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- EMDB-18969: Structure of the SFTSV L protein stalled in a transcription-speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18969
タイトルStructure of the SFTSV L protein stalled in a transcription-specific early elongation state with bound capped RNA [TRANSCRIPTION-EARLY-ELONGATION]
マップデータ
試料
  • 複合体: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer.
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
  • RNA: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSFTSV (重症熱性血小板減少症候群ウイルス) / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / VIRAL RNA (RNAウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Williams HM / Thorkelsson SR / Vogel D / Busch C / Milewski M / Cusack S / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Leibniz AssociationK72/2017 ドイツ
German Research Foundation (DFG)NST 152/772-1, 774-1, 775-1 and 776-1 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2019 ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural snapshots of phenuivirus cap-snatching and transcription.
著者: Harry M Williams / Sigurdur R Thorkelsson / Dominik Vogel / Carola Busch / Morlin Milewski / Stephen Cusack / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a human pathogen that is now endemic to several East Asian countries. The viral large (L) protein catalyzes viral transcription by ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a human pathogen that is now endemic to several East Asian countries. The viral large (L) protein catalyzes viral transcription by stealing host mRNA caps via a process known as cap-snatching. Here, we establish an in vitro cap-snatching assay and present three high-quality electron cryo-microscopy (cryo-EM) structures of the SFTSV L protein in biologically relevant, transcription-specific states. In a priming-state structure, we show capped RNA bound to the L protein cap-binding domain (CBD). The L protein conformation in this priming structure is significantly different from published replication-state structures, in particular the N- and C-terminal domains. The capped-RNA is positioned in a way that it can feed directly into the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) ready for elongation. We also captured the L protein in an early-elongation state following primer-incorporation demonstrating that this priming conformation is retained at least in the very early stages of primer extension. This structural data is complemented by in vitro biochemical and cell-based assays. Together, these insights further our mechanistic understanding of how SFTSV and other bunyaviruses incorporate stolen host mRNA fragments into their viral transcripts thereby allowing the virus to hijack host cell translation machinery.
#1: ジャーナル: BiorXiv / 年: 2023
タイトル: Structural snapshots of phenuivirus cap-snatching and transcription
著者: Williams HM / Thorkelsson SR / Vogel D / Busch C / Milewski M / Cusack S / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M
履歴
登録2023年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0013
最小 - 最大-0.005434659 - 0.010890229
平均 (標準偏差)0.000025117843 (±0.00043078713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 214.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18969_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18969_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA act...

全体名称: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer.
要素
  • 複合体: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer.
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
  • RNA: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA act...

超分子名称: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: SFTSV L protein expressed recombinantly in complex with several RNA species.
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 235.6985 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNLEVLCGRI NVENGLSLGE PGLYDQIYDR PGLPDLDVTV DATGVTVDIG AVPDSASQLG SSINAGLITI QLSEAYKINH DFTFSGLSK TTDRRLSEVF PITHDGSDGM TPAVIHTRLD GTIVVVEFST TRSHNIGGLE AAYRTKIEKY RDPISRRVDI M ENPRVFFG ...文字列:
MNLEVLCGRI NVENGLSLGE PGLYDQIYDR PGLPDLDVTV DATGVTVDIG AVPDSASQLG SSINAGLITI QLSEAYKINH DFTFSGLSK TTDRRLSEVF PITHDGSDGM TPAVIHTRLD GTIVVVEFST TRSHNIGGLE AAYRTKIEKY RDPISRRVDI M ENPRVFFG VIVVSSGGVL SNMPLTQDEA EELMYRFCIA NEIYTKARSM DADIELQKSE EELEAISRAL SFFSLFEPNI ER VEGTFPN SEIKMLEQFL STPADVDFIT KTLKAKEVEA YADLCDSHYL KPEKTIQERL EINRCEAIDK TQDLLAGLHA RSN KQTSLN RGTVKLPPWL PKPSSESIDI KTDSGFGSLM DHGAYGELWA KCLLDVSLGN VEGVVSDPAK ELDIAISDDP EKDT PKEAK ITYRRFKPAL SSSARQEFSL QGVEGKKWKR MAANQKKEKE SHETLSPFLD VEDIGDFLTF NNLLTDSRYG DESIQ RAVS ILLEKASAMQ DTELTHALND SFKRNLSSNV VQWSLWVSCL AQELASALKQ HCRAGEFIIK KLKFWPIYVI IKPTKS SSH IFYSLGIRKA DVTRRLTGRV FSDTIDAGEW ELTEFKSLKT CKLTNLVNLP CTMLNSIAFW REKLGVAPWL VRKPCSE LR EQVGLTFLIS LEDKSKTEEI ITLTRYTQME GFVSPPMLPK PQKMLGKLDG PLRTKLQVYL LRKHLDCMVR IASQPFSL I PREGRVEWGG TFHAISGRST NLENMVNSWY IGYYKNKEES TELNALGEMY KKIVEMEEDK PSSPEFLGWG DTDSPKKHE FSRSFLRAAC SSLEREIAQR HGRQWKQNLE ERVLREIGTK NILDLASMKA TSNFSKDWEL YSEVQTKEYH RSKLLEKMAT LIEKGVMWY IDAVGQAWKA VLDDGCMRIC LFKKNQHGGL REIYVMDANA RLVQFGVETM ARCVCELSPH ETVANPRLKN S IIENHGLK SARSLGPGSI NINSSNDAKK WNQGHYTTKL ALVLCWFMPA KFHRFIWAAI SMFRRKKMMV DLRFLAHLSS KS ESRSSDP FREAMTDAFH GNRDVSWMDK GRTYIKTETG MMQGILHFTS SLLHSCVQSF YKSYFVSKLK EGYMGESISG VVD VIEGSD DSAIMISIRP KSDMDEVRSR FFVANLLHSV KFLNPLFGIY SSEKSTVNTV YCVEYNSEFH FHRHLVRPTL RWIA ASHQI SETEALASRQ EDYSNLLTQC LEGGASFSLT YLIQCAQLLH HYMLLGLCLH PLFGTFMGML ISDPDPALGF FLMDN PAFA GGAGFRFNLW RACKTTDLGR KYAYYFNEIQ GKTKGDEDYR ALDATSGGTL SHSVMVYWGD RKKYQALLNR MGLPED WVE QIDENPGVLY RRAANKKELL LKLAEKVHSP GVTSSLSKGH VVPRVVAAGV YLLSRHCFRF SSSIHGRGST QKASLIK LL MMSSISAMKH GGSLNPNQER MLFPQAQEYD RVCTLLEEVE HLTGKFVVRE RNIVRSRIDL FQEPVDLRCK AEDLVSEV W FGLKRTKLGP RLLKEEWDKL RASFAWLSTD PSETLRDGPF LSHVQFRNFI AHVDAKSRSV RLLGAPVKKS GGVTTISQV VRMNFFPGFS LEAEKSLDNQ ERLESISILK HVLFMVLNGP YTEEYKLEMI IEAFSTLVIP QPSEVIRKSR TMTLCLLSNY LSSRGGSIL DQIERAQSGT LGGFSKPQKT FVRPGGGVGY KGKGVWTGVM EDTHVQILID GDGTSNWLEE IRLSSDARLY D VIESIRRL CDDLGINNRV ASAYRGHCMV RLSGFKIKPA SRTDGCPVRI MERGFRIREL QNPDEVKMRV RGDILNLSVT IQ EGRVMNI LSYRPRDTDI SESAAAYLWS NRDLFSFGKK EPSCSWICLK TLDNWAWSHA SVLLANDRKT QGIDNRAMGN IFR DCLEGS LRKQGLMRSK LTEMVEKNVV PLTTQELVDI LEEDIDFSDV IAVELSEGSL DIESIFDGAP ILWSAEVEEF GEGV VAVSY SSKYYHLTLM DQAAITMCAI MGKEGCRGLL TEKRCMAAIR EQVRPFLIFL QIPEDSISWV SDQFCDSRGL DEEST IMWG

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 2
詳細: RNA corresponds to 5i end of SFTSV L genome segment.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 6.451975 KDa
配列文字列:
ACACAGAGAC GCCCAGAUGA

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分子 #3: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*GP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3
詳細: RNA corresponds to 3' end of SFTSV L genome segment.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 6.480872 KDa
配列文字列:
GAUCUGGGCG GUAAAUGUGU

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分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: Growing strand RNA. / コピー数: 1
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 918.636 Da
配列文字列:
ACA

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分子 #5: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 5
詳細: The ADM ligand is actually the m7GTP cap and the first A of the sequence. Hence, it corresponds to 2 nts *NOT* 1 nt. I have deleted the first 'real' A from the sequence to reflect this.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 5.863617 KDa
配列文字列:
(M7G)AAAAACGCA ACCAACAC

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分子 #6: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phos...

分子名称: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 2KH
分子量理論値: 483.156 Da
Chemical component information

ChemComp-2KH:
5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 27095 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2998852
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8as7

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 264083
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8r6y:
Structure of the SFTSV L protein stalled in a transcription-specific early elongation state with bound capped RNA [TRANSCRIPTION-EARLY-ELONGATION]

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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