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万見
- EMDB-18614: Inactivated tick-borne encephalitis virus (TBEV) vaccine strain S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18614
タイトルInactivated tick-borne encephalitis virus (TBEV) vaccine strain Sofjin-Chumakov
マップデータLocal refinement of one virion shell raft after the symmetry expansion.
試料
  • ウイルス: Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTBEV / flavivirus / virion envelope / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Orthoflavivirus encephalitidis (ウイルス) / Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Moiseenko AV / Zhang Y / Vorovitch M / Ivanova A / Liu Z / Osolodkin DI / Egorov A / Ishmukhametov A / Sokolova OS
資金援助 ロシア, 2件
OrganizationGrant number国
Other government23A-Sh04-01
Ministry of Education and Science of the Russian FederationFNZG-2022-0002 ロシア
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2024
タイトル: The structure of inactivated mature tick-borne encephalitis virus at 3.0 Å resolution.
著者: Evgeny B Pichkur / Mikhail F Vorovitch / Alla L Ivanova / Elena V Protopopova / Valery B Loktev / Dmitry I Osolodkin / Aydar A Ishmukhametov / Valeriya R Samygina /
要旨: Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes a severe disease, tick-borne encephalitis (TBE), that has a substantial epidemiological importance for Northern Eurasia. Between 10,000 and 15,000 TBE ...Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes a severe disease, tick-borne encephalitis (TBE), that has a substantial epidemiological importance for Northern Eurasia. Between 10,000 and 15,000 TBE cases are registered annually despite the availability of effective formaldehyde-inactivated full-virion vaccines due to insufficient vaccination coverage, as well as sporadic cases of vaccine breakthrough. The development of improved vaccines would benefit from the atomic resolution structure of the antigen. Here we report the refined single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the inactivated mature TBEV vaccine strain Sofjin-Chumakov (Far-Eastern subtype) at a resolution of 3.0 Å. The increase of the resolution with respect to the previously published structures of TBEV strains Hypr and Kuutsalo-14 (European subtype) was reached due to improvement of the virus sample quality achieved by the optimized preparation methods. All the surface epitopes of TBEV were structurally conserved in the inactivated virions. ELISA studies with monoclonal antibodies supported the hypothesis of TBEV protein shell cross-linking upon inactivation with formaldehyde.
履歴
登録2023年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement of one virion shell raft after the symmetry expansion.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.28 Å/pix.
x 300 pix.
= 382.5 Å		1.28 Å/pix.
x 300 pix.
= 382.5 Å		1.28 Å/pix.
x 300 pix.
= 382.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.275 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.139
最小 - 最大-0.6935418 - 1.2334762
平均 (標準偏差)0.0029135214 (±0.037418135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 382.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: variability analysis class002 unsharpened map

ファイルemd_18614_additional_1.map
注釈variability analysis class002 unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: variability analysis class001 unsharpened map

ファイルemd_18614_additional_2.map
注釈variability analysis class001 unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: variability analysis class003 unsharpened map

ファイルemd_18614_additional_3.map
注釈variability analysis class003 unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: variability analysis class000 unsharpened map

ファイルemd_18614_additional_4.map
注釈variability analysis class000 unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Full virion refinement with I symmetry

ファイルemd_18614_additional_5.map
注釈Full virion refinement with I symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18614_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18614_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov)

全体名称: Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Small envelope protein M
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov)

超分子名称: Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov)
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 11087
生物種: Tick-borne encephalitis virus (STRAIN Sofjin-Chumakov)
Sci species strain: Sofjin-Chumakov / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: KC806252.1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthoflavivirus encephalitidis (ウイルス) / 株: Sofjin-Chumakov
分子量理論値: 53.43209 KDa
配列文字列: SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDSIYQ ENPAKTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQSG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVTCVKA SCEAKKKATG HVYDANKIVY TVKVEPHTGD YVAANETHSG R KTASFTVS ...文字列:
SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDSIYQ ENPAKTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQSG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVTCVKA SCEAKKKATG HVYDANKIVY TVKVEPHTGD YVAANETHSG R KTASFTVS SEKTILTMGD YGDVSLLCRV ASGVDLAQTV ILELDKTSEH LPTAWQVHRD WFNDLALPWK HEGAQNWNNA ER LVEFGAP HAVKMDVYNL GDHTGVLLKS LAGVPVAHID GTKYHLKSGH VTCEVGLEKL KMKGLTYTMC DKTKFTWKRI PTD SGHDTV VMEVAFSGTK PCRIPVRAVA HGSPDVNVAM LITPNPIIEN NGGGFIEMQL PPGDNIIYVG ELSHQWFQKG SSIG RVFQK TRKGIERLTV IGEHAWDFGS AGGFLTSVGK ALHTVLGGAF NSLFGGVGFL PKILVGVVLA WLGLNMRNPT MSMSF LLAG GLVLAMTL

UniProtKB: Envelope protein

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分子 #2: Small envelope protein M

分子名称: Small envelope protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: KC806252.1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthoflavivirus encephalitidis (ウイルス) / 株: Sofjin-Chumakov
分子量理論値: 7.919407 KDa
配列文字列:
VLIPSHAQGE LTGRGHKWLE GDSLRTHLTR VEGWVWKNRL LALAMVTVVW LTLESVVTRV AVLVVLLCLA P

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系詳細: The local non-uniform refinement was used on the set of particles subjected to icosahedral symmetry expansion
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5o6a

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: The local non-uniform refinement was used on the set of particles subjected to I symmetry expansion
使用した粒子像数: 70491
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5o6a


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8qrh:
Inactivated tick-borne encephalitis virus (TBEV) vaccine strain Sofjin-Chumakov

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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