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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the SFTSV L protein in a transcription-priming state with bound capped RNA [TRANSCRIPTION-PRIMING] | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Williams HM / Thorkelsson SR / Vogel D / Busch C / Milewski M / Cusack S / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of phenuivirus cap-snatching and transcription. 著者: Harry M Williams / Sigurdur R Thorkelsson / Dominik Vogel / Carola Busch / Morlin Milewski / Stephen Cusack / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal / ![]() ![]() 要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a human pathogen that is now endemic to several East Asian countries. The viral large (L) protein catalyzes viral transcription by ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a human pathogen that is now endemic to several East Asian countries. The viral large (L) protein catalyzes viral transcription by stealing host mRNA caps via a process known as cap-snatching. Here, we establish an in vitro cap-snatching assay and present three high-quality electron cryo-microscopy (cryo-EM) structures of the SFTSV L protein in biologically relevant, transcription-specific states. In a priming-state structure, we show capped RNA bound to the L protein cap-binding domain (CBD). The L protein conformation in this priming structure is significantly different from published replication-state structures, in particular the N- and C-terminal domains. The capped-RNA is positioned in a way that it can feed directly into the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) ready for elongation. We also captured the L protein in an early-elongation state following primer-incorporation demonstrating that this priming conformation is retained at least in the very early stages of primer extension. This structural data is complemented by in vitro biochemical and cell-based assays. Together, these insights further our mechanistic understanding of how SFTSV and other bunyaviruses incorporate stolen host mRNA fragments into their viral transcripts thereby allowing the virus to hijack host cell translation machinery. #1: ![]() タイトル: Structural snapshots of phenuivirus cap-snatching and transcription 著者: Williams HM / Thorkelsson SR / Vogel D / Busch C / Milewski M / Cusack S / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 61.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 103.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98.5 MB 98.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18967_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18967_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA act...
全体 | 名称: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer. |
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要素 |
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-超分子 #1: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA act...
超分子 | 名称: SFTSV L protein in complex with 5' and 3' RNA, as well as RNA acting as a primer. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: SFTSV L protein expressed recombinantly in complex with several RNA species. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 235.6985 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNLEVLCGRI NVENGLSLGE PGLYDQIYDR PGLPDLDVTV DATGVTVDIG AVPDSASQLG SSINAGLITI QLSEAYKINH DFTFSGLSK TTDRRLSEVF PITHDGSDGM TPAVIHTRLD GTIVVVEFST TRSHNIGGLE AAYRTKIEKY RDPISRRVDI M ENPRVFFG ...文字列: MNLEVLCGRI NVENGLSLGE PGLYDQIYDR PGLPDLDVTV DATGVTVDIG AVPDSASQLG SSINAGLITI QLSEAYKINH DFTFSGLSK TTDRRLSEVF PITHDGSDGM TPAVIHTRLD GTIVVVEFST TRSHNIGGLE AAYRTKIEKY RDPISRRVDI M ENPRVFFG VIVVSSGGVL SNMPLTQDEA EELMYRFCIA NEIYTKARSM DADIELQKSE EELEAISRAL SFFSLFEPNI ER VEGTFPN SEIKMLEQFL STPADVDFIT KTLKAKEVEA YADLCDSHYL KPEKTIQERL EINRCEAIDK TQDLLAGLHA RSN KQTSLN RGTVKLPPWL PKPSSESIDI KTDSGFGSLM DHGAYGELWA KCLLDVSLGN VEGVVSDPAK ELDIAISDDP EKDT PKEAK ITYRRFKPAL SSSARQEFSL QGVEGKKWKR MAANQKKEKE SHETLSPFLD VEDIGDFLTF NNLLTDSRYG DESIQ RAVS ILLEKASAMQ DTELTHALND SFKRNLSSNV VQWSLWVSCL AQELASALKQ HCRAGEFIIK KLKFWPIYVI IKPTKS SSH IFYSLGIRKA DVTRRLTGRV FSDTIDAGEW ELTEFKSLKT CKLTNLVNLP CTMLNSIAFW REKLGVAPWL VRKPCSE LR EQVGLTFLIS LEDKSKTEEI ITLTRYTQME GFVSPPMLPK PQKMLGKLDG PLRTKLQVYL LRKHLDCMVR IASQPFSL I PREGRVEWGG TFHAISGRST NLENMVNSWY IGYYKNKEES TELNALGEMY KKIVEMEEDK PSSPEFLGWG DTDSPKKHE FSRSFLRAAC SSLEREIAQR HGRQWKQNLE ERVLREIGTK NILDLASMKA TSNFSKDWEL YSEVQTKEYH RSKLLEKMAT LIEKGVMWY IDAVGQAWKA VLDDGCMRIC LFKKNQHGGL REIYVMDANA RLVQFGVETM ARCVCELSPH ETVANPRLKN S IIENHGLK SARSLGPGSI NINSSNDAKK WNQGHYTTKL ALVLCWFMPA KFHRFIWAAI SMFRRKKMMV DLRFLAHLSS KS ESRSSDP FREAMTDAFH GNRDVSWMDK GRTYIKTETG MMQGILHFTS SLLHSCVQSF YKSYFVSKLK EGYMGESISG VVD VIEGSD DSAIMISIRP KSDMDEVRSR FFVANLLHSV KFLNPLFGIY SSEKSTVNTV YCVEYNSEFH FHRHLVRPTL RWIA ASHQI SETEALASRQ EDYSNLLTQC LEGGASFSLT YLIQCAQLLH HYMLLGLCLH PLFGTFMGML ISDPDPALGF FLMDN PAFA GGAGFRFNLW RACKTTDLGR KYAYYFNEIQ GKTKGDEDYR ALDATSGGTL SHSVMVYWGD RKKYQALLNR MGLPED WVE QIDENPGVLY RRAANKKELL LKLAEKVHSP GVTSSLSKGH VVPRVVAAGV YLLSRHCFRF SSSIHGRGST QKASLIK LL MMSSISAMKH GGSLNPNQER MLFPQAQEYD RVCTLLEEVE HLTGKFVVRE RNIVRSRIDL FQEPVDLRCK AEDLVSEV W FGLKRTKLGP RLLKEEWDKL RASFAWLSTD PSETLRDGPF LSHVQFRNFI AHVDAKSRSV RLLGAPVKKS GGVTTISQV VRMNFFPGFS LEAEKSLDNQ ERLESISILK HVLFMVLNGP YTEEYKLEMI IEAFSTLVIP QPSEVIRKSR TMTLCLLSNY LSSRGGSIL DQIERAQSGT LGGFSKPQKT FVRPGGGVGY KGKGVWTGVM EDTHVQILID GDGTSNWLEE IRLSSDARLY D VIESIRRL CDDLGINNRV ASAYRGHCMV RLSGFKIKPA SRTDGCPVRI MERGFRIREL QNPDEVKMRV RGDILNLSVT IQ EGRVMNI LSYRPRDTDI SESAAAYLWS NRDLFSFGKK EPSCSWICLK TLDNWAWSHA SVLLANDRKT QGIDNRAMGN IFR DCLEGS LRKQGLMRSK LTEMVEKNVV PLTTQELVDI LEEDIDFSDV IAVELSEGSL DIESIFDGAP ILWSAEVEEF GEGV VAVSY SSKYYHLTLM DQAAITMCAI MGKEGCRGLL TEKRCMAAIR EQVRPFLIFL QIPEDSISWV SDQFCDSRGL DEEST IMWG UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-分子 #2: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / 詳細: RNA is capped primer. / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5.094191 KDa |
配列 | 文字列: AAAACGCAAC CAACAC |
-分子 #3: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*G)-3') タイプ: rna / ID: 3 詳細: RNA corresponds to 5' end of SFTSV L genome segment. コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.451975 KDa |
配列 | 文字列: ACACAGAGAC GCCCAGAUGA |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3') タイプ: rna / ID: 4 詳細: RNA corresponds to 3' end of SFTSV L genome segment. コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 8.386002 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAAGAUC UGGGCGGUCU UUGUGU |
-分子 #5: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*(M7G)*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 5 詳細: The ADM ligand is actually the m7GTP cap and the first A of the sequence. Hence, it corresponds to 2 nts *NOT* 1 nt. I have deleted the first 'real' A from the sequence to reflect this. コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5.863617 KDa |
配列 | 文字列: (M7G)AAAAACGCA ACCAACAC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 4701 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-8r6w: |