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- EMDB-18329: yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18329
タイトルyeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードHelicase / RNA binding / RNA degradation / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / Ski complex / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nonfunctional rRNA decay / rRNA metabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / protein catabolic process / mRNA processing / regulation of translation / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / protein-macromolecule adaptor activity / endonuclease activity / defense response to virus / tRNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / translation / GTPase activity / mRNA binding / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ski7 III domain / Ski7 domain II / : / Ski2, beta-barrel domain / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain ...: / : / Ski7 III domain / Ski7 domain II / : / Ski2, beta-barrel domain / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RRP46 isoform 1 / Exosome complex component RRP43 / Antiviral helicase SKI2 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 ...RRP46 isoform 1 / Exosome complex component RRP43 / Antiviral helicase SKI2 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / Superkiller protein 7 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Keidel A / Koegel A / Reichelt P / Kowalinski E / Schaefer IB / Conti E
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Concerted structural rearrangements enable RNA channeling into the cytoplasmic Ski238-Ski7-exosome assembly.
著者: Achim Keidel / Alexander Kögel / Peter Reichelt / Eva Kowalinski / Ingmar B Schäfer / Elena Conti /
要旨: The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the ...The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the adaptor protein Ski7. We determined different cryo-EM structures of the Ski238 complex depicting the transition from a rigid autoinhibited closed conformation to a flexible active open conformation in which the Ski2 helicase module has detached from the rest of Ski238. The open conformation favors the interaction of the Ski3 subunit with exosome-bound Ski7, leading to the recruitment of the exosome. In the Ski238-Ski7-exosome holocomplex, the Ski2 helicase module binds the exosome cap, enabling the RNA to traverse from the helicase through the internal exosome channel to the Rrp44 exoribonuclease. Our study pinpoints how conformational changes within the Ski238 complex regulate exosome recruitment for RNA degradation. We also reveal the remarkable conservation of helicase-exosome RNA channeling mechanisms throughout eukaryotic nuclear and cytoplasmic exosome complexes.
履歴
登録2023年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.432 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.432 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.432 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-3.000508 - 5.154519
平均 (標準偏差)0.0076187598 (±0.1563045)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18329_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map sharpened with deepEMhancer software (tightTarget)

ファイルemd_18329_additional_1.map
注釈map sharpened with deepEMhancer software (tightTarget)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map used to trace the flexible RNA backbone

ファイルemd_18329_additional_2.map
注釈map used to trace the flexible RNA backbone
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18329_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18329_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate

全体名称: yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate
要素
  • 複合体: yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP45
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component SKI6
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP43
    • タンパク質・ペプチド: RRP46 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP42
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP40
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP4
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component CSL4
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex exonuclease DIS3
    • タンパク質・ペプチド: Superkiller protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Antiviral helicase SKI2
    • RNA: RNA (5'hairpin 60U)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate

超分子名称: yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Exosome complex component RRP45

分子名称: Exosome complex component RRP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.001859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKDIEISAS ESKFILEALR QNYRLDGRSF DQFRDVEITF GKEFGDVSVK MGNTKVHCRI SCQIAQPYED RPFEGLFVIS TEISPMAGS QFENGNITGE DEVLCSRIIE KSVRRSGALD VEGLCIVAGS KCWAVRADVH FLDCDGGFID ASCIAVMAGL M HFKKPDIT ...文字列:
MAKDIEISAS ESKFILEALR QNYRLDGRSF DQFRDVEITF GKEFGDVSVK MGNTKVHCRI SCQIAQPYED RPFEGLFVIS TEISPMAGS QFENGNITGE DEVLCSRIIE KSVRRSGALD VEGLCIVAGS KCWAVRADVH FLDCDGGFID ASCIAVMAGL M HFKKPDIT VHGEQIIVHP VNEREPVPLG ILHIPICVTF SFFNPQDTEE NIKGETNSEI SIIDATLKEE LLRDGVLTVT LN KNREVVQ VSKAGGLPMD ALTLMKCCHE AYSIIEKITD QILQLLKEDS EKRNKYAAML TSENAREI

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

+
分子 #2: Exosome complex component SKI6

分子名称: Exosome complex component SKI6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.892041 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPHMSRLEIY SPEGLRLDGR RWNELRRFES SINTHPHAAD GSSYMEQGNN KIITLVKGPK EPRLKSQMDT SKALLNVSVN ITKFSKFER SKSSHKNERR VLEIQTSLVR MFEKNVMLNI YPRTVIDIEI HVLEQDGGIM GSLINGITLA LIDAGISMFD Y ISGISVGL ...文字列:
GPHMSRLEIY SPEGLRLDGR RWNELRRFES SINTHPHAAD GSSYMEQGNN KIITLVKGPK EPRLKSQMDT SKALLNVSVN ITKFSKFER SKSSHKNERR VLEIQTSLVR MFEKNVMLNI YPRTVIDIEI HVLEQDGGIM GSLINGITLA LIDAGISMFD Y ISGISVGL YDTTPLLDTN SLEENAMSTV TLGVVGKSEK LSLLLVEDKI PLDRLENVLA IGIAGAHRVR DLMDEELRKH AQ KRVSNAS AR

UniProtKB: Exosome complex component SKI6

+
分子 #3: Exosome complex component RRP43

分子名称: Exosome complex component RRP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 44.109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAESTTLETI EIHPITFPPE VLARISPELS LQRHLSLGIR PCLRKYEEFR DVAIENNTLS RYADAGNIDT KNNILGSNVL KSGKTIVIT SITGGIIEET SASIKDLDDF GEEELFEVTK EEDIIANYAS VYPVVEVERG RVGACTDEEM TISQKLHDSI L HSRILPKK ...文字列:
MAESTTLETI EIHPITFPPE VLARISPELS LQRHLSLGIR PCLRKYEEFR DVAIENNTLS RYADAGNIDT KNNILGSNVL KSGKTIVIT SITGGIIEET SASIKDLDDF GEEELFEVTK EEDIIANYAS VYPVVEVERG RVGACTDEEM TISQKLHDSI L HSRILPKK ALKVKAGVRS ANEDGTFSVL YPDELEDDTL NETNLKMKRK WSYVLYAKIV VLSRTGPVFD LCWNSLMYAL QS VKLPRAF IDERASDLRM TIRTRGRSAT IRETYEIICD QTKSVPLMIN AKNIAFASNY GIVELDPECQ LQNSDNSEEE EVD IDMDKL NTVLIADLDT EAEETSIHST ISILAAPSGN YKQLTLMGGG AKITPEMIKR SLLLSRVRAD DLSTRFNI

UniProtKB: Exosome complex component RRP43

+
分子 #4: RRP46 isoform 1

分子名称: RRP46 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.659428 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AASMSVQAEI GILDHVDGSS EFVSQDTKVI CSVTGPIEPK ARQELPTQLA LEIIVRPAKG VATTREKVLE DKLRAVLTPL ITRHCYPRQ LCQITCQILE SGEDEAEFSL RELSCCINAA FLALVDAGIA LNSMCASIPI AIIKDTSDII VDPTAEQLKI S LSVHTLAL ...文字列:
AASMSVQAEI GILDHVDGSS EFVSQDTKVI CSVTGPIEPK ARQELPTQLA LEIIVRPAKG VATTREKVLE DKLRAVLTPL ITRHCYPRQ LCQITCQILE SGEDEAEFSL RELSCCINAA FLALVDAGIA LNSMCASIPI AIIKDTSDII VDPTAEQLKI S LSVHTLAL EFVNGGKVVK NVLLLDSNGD FNEDQLFSLL ELGEQKCQEL VTNIRRIIQD NISPRLVV

UniProtKB: RRP46 isoform 1

+
分子 #5: Exosome complex component RRP42

分子名称: Exosome complex component RRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 29.391516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPHMSLSVAE KSYLYDSLAS TPSIRPDGRL PHQFRPIEIF TDFLPSSNGS SRIIASDGSE CIVSIKSKVV DHHVENELLQ VDVDIAGQR DDALVVETIT SLLNKVLKSG SGVDSSKLQL TKKYSFKIFV DVLVISSHSH PISLISFAIY SALNSTYLPK L ISAFDDLE ...文字列:
GPHMSLSVAE KSYLYDSLAS TPSIRPDGRL PHQFRPIEIF TDFLPSSNGS SRIIASDGSE CIVSIKSKVV DHHVENELLQ VDVDIAGQR DDALVVETIT SLLNKVLKSG SGVDSSKLQL TKKYSFKIFV DVLVISSHSH PISLISFAIY SALNSTYLPK L ISAFDDLE VEELPTFHDY DMVKLDINPP LVFILAVVGN NMLLDPAANE SEVANNGLII SWSNGKITSP IRSVALNDSN VK SFKPHLL KQGLAMVEKY APDVVRSLEN L

UniProtKB: Exosome complex component RRP42

+
分子 #6: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.573896 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNVQDRRRLL GPAAAKPMAF SNTTTHVPEK KSTDLTPKGN ESEQELSLHT GFIENCNGSA LVEARSLGHQ TSLITAVYGP RSIRGSFTS QGTISIQLKN GLLEKYNTNE LKEVSSFLMG IFNSVVNLSR YPKSGIDIFV YLTYDKDLTN NPQDDDSQSK M TSSQISSL ...文字列:
MNVQDRRRLL GPAAAKPMAF SNTTTHVPEK KSTDLTPKGN ESEQELSLHT GFIENCNGSA LVEARSLGHQ TSLITAVYGP RSIRGSFTS QGTISIQLKN GLLEKYNTNE LKEVSSFLMG IFNSVVNLSR YPKSGIDIFV YLTYDKDLTN NPQDDDSQSK M TSSQISSL IPHCITSITL ALADAGIELV DMAGAGEANG TVVSFIKNGE EIVGFWKDDG DDEDLLECLD RCKEQYNRYR DL MISCLMN QET

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

+
分子 #7: Exosome complex component RRP40

分子名称: Exosome complex component RRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 26.939688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMSTFIF PGDSFPVDPT TPVKLGPGIY CDPNTQEIRP VNTGVLHVSA KGKSGVQTAY IDYSSKRYIP SVNDFVIGVI IGTFSDSYK VSLQNFSSSV SLSYMAFPNA SKKNRPTLQV GDLVYARVCT AEKELEAEIE CFDSTTGRDA GFGILEDGMI I DVNLNFAR ...文字列:
GPDSMSTFIF PGDSFPVDPT TPVKLGPGIY CDPNTQEIRP VNTGVLHVSA KGKSGVQTAY IDYSSKRYIP SVNDFVIGVI IGTFSDSYK VSLQNFSSSV SLSYMAFPNA SKKNRPTLQV GDLVYARVCT AEKELEAEIE CFDSTTGRDA GFGILEDGMI I DVNLNFAR QLLFNNDFPL LKVLAAHTKF EVAIGLNGKI WVKCEELSNT LACYRTIMEC CQKNDTAAFK DIAKRQFKEI LT VKEE

UniProtKB: Exosome complex component RRP40

+
分子 #8: Exosome complex component RRP4

分子名称: Exosome complex component RRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.929656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TGGRSMSEVI TITKRNGAFQ NSSNLSYNNT GISDDENDEE DIYMHDVNSA SKSESDSQIV TPGELVTDDP IWMRGHGTYF LDNMTYSSV AGTVSRVNRL LSVIPLKGRY APETGDHVVG RIAEVGNKRW KVDIGGKQHA VLMLGSVNLP GGILRRKSES D ELQMRSFL ...文字列:
TGGRSMSEVI TITKRNGAFQ NSSNLSYNNT GISDDENDEE DIYMHDVNSA SKSESDSQIV TPGELVTDDP IWMRGHGTYF LDNMTYSSV AGTVSRVNRL LSVIPLKGRY APETGDHVVG RIAEVGNKRW KVDIGGKQHA VLMLGSVNLP GGILRRKSES D ELQMRSFL KEGDLLNAEV QSLFQDGSAS LHTRSLKYGK LRNGMFCQVP SSLIVRAKNH THNLPGNITV VLGVNGYIWL RK TSQMDLA RDTPSANNSS SIKSTGPTGA VSLNPSITRL EEESSWQIYS DENDPSISNN IRQAICRYAN VIKALAFCEI GIT QQRIVS AYEASMVYSN VGELIEKNVM ESIGSDILTA EKMRGNGN

UniProtKB: Exosome complex component RRP4

+
分子 #9: Exosome complex component CSL4

分子名称: Exosome complex component CSL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 31.911594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPHMACNFQF PEIAYPGKLI CPQYGTENKD GEDIIFNYVP GPGTKLIQYE HNGRTLEAIT ATLVGTVRCE EEKKTDQEEE REGTDQSTE EEKSVDASPN DVTRRTVKNI LVSVLPGTEK GRKTNKYANN DFANNLPKEG DIVLTRVTRL SLQRANVEIL A VEDKPSPI ...文字列:
GPHMACNFQF PEIAYPGKLI CPQYGTENKD GEDIIFNYVP GPGTKLIQYE HNGRTLEAIT ATLVGTVRCE EEKKTDQEEE REGTDQSTE EEKSVDASPN DVTRRTVKNI LVSVLPGTEK GRKTNKYANN DFANNLPKEG DIVLTRVTRL SLQRANVEIL A VEDKPSPI DSGIGSNGSG IVAAGGGSGA ATFSVSQASS DLGETFRGII RSQDVRSTDR DRVKVIECFK PGDIVRAQVL SL GDGTNYY LTTARNDLGV VFARAANGAG GLMYATDWQM MTSPVTGATE KRKCAKPF

UniProtKB: Exosome complex component CSL4

+
分子 #10: Exosome complex exonuclease DIS3

分子名称: Exosome complex exonuclease DIS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 114.214055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMSVPAI APRRKRLADG LSVTQKVFVR SRNGGATKIV REHYLRSDIP CLSRSCTKCP QIVVPDAQNE LPKFILSDSP LELSAPIGK HYVVLDTNVV LQAIDLLENP NCFFDVIVPQ IVLDEVRNKS YPVYTRLRTL CRDSDDHKRF IVFHNEFSEH T FVERLPNE ...文字列:
GPDSMSVPAI APRRKRLADG LSVTQKVFVR SRNGGATKIV REHYLRSDIP CLSRSCTKCP QIVVPDAQNE LPKFILSDSP LELSAPIGK HYVVLDTNVV LQAIDLLENP NCFFDVIVPQ IVLDEVRNKS YPVYTRLRTL CRDSDDHKRF IVFHNEFSEH T FVERLPNE TINDRNDRAI RKTCQWYSEH LKPYDINVVL VTNDRLNREA ATKEVESNII TKSLVQYIEL LPNADDIRDS IP QMDSFDK DLERDTFSDF TFPEYYSTAR VMGGLKNGVL YQGNIQISEY NFLEGSVSLP RFSKPVLIVG QKNLNRAFNG DQV IVELLP QSEWKAPSSI VLDSEHFDVN DNPDIEAGDD DDNNESSSNT TVISDKQRRL LAKDAMIAQR SKKIQPTAKV VYIQ RRSWR QYVGQLAPSS VDPQSSSTQN VFVILMDKCL PKVRIRTRRA AELLDKRIVI SIDSWPTTHK YPLGHFVRDL GTIES AQAE TEALLLEHDV EYRPFSKKVL ECLPAEGHDW KAPTKLDDPE AVSKDPLLTK RKDLRDKLIC SIDPPGCVDI DDALHA KKL PNGNWEVGVH IADVTHFVKP GTALDAEGAA RGTSVYLVDK RIDMLPMLLG TDLCSLKPYV DRFAFSVIWE LDDSANI VN VNFMKSVIRS REAFSYEQAQ LRIDDKTQND ELTMGMRALL KLSVKLKQKR LEAGALNLAS PEVKVHMDSE TSDPNEVE I KKLLATNSLV EEFMLLANIS VARKIYDAFP QTAMLRRHAA PPSTNFEILN EMLNTRKNMS ISLESSKALA DSLDRCVDP EDPYFNTLVR IMSTRCMMAA QYFYSGAYSY PDFRHYGLAV DIYTHFTSPI RRYCDVVAHR QLAGAIGYEP LSLTHRDKNK MDMICRNIN RKHRNAQFAG RASIEYYVGQ VMRNNESTET GYVIKVFNNG IVVLVPKFGV EGLIRLDNLT EDPNSAAFDE V EYKLTFVP TNSDKPRDVY VFDKVEVQVR SVMDPITSKR KAELLLK

UniProtKB: Exosome complex exonuclease DIS3

+
分子 #11: Superkiller protein 7

分子名称: Superkiller protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.242008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMSAGLE VLFQGPDSAT HIKFSKRDED GKELAGATME LRDSSGKTIS TWISDGQVKD FYLYPGKYTF VETAAPDGYE VATAITFTV NEQGQVTVNG SGSGSGSMSL LEQLARKRIE KSKGLLSADQ SHSTSKSASL LERLHKNRET KDNNAETKRK D LKTLLAKD ...文字列:
GPDSMSAGLE VLFQGPDSAT HIKFSKRDED GKELAGATME LRDSSGKTIS TWISDGQVKD FYLYPGKYTF VETAAPDGYE VATAITFTV NEQGQVTVNG SGSGSGSMSL LEQLARKRIE KSKGLLSADQ SHSTSKSASL LERLHKNRET KDNNAETKRK D LKTLLAKD KVKRSDFTPN QHSVSLSLKL SALKKSNSDL EKQGKSVTLD SKENELPTKR KSPDDKLNLE ESWKAIKEMN HY CFLKNDP CINQTDDFAF TNFIIKDKKN SLSTSIPLSS QNSSFLSLKK HNNELLGIFV PCNLPKTTRK VAIENFNRPS PDD IIQSAQ LNAFNEKLEN LNIKSVGSAW SHPQFEK

UniProtKB: Superkiller protein 7

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分子 #12: Antiviral helicase SKI2

分子名称: Antiviral helicase SKI2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 117.41268 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEGFSSSSI QELYQSLKEI TNNADVELFE DRITKLDFES TDEPKHANDI IKDRFLRPSN ALPWSLLDMV QDVPHTSSPE DCSGKLDYK ELLKVPDPIN RTSYQFKRTG LEGKISGYKE EVDLKEVANA NASNSLSITR SINHNQNSVR GSTAQLPFTP G GIPMKSVK ...文字列:
MSEGFSSSSI QELYQSLKEI TNNADVELFE DRITKLDFES TDEPKHANDI IKDRFLRPSN ALPWSLLDMV QDVPHTSSPE DCSGKLDYK ELLKVPDPIN RTSYQFKRTG LEGKISGYKE EVDLKEVANA NASNSLSITR SINHNQNSVR GSTAQLPFTP G GIPMKSVK TDSEQNGSST MANATKLLHK DGQGLFDIPE GMNRGIKPMD SPAENEDQNG QFKELKQLNE IDNELDIRIE AN EAKLKEE EKSAKSISEE IMEEATEETT ADNADDAEID ELLPIGIDFG RTKPVSKSVP VKKEWAHVVD LNHKIENFDE LIP NPARSW PFELDTFQKE AVYHLEQGDS VFVAAHTSAG KTVVAEYAIA MAHRNMTKTI YTSPIKALSN QKFRDFKETF DDVN IGLIT GDVQINPDAN CLIMTTEILR SMLYRGADLI RDVEFVIFDQ VHYVNDQDRG VVWEEVIIML PQHVKFILLS ATVPN TYEF ANWIGRTKQK NIYVISTPKR PVPLEINIWA KKELIPVINQ NSEFLEANFR KHKEILNGES AKGAPSKTDN GRGGST ARG GRGGSNTRDG RGGRGNSTRG GANRGGSRGA GAIGSNKRKF FTQDGPSKKT WPEIVNYLRK RELLPMVVFV FSKKRCE EY ADWLEGINFC NNKEKSQIHM FIEKSITRLK KEDRDLPQIL KTRSLLERGI AVHHGGLLPI VKELIEILFS KGFIKVLF A TETFAMGLNL PTRTVIFSSI RKHDGNGLRE LTPGEFTQMA GRAGRRGLDS TGTVIVMAYN SPLSIATFKE VTMGVPTRL QSQFRLTYNM ILNLLRIEAL RVEEMIKYSF SENAGSRGLS LLPDYEKRLA VLKDTEFIDQ NHNVLLKGRV ACEINSGYEL VLTELILDN FLGSFEPEEI VALLSVFVYE GKTREEEPPI VTPRLAKGKQ RIEEIYKKML CVFNTHQIPL TQDEAEFLDR K RFAMMNVV YEWARGLSFK EIMEMSPEAE GTVVRVITWL DEICREVKTA SIIIGNSTLH MKMSRAQELI KRDIVFAASL YL

UniProtKB: Antiviral helicase SKI2

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分子 #13: RNA (5'hairpin 60U)

分子名称: RNA (5'hairpin 60U) / タイプ: rna / ID: 13 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.196508 KDa
配列文字列:
CUACCCCGAG AGGGGUAGUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUU

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分子 #14: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.36 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 338757
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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