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- EMDB-19110: CryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19110
タイトルCryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody.
マップデータMain map: Sharpened map of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22, used for model refinement. Additional map: DeepEMhancer sharpened map, used for model building and map visualization.
試料
  • 複合体: human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.
    • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
    • タンパク質・ペプチド: hFab LHT-22, Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: hFab LHT-22, Heavy Chain
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGARP / TGF-B1 / ACTIVATION / TREG / IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein localization to extracellular region / cellular response to acetaldehyde / frontal suture morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation ...establishment of protein localization to extracellular region / cellular response to acetaldehyde / frontal suture morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of skeletal muscle tissue development / embryonic liver development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / response to laminar fluid shear stress / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of striated muscle tissue development / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of protein import into nucleus / extracellular matrix assembly / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / odontoblast differentiation / positive regulation of odontogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Langerhans cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of exit from mitosis / secondary palate development / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / retina vasculature development in camera-type eye / heart valve morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / mammary gland branching involved in thelarche / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / positive regulation of vasculature development / lens fiber cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix disassembly / ATP biosynthetic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / receptor catabolic process / positive regulation of chemotaxis / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / receptor ligand inhibitor activity / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of biomineral tissue development / germ cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / phospholipid homeostasis / response to salt / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of vascular permeability / response to cholesterol / oligodendrocyte development / negative regulation of interleukin-17 production / cell-cell junction organization / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / phosphate-containing compound metabolic process / transforming growth factor beta binding / response to vitamin D / sprouting angiogenesis / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / aortic valve morphogenesis / digestive tract development / negative regulation of ossification / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / positive regulation of fibroblast migration / face morphogenesis / neural tube development / positive regulation of regulatory T cell differentiation / ureteric bud development / negative regulation of cytokine production / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / lung alveolus development / negative regulation of neuroblast proliferation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Leucine-rich repeat N-terminal domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cystine-knot cytokine / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor beta activator LRRC32
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Felix J / Lambert F / Marien L / van der Woning B / Savvides SN / Lucas S
資金援助 ベルギー, 5件
OrganizationGrant number国
Other privateFondation contre le Cancer / 2020-079
Other governmentARC / 19/24-098 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)PDR / T.0145.21 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)WELBIO / CR2019A-02R ベルギー
Other privateSalus Sanguinis
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TGF-beta1 activating antibodies as novel immunotherapeutics for graft-versus-host disease.
著者: Lambert F / Felix J / Wautier S / Gaignage M / Dupre E / Marien L / Lesage M / van der Woning B / Coulie PG / Savvides SN / Lucas S
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map: Sharpened map of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22, used for model refinement. Additional map: DeepEMhancer sharpened map, used for model building and map visualization.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 440 pix.
= 316.8 Å		0.72 Å/pix.
x 440 pix.
= 316.8 Å		0.72 Å/pix.
x 440 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.27849072 - 0.47228703
平均 (標準偏差)-0.00011055857 (±0.007858034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19110_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map of human GARP-lTGFbeta1 in complex...

ファイルemd_19110_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened map of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22, used for model building and map visualization.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.

ファイルemd_19110_half_map_1.map
注釈Half map 1 of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.

ファイルemd_19110_half_map_2.map
注釈Half map 2 of human GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.

全体名称: human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.
要素
  • 複合体: human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.
    • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
    • タンパク質・ペプチド: hFab LHT-22, Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: hFab LHT-22, Heavy Chain
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22.

超分子名称: human GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LHT-22. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 260 kDa/nm

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分子 #1: Transforming growth factor beta-1

分子名称: Transforming growth factor beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.383051 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPPSGLRLLP LLLPLLWLLV LTPGRPAAGL STCKTIDMEL VKRKRIEAIR GQILSKLRLA SPPSQGEVPP GPLPEAVLAL YNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHNE IYDKFKQSTH SIYMFFNTSE LREAVPEPVL LSRAELRLLR L KLKVEQHV ...文字列:
MPPSGLRLLP LLLPLLWLLV LTPGRPAAGL STCKTIDMEL VKRKRIEAIR GQILSKLRLA SPPSQGEVPP GPLPEAVLAL YNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHNE IYDKFKQSTH SIYMFFNTSE LREAVPEPVL LSRAELRLLR L KLKVEQHV ELYQKYSNNS WRYLSNRLLA PSDSPEWLSF DVTGVVRQWL SRGGEIEGFR LSAHCSCDSR DNTLQVDING FT TGRRGDL ATIHGMNRPF LLLMATPLER AQHLQSSRHR RALDTNYCFS STEKNCCVRQ LYIDFRKDLG WKWIHEPKGY HAN FCLGPC PYIWSLDTQY SKVLALYNQH NPGASAAPCC VPQALEPLPI VYYVGRKPKV EQLSNMIVRS CKCS

UniProtKB: Transforming growth factor beta-1 proprotein

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分子 #2: Transforming growth factor beta activator LRRC32

分子名称: Transforming growth factor beta activator LRRC32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.261523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPQILLLLA LLTLGLAAQH QDKVPCKMVD KKVSCQVLGL LQVPSVLPPD TETLDLSGNQ LRSILASPLG FYTALRHLDL STNEISFLQ PGAFQALTHL EHLSLAHNRL AMATALSAGG LGPLPRVTSL DLSGNSLYSG LLERLLGEAP SLHTLSLAEN S LTRLTRHT ...文字列:
MRPQILLLLA LLTLGLAAQH QDKVPCKMVD KKVSCQVLGL LQVPSVLPPD TETLDLSGNQ LRSILASPLG FYTALRHLDL STNEISFLQ PGAFQALTHL EHLSLAHNRL AMATALSAGG LGPLPRVTSL DLSGNSLYSG LLERLLGEAP SLHTLSLAEN S LTRLTRHT FRDMPALEQL DLHSNVLMDI EDGAFEGLPR LTHLNLSRNS LTCISDFSLQ QLRVLDLSCN SIEAFQTASQ PQ AEFQLTW LDLRENKLLH FPDLAALPRL IYLNLSNNLI RLPTGPPQDS KGIHAPSEGW SALPLSAPSG NASGRPLSQL LNL DLSYNE IELIPDSFLE HLTSLCFLNL SRNCLRTFEA RRLGSLPCLM LLDLSHNALE TLELGARALG SLRTLLLQGN ALRD LPPYT FANLASLQRL NLQGNRVSPC GGPDEPGPSG CVAFSGITSL RSLSLVDNEI ELLRAGAFLH TPLTELDLSS NPGLE VATG ALGGLEASLE VLALQGNGLM VLQVDLPCFI CLKRLNLAEN RLSHLPAWTQ AVSLEVLDLR NNSFSLLPGS AMGGLE TSL RRLYLQGNPL SCCGNGWLAA QLHQGRVDVD ATQDLICRFS SQEEVSLSHV RPEDCEKGGL KNINLEAAAE NLYFQGA AW SHPQFEKGAA WSHPQFEKGA AWSHPQFEKG AA

UniProtKB: Transforming growth factor beta activator LRRC32

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分子 #3: hFab LHT-22, Light Chain

分子名称: hFab LHT-22, Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 25.104023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ AVVTQEPSLS VSPGGTVTIT CGLSSGSVTR NNYPDWYQQT PGQAPRLLLY NTVARHSGVP SRFSGSISG NKAALTITGA QPEDEAGYYC ALYMYTGSNN GRVFGGGTLL TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV C LISDFYPG ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ AVVTQEPSLS VSPGGTVTIT CGLSSGSVTR NNYPDWYQQT PGQAPRLLLY NTVARHSGVP SRFSGSISG NKAALTITGA QPEDEAGYYC ALYMYTGSNN GRVFGGGTLL TVLGQPKAAP SVTLFPPSSE ELQANKATLV C LISDFYPG AVTVAWKADS SPVKAGVETT TPSKQSNNKY AASSYLSLTP EQWKSHRSYS CQVTHEGSTV EKTVAPTECS

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分子 #4: hFab LHT-22, Heavy Chain

分子名称: hFab LHT-22, Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 26.268613 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE LQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFTFDD YTMNWVRQAP GKGLEWVSAI RWNGVTTYYA ESMKGRFTV SRDNGQNTLY LQMNSLKAED TAVYYCAKGG SIDLTYGMDY WGKGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE LQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFTFDD YTMNWVRQAP GKGLEWVSAI RWNGVTTYYA ESMKGRFTV SRDNGQNTLY LQMNSLKAED TAVYYCAKGG SIDLTYGMDY WGKGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EP KSCDKTH

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.13 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Grids were acquired via PUXANO (https://puxano.com)
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13898 / 平均露光時間: 3.37 sec. / 平均電子線量: 61.8 e/Å2
詳細: A total of 6678 untilted movies were collected with a defocus of 0.8 to 2 micrometer. Following untilted data collection, 4020 movies were collected at 16 degree tilt and 3200 movies were ...詳細: A total of 6678 untilted movies were collected with a defocus of 0.8 to 2 micrometer. Following untilted data collection, 4020 movies were collected at 16 degree tilt and 3200 movies were collected at 35 degree tilt, all using similar microscope settings.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6gff

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 320551
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6gff


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8rew:
CryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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