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万見
- EMDB-18449: Structure of the human 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18449
タイトルStructure of the human 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2 (PLCG2) protein
マップデータ
試料
  • 細胞: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
キーワードLipid metabolism / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


follicular B cell differentiation / inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / phosphoinositide phospholipase C / antifungal innate immune response / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / response to yeast / phosphorylation-dependent protein binding ...follicular B cell differentiation / inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / phosphoinositide phospholipase C / antifungal innate immune response / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / response to yeast / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of neuroinflammatory response / cell activation / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phosphatidylinositol biosynthetic process / programmed cell death / macrophage activation involved in immune response / phospholipid catabolic process / cellular response to lipid / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of programmed cell death / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / intracellular vesicle / Dectin-2 family / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / B cell activation / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / Generation of second messenger molecules / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of type I interferon production / response to axon injury / Role of phospholipids in phagocytosis / GPVI-mediated activation cascade / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of interleukin-12 production / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of interleukin-2 production / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein tyrosine kinase binding / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / calcium-mediated signaling / platelet activation / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Faille A / Warren AJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human PLCG2
著者: Faille AJ / Qamar S / Warren AJ / St George-Hyslop P
履歴
登録2023年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18449.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208.64 Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208.64 Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.652 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.0012606331 - 0.07075565
平均 (標準偏差)0.00009976758 (±0.0014062335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 208.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18449_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18449_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18449_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

全体名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
要素
  • 細胞: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

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超分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

超分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 148.074578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTTVNVDSL AEYEKSQIKR ALELGTVMTV FSFRKSTPER RTVQVIMETR QVAWSKTADK IEGFLDIMEI KEIRPGKNSK DFERAKAVR QKEDCCFTIL YGTQFVLSTL SLAADSKEDA VNWLSGLKIL HQEAMNASTP TIIESWLRKQ IYSVDQTRRN S ISLRELKT ...文字列:
MSTTVNVDSL AEYEKSQIKR ALELGTVMTV FSFRKSTPER RTVQVIMETR QVAWSKTADK IEGFLDIMEI KEIRPGKNSK DFERAKAVR QKEDCCFTIL YGTQFVLSTL SLAADSKEDA VNWLSGLKIL HQEAMNASTP TIIESWLRKQ IYSVDQTRRN S ISLRELKT ILPLINFKVS SAKFLKDKFV EIGAHKDELS FEQFHLFYKK LMFEQQKSIL DEFKKDSSVF ILGNTDRPDA SA VYLHDFQ RFLIHEQQEH WAQDLNKVRE RMTKFIDDTM RETAEPFLFV DEFLTYLFSR ENSIWDEKYD AVDMQDMNNP LSH YWISSS HNTYLTGDQL RSESSPEAYI RCLRMGCRCI ELDCWDGPDG KPVIYHGWTR TTKIKFDDVV QAIKDHAFVT SSFP VILSI EEHCSVEQQR HMAKAFKEVF GDLLLTKPTE ASADQLPSPS QLREKIIIKH KKLGPRGDVD VNMEDKKDEH KQQGE LYMW DSIDQKWTRH YCAIADAKLS FSDDIEQTME EEVPQDIPPT ELHFGEKWFH KKVEKRTSAE KLLQEYCMET GGKDGT FLV RESETFPNDY TLSFWRSGRV QHCRIRSTME GGTLKYYLTD NLTFSSIYAL IQHYRETHLR CAEFELRLTD PVPNPNP HE SKPWYYDSLS RGEAEDMLMR IPRDGAFLIR KREGSDSYAI TFRARGKVKH CRINRDGRHF VLGTSAYFES LVELVSYY E KHSLYRKMRL RYPVTPELLE RYNMERDINS LYDVSRMYVD PSEINPSMPQ RTVKALYDYK AKRSDELSFC RGALIHNVS KEPGGWWKGD YGTRIQQYFP SNYVEDISTA DFEELEKQII EDNPLGSLCR GILDLNTYNV VKAPQGKNQK SFVFILEPKQ QGDPPVEFA TDRVEELFEW FQSIREITWK IDTKENNMKY WEKNQSIAIE LSDLVVYCKP TSKTKDNLEN PDFREIRSFV E TKADSIIR QKPVDLLKYN QKGLTRVYPK GQRVDSSNYD PFRLWLCGSQ MVALNFQTAD KYMQMNHALF SLNGRTGYVL QP ESMRTEK YDPMPPESQR KILMTLTVKV LGARHLPKLG RSIACPFVEV EICGAEYDNN KFKTTVVNDN GLSPIWAPTQ EKV TFEIYD PNLAFLRFVV YEEDMFSDPN FLAHATYPIK AVKSGFRSVP LKNGYSEDIE LASLLVFCEM RPVLESEEEL YSSC RQLRR RQEELNNQLF LYDTHQNLRN ANRDALVKEF SVNENQLQLY QEKCNKRLRE KRVSNSKFYS

UniProtKB: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130911
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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