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- EMDB-19434: Cryo-EM structure of the light-driven sodium-pumping rhodopsin KR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19434
タイトルCryo-EM structure of the light-driven sodium-pumping rhodopsin KR2
マップデータ
試料
  • 複合体: Sodium-pumping rhodopsin
    • タンパク質・ペプチド: Sodium pumping rhodopsin
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: EICOSANE
  • リガンド: RETINAL
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: water
キーワードretinal / ion transport / sodium / rhodopsin / photocycle / pentamer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / Sodium pumping rhodopsin
機能・相同性情報
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Kovalev K / Linares R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND847543 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EasyGrid: A versatile platform for automated cryo-EM sample preparation and quality control
著者: Gemin O / Armijo V / Papp G
履歴
登録2024年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.48 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.48 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.2463374 - 2.2708523
平均 (標準偏差)0.0014914346 (±0.06547618)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 268.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_19434_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: mask for the refinement

ファイルemd_19434_additional_2.map
注釈mask for the refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19434_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19434_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sodium-pumping rhodopsin

全体名称: Sodium-pumping rhodopsin
要素
  • 複合体: Sodium-pumping rhodopsin
    • タンパク質・ペプチド: Sodium pumping rhodopsin
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: EICOSANE
  • リガンド: RETINAL
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: Sodium-pumping rhodopsin

超分子名称: Sodium-pumping rhodopsin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: KR2 rhodopsin solubilized in DDM
由来(天然)生物種: Dokdonia eikasta (バクテリア)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Sodium pumping rhodopsin

分子名称: Sodium pumping rhodopsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dokdonia eikasta (バクテリア)
分子量理論値: 31.540439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQELGNANF ENFIGATEGF SEIAYQFTSH ILTLGYAVML AGLLYFILTI KNVDKKFQMS NILSAVVMVS AFLLLYAQAQ NWTSSFTFN EEVGRYFLDP SGDLFNNGYR YLNWLIDVPM LLFQILFVVS LTTSKFSSVR NQFWFSGAMM IITGYIGQFY E VSNLTAFL ...文字列:
MTQELGNANF ENFIGATEGF SEIAYQFTSH ILTLGYAVML AGLLYFILTI KNVDKKFQMS NILSAVVMVS AFLLLYAQAQ NWTSSFTFN EEVGRYFLDP SGDLFNNGYR YLNWLIDVPM LLFQILFVVS LTTSKFSSVR NQFWFSGAMM IITGYIGQFY E VSNLTAFL VWGAISSAFF FHILWVMKKV INEGKEGISP AGQKILSNIW ILFLISWTLY PGAYLMPYLT GVDGFLYSED GV MARQLVY TIADVSSKVI YGVLLGNLAI TLSKNKELVE ANS

UniProtKB: Sodium pumping rhodopsin

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分子 #2: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: OLC
分子量理論値: 356.54 Da
Chemical component information

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / L-グリセロ-ル3-オレア-ト

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分子 #3: EICOSANE

分子名称: EICOSANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 66 / 式: LFA
分子量理論値: 282.547 Da
Chemical component information

ChemComp-LFA:
EICOSANE / イコサン

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分子 #4: RETINAL

分子名称: RETINAL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: RET
分子量理論値: 284.436 Da
Chemical component information

ChemComp-RET:
RETINAL / 7-cis-レチナ-ル

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5
分子量理論値: 22.99 Da

-
分子 #6: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 352 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: copper grids were first plasma-treated 15 times in EasyGrid,
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 297 K / 詳細: Jet vitrified with EasyGrid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6671 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 40.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1916000
詳細: A first round of blob picking was performed and used to obtain an initial model. this initial model was used to generate templates that were then used to performed template picking, resulting in 1916000 particles
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6yc3

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 333078
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 3000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8rq5:
Cryo-EM structure of the light-driven sodium-pumping rhodopsin KR2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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