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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19687 | |||||||||
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タイトル | GroEL with bound GroTAC peptide | |||||||||
マップデータ | GroEL with bound GroTAC peptide EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | GroEL / GroTAC / PROTAC / degrader / complex / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / protein folding / positive regulation of T cell activation / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Wroblewski K / Izert-Nowakowska MA / Goral TK / Klimecka MM / Kmiecik S / Gorna MW | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Depletion of essential GroEL protein in Escherichia coli using Clp-Interacting Peptidic Protein Erasers (CLIPPERs) 著者: Izert-Nowakowska MA / Klimecka MM / Antosiewicz A / Wroblewski K / Bandyra KJ / Goral TK / Kmiecik S / Serwa RA / Gorna MW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19687.map.gz | 566.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19687-v30.xml emd-19687.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19687_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19687.png | 139.7 KB | ||
マスクデータ | emd_19687_msk_1.map | 600.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19687.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_19687_additional_1.map.gz emd_19687_half_map_1.map.gz emd_19687_half_map_2.map.gz | 290.6 MB 556.6 MB 556.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19687 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19687 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19687_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19687_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19687_validation.xml.gz | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19687_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19687 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19687 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8s32MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | GroEL with bound GroTAC peptide EM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5878 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19687_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_19687_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: GroEL with bound GroTAC peptide EM half map B
ファイル | emd_19687_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | GroEL with bound GroTAC peptide EM half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: GroEL with bound GroTAC peptide EM half map A
ファイル | emd_19687_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | GroEL with bound GroTAC peptide EM half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : A complex of GroEL with GroTAC peptide
全体 | 名称: A complex of GroEL with GroTAC peptide |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of GroEL with GroTAC peptide
超分子 | 名称: A complex of GroEL with GroTAC peptide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 4 kDa/nm |
-超分子 #2: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: GroTAC
超分子 | 名称: GroTAC / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: Chaperonin GroEL
分子 | 名称: Chaperonin GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 57.391711 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAKDVKFGN DARVKMLRGV NVLADAVKVT LGPKGRNVVL DKSFGAPTIT KDGVSVAREI ELEDKFENMG AQMVKEVASK ANDAAGDGT TTATVLAQAI ITEGLKAVAA GMNPMDLKRG IDKAVTAAVE ELKALSVPCS DSKAIAQVGT ISANSDETVG K LIAEAMDK ...文字列: MAAKDVKFGN DARVKMLRGV NVLADAVKVT LGPKGRNVVL DKSFGAPTIT KDGVSVAREI ELEDKFENMG AQMVKEVASK ANDAAGDGT TTATVLAQAI ITEGLKAVAA GMNPMDLKRG IDKAVTAAVE ELKALSVPCS DSKAIAQVGT ISANSDETVG K LIAEAMDK VGKEGVITVE DGTGLQDELD VVEGMQFDRG YLSPYFINKP ETGAVELESP FILLADKKIS NIREMLPVLE AV AKAGKPL LIIAEDVEGE ALATLVVNTM RGIVKVAAVK APGFGDRRKA MLQDIATLTG GTVISEEIGM ELEKATLEDL GQA KRVVIN KDTTTIIDGV GEEAAIQGRV AQIRQQIEEA TSDYDREKLQ ERVAKLAGGV AVIKVGAATE VEMKEKKARV EDAL HATRA AVEEGVVAGG GVALIRVASK LADLRGQNED QNVGIKVALR AMEAPLRQIV LNCGEEPSVV ANTVKGGDGN YGYNA ATEE YGNMIDMGIL DPTKVTRSAL QYAASVAGLM ITTECMVTDL PKNDAADLGA AGGMGGMGGM GGMM UniProtKB: Chaperonin GroEL |
-分子 #2: GroTAC
分子 | 名称: GroTAC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.176783 KDa |
配列 | 文字列: CYRGGRPALR VVK(UNK)(UNK)(UNK)SWMT TPWGFHLP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: ATP was added to the sample immediately before disposing on a grid | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4672 / 平均露光時間: 16.67 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 240000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model 詳細: The CA model was obtained by ModelAngelo (1.09) and then subsequently rebuilt to full-atom by cg2all (1.5). |
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詳細 | The C-alpha model was obtained by two rounds of ab initio modeling using machine learning-based ModelAngelo 1.09 software. The incorrectly assigned GroEL residues were then manually corrected. The C-alpha trace of the GroTAC peptide was initially constructed by ModelAngelo, with residue identities suggested through a comparison to the 1MNF PDB structure. The reconstruction to full-atom was performed using cg2all 1.5 software. The first stage of refinement was done in Coot (0.9.8.5). The final refinement stage involved two rounds of phenix.real_space_refine (Phenix 1.21.5207). |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: 0.88 |
得られたモデル | PDB-8s32: |