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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18416 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP. | |||||||||
マップデータ | Map at 2.3 Angstrom | |||||||||
試料 |
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キーワード | Listeria / monocytogenes / tailocins / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Antigen A 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Listera (植物) / Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Nadejda S / Lichtenstein R / Schlussel S / Azulay G / Borovok I / Holdengraber V / Elad N / Wolf SG / Zalk R / Zarivach R ...Nadejda S / Lichtenstein R / Schlussel S / Azulay G / Borovok I / Holdengraber V / Elad N / Wolf SG / Zalk R / Zarivach R / Frank GA / Herskovits AA | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tailocin cell factories 著者: Nadejda S / Lichtenstein R / Schlussel S / Azulay G / Borovok I / Holdengraber V / Elad N / Wolf SG / Zalk R / Zarivach R / Frank GA / Herskovits AA | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18416.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18416-v30.xml emd-18416.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18416_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18416.png | 114.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18416.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_18416_half_map_1.map.gz emd_18416_half_map_2.map.gz | 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18416 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18416 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18416_validation.pdf.gz | 979.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18416_full_validation.pdf.gz | 978.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18416_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18416_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18416 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18416 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qhsMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map at 2.3 Angstrom | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18416_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18416_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG...
全体 | 名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP) |
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要素 |
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-超分子 #1: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG...
超分子 | 名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Listera (植物) |
分子量 | 理論値: 1 kDa/nm |
-分子 #1: Antigen A
分子 | 名称: Antigen A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 18.01026 KDa |
組換発現 | 生物種: Listeria monocytogenes 10403S (バクテリア) |
配列 | 文字列: MAFEENLYCD YTPGAAKAVA GKDVILAVFN AAGDKLLAVA GQQGLTVNRS KDSIEITSKD TVGGWKSKIG GMKEWSIEND GLYVADAES HKELAKYFES DSPVCVKIIN QASKKGLFGG LAIVADYSFE APFDEAMTYS VKLDGMGALV DLTITEGGDQ M PGETPVAP AE UniProtKB: Antigen A |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 337 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 20 K / 詳細: Homemade pneumatic apparatus. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 49.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |