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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19362 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CALHM2 in complex with synthetic nanobody SbC2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / large pore channels / sybody / CALHM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / positive regulation of apoptotic process / membrane / Calcium homeostasis modulator protein 2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Drozdzyk K / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural features of heteromeric channels composed of CALHM2 and CALHM4 paralogs 著者: Drozdzyk K / Peter M / Dutzler R | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19362.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19362-v30.xml emd-19362.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19362_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19362.png | 43.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19362.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_19362_half_map_1.map.gz emd_19362_half_map_2.map.gz | 59 MB 59 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19362 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19362_validation.pdf.gz | 887 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19362_full_validation.pdf.gz | 886.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19362_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19362_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19362 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19362_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19362_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of CALHM2 channel with synthetic nanobody SbC2
全体 | 名称: Complex of CALHM2 channel with synthetic nanobody SbC2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of CALHM2 channel with synthetic nanobody SbC2
超分子 | 名称: Complex of CALHM2 channel with synthetic nanobody SbC2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 590 KDa |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 2
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.099535 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSAALIAENF RFLSLFFKSK DVMIFNGLVA LGTVGSQELF SVVAFHCPCS PARNYLYGLA AIGVPALVLF IIGIILNNHT WNLVAECQH RRTKNCSAAP TFLLLSSILG RAAVAPVTWS VISLLRGEAY VCALSEFVDP SSLTAREEHF PSAHATEILA R FPCKENPD ...文字列: MSAALIAENF RFLSLFFKSK DVMIFNGLVA LGTVGSQELF SVVAFHCPCS PARNYLYGLA AIGVPALVLF IIGIILNNHT WNLVAECQH RRTKNCSAAP TFLLLSSILG RAAVAPVTWS VISLLRGEAY VCALSEFVDP SSLTAREEHF PSAHATEILA R FPCKENPD NLSDFREEVS RRLRYESQLF GWLLIGVVAI LVFLTKCLKH YCSPLSYRQE AYWAQYRANE DQLFQRTAEV HS RVLAANN VRRFFGFVAL NKDDEELIAN FPVEGTQPRP QWNAITGVYL YRENQGLPLY SRLHKWAQGL AGNGAAPDNV EMA LLPSAL EVLFQ UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 2 |
-分子 #2: Synthetic nanobody SbC2
分子 | 名称: Synthetic nanobody SbC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 16.80334 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) |
配列 | 文字列: SSSQVQLVES GGGSVQAGGS LRLSCAASGN IRNISYLGWF RQAPGKEREG VAALWTTQGQ TYYADSVKGR FTVSLDNAKN TVYLQMNSL KPEDTALYYC AAATSGQYNP LRGYHYNEYW GQGTQVTVSA GRAGEQKLIS EEDLNSAVDH HHHHH |
-分子 #3: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子 | 名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 11 / 式: PLC |
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分子量 | 理論値: 622.834 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |