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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) ATP+IMP-bound form, extended | |||||||||
![]() | LocScale filtered map | |||||||||
![]() |
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![]() | Octamer / ATP+IMP complex / Purine metabolism / IMPDH / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
![]() | Bulvas O / Kouba T / Pichova I | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) apo form 著者: Bulvas O / Kouba T / Pichova I | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 103.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 121 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 209.3 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 195.5 MB 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qqvMC ![]() 17988 ![]() 18184 ![]() 18600 ![]() 18601 ![]() 18602 ![]() 18604 ![]() 18607 ![]() 18608 ![]() 8pw3C ![]() 8q65C ![]() 8qqpC ![]() 8qqqC ![]() 8qqrC ![]() 8qqtC ![]() 8qqwC ![]() 8qqxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | LocScale filtered map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8336 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase in comp...
全体 | 名称: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase in complex with ATP+IMP |
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要素 |
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-超分子 #1: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase in comp...
超分子 | 名称: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase in complex with ATP+IMP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 426.658 KDa |
-分子 #1: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
分子 | 名称: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: IMP dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: MC2 155 |
分子量 | 理論値: 53.388988 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSIAESSVPI AVPVPTGGDD PTKVAMLGLT FDDVLLLPAA SDVVPATADT SSQLTKRIRL RVPLVSSAMD TVTESRMAIA MARAGGMGV LHRNLPVAEQ AGQVETVKRS EAGMVTDPVT CSPDNTLAEV DAMCARFRIS GLPVVDDTGE LVGIITNRDM R FEVDQSKP ...文字列: MSIAESSVPI AVPVPTGGDD PTKVAMLGLT FDDVLLLPAA SDVVPATADT SSQLTKRIRL RVPLVSSAMD TVTESRMAIA MARAGGMGV LHRNLPVAEQ AGQVETVKRS EAGMVTDPVT CSPDNTLAEV DAMCARFRIS GLPVVDDTGE LVGIITNRDM R FEVDQSKP VSEVMTKAPL ITAKEGVSAE AALGLLRRHK IEKLPIVDGH GKLTGLITVK DFVKTEQFPL STKDSDGRLL VG AAVGVGD DAWTRAMTLV DAGVDVLIVD TAHAHNRGVL DMVSRLKQAV GERVDVVGGN VATRAAAAAL VEAGADAVKV GVG PGSICT TRVVAGVGAP QITAILEAVA ACKPYGVPVI ADGGLQYSGD IAKALAAGAS TAMLGSLLAG TAESPGELIF VNGK QFKSY RGMGSLGAMQ GRGAAKSYSK DRYFQDDVLS EDKLVPEGIE GRVPFRGPLG TVIHQLTGGL RAAMGYTGSA TIEQL QQAQ FVQITAAGLK ESHPHDITMT VEAPNYYTR UniProtKB: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase |
-分子 #2: INOSINIC ACID
分子 | 名称: INOSINIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: IMP |
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分子量 | 理論値: 348.206 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-I: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 29 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM KCl, 5 mM DTT, 4 mM MgCl2 Ligand: 2 mM ATP + 1 mM IMP | |||||||||||||||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 11232 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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詳細 | Initial fitting was done in UCSF ChimeraX. Model refinement was done by iterative cycles of manual fitting with Coot and ISOLDE and automated fitting with phenix.real_space_refine. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 70.33 / 当てはまり具合の基準: CC coefficient |
得られたモデル | ![]() PDB-8qqv: |