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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18809 | |||||||||
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タイトル | Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | E3 ligase / viral protein / transcription factor. / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / symbiont-mediated suppression of host transcription / motor learning / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / symbiont-mediated suppression of host transcription / motor learning / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / SUMOylation of DNA replication proteins / prostate gland growth / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of SUMOylation proteins / HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of proteolysis / SUMOylation of RNA binding proteins / activation of GTPase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / circadian behavior / mRNA transcription / bone marrow development / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / T cell lineage commitment / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / ER overload response / negative regulation of DNA replication / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / entrainment of circadian clock by photoperiod / cardiac septum morphogenesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / androgen receptor signaling pathway / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / locomotory exploration behavior / ubiquitin-like protein ligase binding / necroptotic process / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / SUMOylation of transcription factors / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein sumoylation / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to X-ray / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Pyroptosis / replicative senescence / mitophagy / cellular response to UV-C 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Sandate CR / Chakraborty D / Kater L / Kempf G / Thoma NH | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Structural insights into viral hijacking of p53 by E6 and E6AP 著者: Sandate CR / Chakraborty D / Kater L / Kempf G / Thoma NH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18809.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18809-v30.xml emd-18809.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18809_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18809.png | 50.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18809.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_18809_additional_1.map.gz emd_18809_half_map_1.map.gz emd_18809_half_map_2.map.gz | 32 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18809 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18809 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18809_validation.pdf.gz | 719.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18809_full_validation.pdf.gz | 719.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18809_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18809_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18809 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18809 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r1fMC 8r1gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_18809_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18809_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18809_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex
全体 | 名称: Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex
超分子 | 名称: Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 176 KDa |
-分子 #1: Ubiquitin-protein ligase E3A
分子 | 名称: Ubiquitin-protein ligase E3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 103.5955 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMEKLHQ CYWKSGEPQS DDIEASRMKR AAAKHLIERY YHQLTEGCGN EACTNEFCAS CPTFLRMDN NAAAIKALEL YKINAKLCDP HPSKKGASSA YLENSKGAPN NSCSEIKMNK KGARIDFKDV TYLTEEKVYE I LELCRERE ...文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMEKLHQ CYWKSGEPQS DDIEASRMKR AAAKHLIERY YHQLTEGCGN EACTNEFCAS CPTFLRMDN NAAAIKALEL YKINAKLCDP HPSKKGASSA YLENSKGAPN NSCSEIKMNK KGARIDFKDV TYLTEEKVYE I LELCRERE DYSPLIRVIG RVFSSAEALV QSFRKVKQHT KEELKSLQAK DEDKDEDEKE KAACSAAAME EDSEASSSRI GD SSQGDNN LQKLGPDDVS VDIDAIRRVY TRLLSNEKIE TAFLNALVYL SPNVECDLTY HNVYSRDPNY LNLFIIVMEN RNL HSPEYL EMALPLFCKA MSKLPLAAQG KLIRLWSKYN ADQIRRMMET FQQLITYKVI SNEFNSRNLV NDDDAIVAAS KCLK MVYYA NVVGGEVDTN HNEEDDEEPI PESSELTLQE LLGEERRNKK GPRVDPLETE LGVKTLDCRK PLIPFEEFIN EPLNE VLEM DKDYTFFKVE TENKFSFMTC PFILNAVTKN LGLYYDNRIR MYSERRITVL YSLVQGQQLN PYLRLKVRRD HIIDDA LVR LEMIAMENPA DLKKQLYVEF EGEQGVDEGG VSKEFFQLVV EEIFNPDIGM FTYDESTKLF WFNPSSFETE GQFTLIG IV LGLAIYNNCI LDVHFPMVVY RKLMGKKGTF RDLGDSHPVL YQSLKDLLEY EGNVEDDMMI TFQISQTDLF GNPMMYDL K ENGDKIPITN ENRKEFVNLY SDYILNKSVE KQFKAFRRGF HMVTNESPLK YLFRPEEIEL LICGSRNLDF QALEETTEY DGGYTRDSVL IREFWEIVHS FTDEQKRLFL QFTTGTDRAP VGGLGKLKMI IAKNGPDTER LPTSHTCFNV LLLPEYSSKE KLKERLLKA ITYAKGFGML UniProtKB: Ubiquitin-protein ligase E3A |
-分子 #2: Ubiquitin-like protein SMT3,Protein E6
分子 | 名称: Ubiquitin-like protein SMT3,Protein E6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.542988 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQTPED LDMEDNDII EAHREQIGGS ADENLYFQGM HQKRTAMFQD PQERPRKLPQ LCTELQTTIH DIILECVYCK QQLLRREVYD F AFRDLCIV ...文字列: MSDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQTPED LDMEDNDII EAHREQIGGS ADENLYFQGM HQKRTAMFQD PQERPRKLPQ LCTELQTTIH DIILECVYCK QQLLRREVYD F AFRDLCIV YRDGNPYAVC DKCLKFYSKI SEYRHYSYSL YGTTLEQQYN KPLSDLLIRC INCQKPLSPE EKQRHLDKKQ RF HNIRGRW TGRCMSCSRS SRTRRETQL UniProtKB: Ubiquitin-like protein SMT3, Protein E6 |
-分子 #3: Cellular tumor antigen p53
分子 | 名称: Cellular tumor antigen p53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 46.495152 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMEEPQS DPSVEPPLSQ ETFSDLWKLL PENNVLSPLP SQAMDDLMLS PDDIEQWFTE DPGPDEAPR MPEAAPPVAP APAAPTPAAP APAPSWPLSS SVPSQKTYQG SYGFRLGFLH SGTAKSVTCT YSPALNKMFC Q LAKTCPVQ ...文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMEEPQS DPSVEPPLSQ ETFSDLWKLL PENNVLSPLP SQAMDDLMLS PDDIEQWFTE DPGPDEAPR MPEAAPPVAP APAAPTPAAP APAPSWPLSS SVPSQKTYQG SYGFRLGFLH SGTAKSVTCT YSPALNKMFC Q LAKTCPVQ LWVDSTPPPG TRVRAMAIYK QSQHMTEVVR RCPHHERCSD SDGLAPPQHL IRVEGNLRVE YLDDRNTFRH SV VVPYEPP EVGSDCTTIH YNYMCNSSCM GGMNRRPILT IITLEDSSGN LLGRNSFEVR VCACPGRDRR TEEENLRKKG EPH HELPPG STKRALPNNT SSSPQPKKKP LDGEYFTLQI RGRERFEMFR ELNEALELKD AQAGKEPGGS RAHSSHLKSK KGQS TSRHK KLMFKTEGPD SD UniProtKB: Cellular tumor antigen p53 |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA current, Pelco EasyGlow | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 18039 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8r1f: |