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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18522 | |||||||||
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タイトル | Conserved Structures and Dynamics in 5-Proximal Regions of Betacoronavirus RNA Genomes | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA structure / 5-proximal region / Coronavirus / Cryo-EM / VIRUS | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Moura TR / Purta E / Bernat A / Baulin E / Mukherjee S / Bujnicki JM | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Conserved structures and dynamics in 5'-proximal regions of Betacoronavirus RNA genomes. 著者: Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Agata Bernat / Eva M Martín-Cuevas / Małgorzata Kurkowska / Eugene F Baulin / Sunandan Mukherjee / Jakub Nowak / Artur P Biela / Michał Rawski / ...著者: Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Agata Bernat / Eva M Martín-Cuevas / Małgorzata Kurkowska / Eugene F Baulin / Sunandan Mukherjee / Jakub Nowak / Artur P Biela / Michał Rawski / Sebastian Glatt / Fernando Moreno-Herrero / Janusz M Bujnicki / 要旨: Betacoronaviruses are a genus within the Coronaviridae family of RNA viruses. They are capable of infecting vertebrates and causing epidemics as well as global pandemics in humans. Mitigating the ...Betacoronaviruses are a genus within the Coronaviridae family of RNA viruses. They are capable of infecting vertebrates and causing epidemics as well as global pandemics in humans. Mitigating the threat posed by Betacoronaviruses requires an understanding of their molecular diversity. The development of novel antivirals hinges on understanding the key regulatory elements within the viral RNA genomes, in particular the 5'-proximal region, which is pivotal for viral protein synthesis. Using a combination of cryo-electron microscopy, atomic force microscopy, chemical probing, and computational modeling, we determined the structures of 5'-proximal regions in RNA genomes of Betacoronaviruses from four subgenera: OC43-CoV, SARS-CoV-2, MERS-CoV, and Rousettus bat-CoV. We obtained cryo-electron microscopy maps and determined atomic-resolution models for the stem-loop-5 (SL5) region at the translation start site and found that despite low sequence similarity and variable length of the helical elements it exhibits a remarkable structural conservation. Atomic force microscopy imaging revealed a common domain organization and a dynamic arrangement of structural elements connected with flexible linkers across all four Betacoronavirus subgenera. Together, these results reveal common features of a critical regulatory region shared between different Betacoronavirus RNA genomes, which may allow targeting of these RNAs by broad-spectrum antiviral therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18522.map.gz | 252.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18522-v30.xml emd-18522.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18522_fsc.xml | 19.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18522.png | 37.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18522.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_18522_half_map_1.map.gz emd_18522_half_map_2.map.gz | 474.8 MB 474.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18522 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18522_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18522_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18522_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18522_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18522 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18522_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18522_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
全体 | 名称: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
超分子 | 名称: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: in vitro transcription / NCBI-ID: 1335626 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: MERS-CoV-SL5
分子 | 名称: MERS-CoV-SL5 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 50.119512 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUCAGUU AGAGCGUCGU GUCUCUUGUA CGUCUCGGUC ACAAUACACG GUUUCGUCCG GUGCGUGGCA AUUCGGGGCA CAUCAUGUC UUUCGUGGCU GGUGUGACCG CGCAAGGUGC GCGCGGUACG UAUCGAGCAG CGCUCAACUC UGAAAAA GENBANK: GENBANK: NC_019843.3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 50 mM NaCl | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |