNA due to competition for nucleosomal DNA by the histones. Binding of OGG1 and the flipping of 8-oxodGuo by hOGG1 leads to a partial detachment of DNA from the histone core and a ratchet-like inward movement of nucleosomal DNA. Our findings provide insights into how the dynamic structure of nucleosomes modulate the activity of repair enzymes within chromatin.
履歴
登録2024年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 229.9 Å		1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 229.9 Å		1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 229.9 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.02280702 - 0.047702026
平均 (標準偏差)0.00025503218 (±0.0019307152)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 229.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19870_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_19870_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19870_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19870_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of human 8-oxoguanine glycosylase with nucleosome ...

全体名称: Binary complex of human 8-oxoguanine glycosylase with nucleosome core particle
要素
  • 複合体: Binary complex of human 8-oxoguanine glycosylase with nucleosome core particle
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: N-glycosylase/DNA lyase
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-C
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
    • 複合体: Widom 601 DNA
      • DNA: Widom 601 DNA (145-MER)
      • DNA: Widom 601 DNA (145-MER)

+
超分子 #1: Binary complex of human 8-oxoguanine glycosylase with nucleosome ...

超分子名称: Binary complex of human 8-oxoguanine glycosylase with nucleosome core particle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Nucleosome core particle

超分子名称: Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Widom 601 DNA

超分子名称: Widom 601 DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: N-glycosylase/DNA lyase

分子名称: N-glycosylase/DNA lyase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.092289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSSHHHHHHS QDPARALLPR RMGHRTLAST PALWASIPCP RSELRLDLVL PSGQSFRWRE QSPAHWSGVL ADQVWTLTQT EEQLHCTVY RGDKSQASRP TPDELEAVRK YFQLDVTLAQ LYHHWGSVDS HFQEVAQKFQ GVRLLRQDPI ECLFSFICSS N NNIARITG ...文字列:
GSSHHHHHHS QDPARALLPR RMGHRTLAST PALWASIPCP RSELRLDLVL PSGQSFRWRE QSPAHWSGVL ADQVWTLTQT EEQLHCTVY RGDKSQASRP TPDELEAVRK YFQLDVTLAQ LYHHWGSVDS HFQEVAQKFQ GVRLLRQDPI ECLFSFICSS N NNIARITG MVERLCQAFG PRLIQLDDVT YHGFPSLQAL AGPEVEAHLR KLGLGYRARY VSASARAILE EQGGLAWLQQ LR ESSYEEA HKALCILPGV GTQVADCICL MALDKPQAVP VDVHMWHIAQ RDYSWHPTTS QAKGPSPQTN KELGNFFRSL WGP YAGWAQ AVLFSADLRQ SRHAQEPPAK RRKGSKGPEG

UniProtKB: N-glycosylase/DNA lyase

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H3.3

分子名称: Histone H3.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.229787 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP STGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSAAI GALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.3

+
分子 #4: Histone H2A type 1-C

分子名称: Histone H2A type 1-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.004329 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKSRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-C

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分子 #5: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.806018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

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分子 #6: Widom 601 DNA (145-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.520383 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG) (DA)(DT)

+
分子 #7: Widom 601 DNA (145-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.00766 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(8OG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 43.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 66370
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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