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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18408 | |||||||||
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タイトル | Chimeric cryo-EM map of Hantaan virus polymerase in hexameric state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bunyavirus / Hantaan virus / polymerase / dimer / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hantaan virus 76-118 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Durieux Trouilleton Q / Arragain B / Malet H | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural characterization of the oligomerization of full-length Hantaan virus polymerase into symmetric dimers and hexamers. 著者: Quentin Durieux Trouilleton / Dominique Housset / Paco Tarillon / Benoît Arragain / Hélène Malet / 要旨: Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete ...Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete cryo-electron microscopy structure of Hantaan virus polymerase in several oligomeric forms. Apo polymerase protomers can adopt two drastically different conformations, which assemble into two distinct symmetric homodimers, that can themselves gather to form hexamers. Polymerase dimerization induces the stabilization of most polymerase domains, including the C-terminal domain that contributes the most to dimer's interface, along with a lariat region that participates to the polymerase steadying. Binding to viral RNA induces significant conformational changes resulting in symmetric oligomer disruption and polymerase activation, suggesting the possible involvement of apo multimers as protecting systems that would stabilize the otherwise flexible C-terminal domains. Overall, these results provide insights into the multimerization capability of Hantavirus polymerase and may help to define antiviral compounds to counteract these life-threatening viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18408.map.gz | 25.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18408-v30.xml emd-18408.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18408.png | 72.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18408.cif.gz | 7.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18408 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18408_validation.pdf.gz | 352.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18408_full_validation.pdf.gz | 352.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18408_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18408_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18408 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.839 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Hantaan virus polymerase
全体 | 名称: Hantaan virus polymerase |
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要素 |
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-超分子 #1: Hantaan virus polymerase
超分子 | 名称: Hantaan virus polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.5 MDa |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 249.476484 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDKYREIH NKLKEFSPGT LTAVECIDYL DRLYAVRHDI VDQMIKHDWS DNKDSEEAIG KVLLFAGVP SNIITALEKK IIPNHPTGKS LKAFFKMTPD NYKISGTTIE FVEVTVTADV DKGIREKKLK YEAGLTYIEQ E LHKFFLKG ...文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDKYREIH NKLKEFSPGT LTAVECIDYL DRLYAVRHDI VDQMIKHDWS DNKDSEEAIG KVLLFAGVP SNIITALEKK IIPNHPTGKS LKAFFKMTPD NYKISGTTIE FVEVTVTADV DKGIREKKLK YEAGLTYIEQ E LHKFFLKG EIPQPYKITF NVVAVRTDGS NITTQWPSRR NDGVVQYMRL VQAEISYVRE HLIKTEERAA LEAMFNLKFN IS THKSQPY YIPDYKGMEP IGANIEDLVD YSKDWLSRAR NFSFFEVKGT AVFECFNSNE ANHCQRYPMS RKPRNFLLIQ CSL ITSYKP ATTLSDQIDS RRACSYILNL IPDTPASYLI HDMAYRYINL TREDMINYYA PRIQFKQTQN VREPGTFKLT SSML RAESK AMLDLLNNHK SGEKHGAQIE SLNIASHIVQ SESVSLITKI LSDLELNITE PSTQEYSTTK HTYVDTVLDK FFQNE TQKY LIDVLKKTTA WHIGHLIRDI TESLIAHSGL KRSKYWSLHS YNNGNVILFI LPSKSLEVAG SFIRFITVFR IGPGLV DKD NLDTILIDGD SQWGVSKVMS IDLNRLLALN IAFEKALIAT ATWFQYYTED QGQFPLQYAI RSVFANHFLL AICQKMK LC AIFDNLRYLI PAVTSLYSGF PSLIEKLFER PFKSSLEVYI YYNIKSLLVA LAQNNKARFY SKVKLLGLTV DQSTVGAS G VYPSFMSRIV YKHYRSLISE VTTCFFLFEK GLHGNMNEEA KIHLETVEWA LKFREKEEKY GESLVENGYM MWELRANAE LAEQQLYCQD AIELAAIELN KVLATKSSVV ANSILSKNWE EPYFSQTRNI SLKGMSGQVQ EDGHLSSSVT IIEAIRYLSN SRHNPSLLK LYEETREQKA MARIVRKYQR TEADRGFFIT TLPTRCRLEI IEDYYDAIAK NISEEYISYG GEKKILAIQG A LEKALRWA SGESFIELSN HKFIRMKRKL MYVSADATKW SPGDNSAKFR RFTSMLHNGL PNNKLKNCVI DALKQVYKTD FF MSRKLRN YIDSMESLDP HIKQFLDFFP DGHHGEVKGN WLQGNLNKCS SLFGVAMSLL FKQVWTNLFP ELDCFFEFAH HSD DALFIY GYLEPVDDGT DWFLFVSQQI QAGHLHWFSV NTEMWKSMFN LHEHILLLGS IKISPKKTTV SPTNAEFLST FFEG CAVSI PFVKILLGSL SDLPGLGYFD DLAAAQSRCV KALDLGASPQ VAQLAVALCT SKVERLYGTA PGMVNHPAAY LQVKH TDTP IPLGGNGAMS IMELATAGIG MSDKNLLKRA LLGYSHKRQK SMLYILGLFK FLMKLSDETF QHERLGQFSF IGKVQW KIF TPKSEFEFAD MYTSKFLELW SSQHVTYDYI IPKGRDNLLI YLVRKLNDPS IVTAMTMQSP LQLRFRMQAK QHMKVCR LD GEWVTFREVL AAANSFAENY SATSQDMDLF QTLTSCTFSK EYAWKDFLNG IHCDVIPTKQ VQRAKVARTF TVREKDQI I QNSIPAVIGY KFAVTVEEMS DVLDTAKFPD SLSVDLKTMK DGVYRELGLD ISLPDVMKRI APMLYKSSKS RVVIVQGNV EGTAEAICRY WLKSMSLVKT IRVKPHKEVL QAVSIFNRKE DIGQQKDLAA LKLCIEVWRW CKANSAPYRD WFQALWFEDK TFSEWLDRF CRVGVPPIDP EIQCAALMIA DIKGDYSVLQ LQANRRAYSG KQYDAYCVQT YNEVTKLYEG DLRVTFNFGL D CARLEIFW DKKAYILETS ITQKHVLKIM MDEVSKELIK CGMRFNTEQV QGVRHMVLFK TESGFEWGKP NIPCIVYKNC VL RTSLRTT QAINHKFMIT IKDDGLRAIA QHDEDSPRFL LAHAFHTIRD IRYQAVDAVS NVWFIHKGVK LYLNPIISSG LLE NFMKNL PAAIPPAAYS LIMNRAKISV DLFMFNDLLK LINPRNTLDL SGLETTGDEF STVSSMSSRL WSEEMSLVDD DEEL DDEFT IDLQDVDFEN IDIEADIEHF LQDESSYTGD LLISTEETES KKMRGIVKIL EPVRLIKSWV SRGLSIEKVY SPVNI ILMS RYISKTFNLS TKQVSLLDPY DLTELESIVR GWGECVIDQF ESLDREAQNM VVNKGICPED VIPDSLFSFR HTMVLL RRL FPQDSISSFY UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 1 3s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14650 / 平均露光時間: 1.45 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |