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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19365 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a dimer of decameric human CALHM4 in complex with synthetic nanobody SbC4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / large pore channels / sybody / CALHM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / membrane / Calcium homeostasis modulator protein 4 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Peter M / Drozdzyk K / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural features of heteromeric channels composed of CALHM2 and CALHM4 paralogs 著者: Drozdzyk K / Peter M / Dutzler R | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19365.map.gz | 432.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19365-v30.xml emd-19365.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19365_fsc.xml | 17.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19365.png | 52.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19365.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_19365_half_map_1.map.gz emd_19365_half_map_2.map.gz | 378 MB 378 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19365 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19365 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19365_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19365_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19365_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19365_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19365 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19365 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.651 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19365_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19365_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of CALHM4 channel with synthetic nanobody SbC4
全体 | 名称: Complex of CALHM4 channel with synthetic nanobody SbC4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of CALHM4 channel with synthetic nanobody SbC4
超分子 | 名称: Complex of CALHM4 channel with synthetic nanobody SbC4 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.03 MDa |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 4
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 35.981656 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSCPTLNNIV SSLQRNGIFI NSLIAALTIG GQQLFSSSTF SCPCQVGKNF YYGSAFLVIP ALILLVAGFA LRSQMWTITG EYCCSCAPP YRRISPLECK LACLRFFSIT GRAVIAPLTW LAVTLLTGTY YECAASEFAS VDHYPMFDNV SASKREEILA G FPCCRSAP ...文字列: MSCPTLNNIV SSLQRNGIFI NSLIAALTIG GQQLFSSSTF SCPCQVGKNF YYGSAFLVIP ALILLVAGFA LRSQMWTITG EYCCSCAPP YRRISPLECK LACLRFFSIT GRAVIAPLTW LAVTLLTGTY YECAASEFAS VDHYPMFDNV SASKREEILA G FPCCRSAP SDVILVRDEI ALLHRYQSQM LGWILITLAT IAALVSCCVA KCCSPLTSLQ HCYWTSHLQN ERELFEQAAE QH SRLLMMH RIKKLFGFIP GSEDVKHIRI PSCQDWKDIS VPTLLCMGDD LQGHYSFLGN RVDEDNEEDR SRGIELKPAL EVL FQ UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 4 |
-分子 #2: Synthetic nanobody SbC4
分子 | 名称: Synthetic nanobody SbC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 15.613268 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SSSQVQLVES GGGLVQAGGS LRLSCAASGF PVYYTHMRWY RQAPGKEREW VAAIYSKGAG THYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC FVGVGNSYIG QGTQVTVSAG RAGEQKLISE EDLNSAVDHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |