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- EMDB-18288: CryoEM structure of a S. Cerevisiae Ski238 complex bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18288
タイトルCryoEM structure of a S. Cerevisiae Ski238 complex bound to RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Ski238 polyU RNA
    • タンパク質・ペプチド: Antiviral helicase SKI2
    • タンパク質・ペプチド: Superkiller protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Antiviral protein SKI8
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHelicase / RNA binding / RNA degradation / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation / protein-containing complex assembly / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk ...Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Tetratricopeptide repeat / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Superkiller protein 3 / Antiviral helicase SKI2 / Antiviral protein SKI8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Keidel A / Koegel A / Reichelt P / Kowalinski E / Schaefer IB / Conti E
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Concerted structural rearrangements enable RNA channeling into the cytoplasmic Ski238-Ski7-exosome assembly.
著者: Achim Keidel / Alexander Kögel / Peter Reichelt / Eva Kowalinski / Ingmar B Schäfer / Elena Conti /
要旨: The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the ...The Ski2-Ski3-Ski8 (Ski238) helicase complex directs cytoplasmic mRNAs toward the nucleolytic exosome complex for degradation. In yeast, the interaction between Ski238 and exosome requires the adaptor protein Ski7. We determined different cryo-EM structures of the Ski238 complex depicting the transition from a rigid autoinhibited closed conformation to a flexible active open conformation in which the Ski2 helicase module has detached from the rest of Ski238. The open conformation favors the interaction of the Ski3 subunit with exosome-bound Ski7, leading to the recruitment of the exosome. In the Ski238-Ski7-exosome holocomplex, the Ski2 helicase module binds the exosome cap, enabling the RNA to traverse from the helicase through the internal exosome channel to the Rrp44 exoribonuclease. Our study pinpoints how conformational changes within the Ski238 complex regulate exosome recruitment for RNA degradation. We also reveal the remarkable conservation of helicase-exosome RNA channeling mechanisms throughout eukaryotic nuclear and cytoplasmic exosome complexes.
履歴
登録2023年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18288.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 245.146 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 245.146 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 245.146 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.6680784 - 4.7996545
平均 (標準偏差)0.016025137 (±0.17343782)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 245.1456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18288_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local refined map of Ski2Arch Ski3N after signal subtraction...

ファイルemd_18288_additional_1.map
注釈local refined map of Ski2Arch_Ski3N after signal subtraction (cryoSPARC v3.3.2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local refined map of Ski238-core after signal subtraction...

ファイルemd_18288_additional_2.map
注釈local refined map of Ski238-core after signal subtraction (cryoSPARC v3.3.2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map sharpened with deepEMhancer software (tightTarget)

ファイルemd_18288_additional_3.map
注釈map sharpened with deepEMhancer software (tightTarget)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18288_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18288_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ski238 polyU RNA

全体名称: Ski238 polyU RNA
要素
  • 複合体: Ski238 polyU RNA
    • タンパク質・ペプチド: Antiviral helicase SKI2
    • タンパク質・ペプチド: Superkiller protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Antiviral protein SKI8
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Ski238 polyU RNA

超分子名称: Ski238 polyU RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #2, #4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Antiviral helicase SKI2

分子名称: Antiviral helicase SKI2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 146.259094 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEGFSSSSI QELYQSLKEI TNNADVELFE DRITKLDFES TDEPKHANDI IKDRFLRPSN ALPWSLLDMV QDVPHTSSPE DCSGKLDYK ELLKVPDPIN RTSYQFKRTG LEGKISGYKE EVDLKEVANA NASNSLSITR SINHNQNSVR GSTAQLPFTP G GIPMKSVK ...文字列:
MSEGFSSSSI QELYQSLKEI TNNADVELFE DRITKLDFES TDEPKHANDI IKDRFLRPSN ALPWSLLDMV QDVPHTSSPE DCSGKLDYK ELLKVPDPIN RTSYQFKRTG LEGKISGYKE EVDLKEVANA NASNSLSITR SINHNQNSVR GSTAQLPFTP G GIPMKSVK TDSEQNGSST MANATKLLHK DGQGLFDIPE GMNRGIKPMD SPAENEDQNG QFKELKQLNE IDNELDIRIE AN EAKLKEE EKSAKSISEE IMEEATEETT ADNADDAEID ELLPIGIDFG RTKPVSKSVP VKKEWAHVVD LNHKIENFDE LIP NPARSW PFELDTFQKE AVYHLEQGDS VFVAAHTSAG KTVVAEYAIA MAHRNMTKTI YTSPIKALSN QKFRDFKETF DDVN IGLIT GDVQINPDAN CLIMTTEILR SMLYRGADLI RDVEFVIFDE VHYVNDQDRG VVWEEVIIML PQHVKFILLS ATVPN TYEF ANWIGRTKQK NIYVISTPKR PVPLEINIWA KKELIPVINQ NSEFLEANFR KHKEILNGES AKGAPSKTDN GRGGST ARG GRGGSNTRDG RGGRGNSTRG GANRGGSRGA GAIGSNKRKF FTQDGPSKKT WPEIVNYLRK RELLPMVVFV FSKKRCE EY ADWLEGINFC NNKEKSQIHM FIEKSITRLK KEDRDLPQIL KTRSLLERGI AVHHGGLLPI VKELIEILFS KGFIKVLF A TETFAMGLNL PTRTVIFSSI RKHDGNGLRE LTPGEFTQMA GRAGRRGLDS TGTVIVMAYN SPLSIATFKE VTMGVPTRL QSQFRLTYNM ILNLLRIEAL RVEEMIKYSF SENAKETLQP EHEKQIKVLQ EELQTIEYKS CEICDNDIEK FLELMLAYKE ATVNLMQEM VKSPSILHIL KEGRLVAFRD PNDCLKLGFV FKVSLKDAVC VIMTFTKPYK LPNGEPNHLI YFPKADGYRR R NFPKFQKT DFYMEEVPVT AIEVITKRKF AAPLGKVIKK DVAALNEFNA ETNNILDGKT LKEAINIEKQ GLKIHQILLD RT NIRDEIF KLKSIKCPNL SQHIVPKFKA HVIKKKIEEL YHLMSDQNLS LLPDYEKRLA VLKDTEFIDQ NHNVLLKGRV ACE INSGYE LVLTELILDN FLGSFEPEEI VALLSVFVYE GKTREEEPPI VTPRLAKGKQ RIEEIYKKML CVFNTHQIPL TQDE AEFLD RKRFAMMNVV YEWARGLSFK EIMEMSPEAE GTVVRVITWL DEICREVKTA SIIIGNSTLH MKMSRAQELI KRDIV FAAS LYL

UniProtKB: Antiviral helicase SKI2

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分子 #2: Antiviral protein SKI8

分子名称: Antiviral protein SKI8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 44.283527 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKVFIATAN AGKAHDADIF SVSACNSFTV SCSGDGYLKV WDNKLLDNEN PKDKSYSHFV HKSGLHHVDV LQAIERDAFE LCLVATTSF SGDLLFYRIT REDETKKVIF EKLDLLDSDM KKHSFWALKW GASNDRLLSH RLVATDVKGT TYIWKFHPFA D ESNSLTLN ...文字列:
MSKVFIATAN AGKAHDADIF SVSACNSFTV SCSGDGYLKV WDNKLLDNEN PKDKSYSHFV HKSGLHHVDV LQAIERDAFE LCLVATTSF SGDLLFYRIT REDETKKVIF EKLDLLDSDM KKHSFWALKW GASNDRLLSH RLVATDVKGT TYIWKFHPFA D ESNSLTLN WSPTLELQGT VESPMTPSQF ATSVDISERG LIATGFNNGT VQISELSTLR PLYNFESQHS MINNSNSIRS VK FSPQGSL LAIAHDSNSF GCITLYETEF GERIGSLSVP THSSQASLGE FAHSSWVMSL SFNDSGETLC SAGWDGKLRF WDV KTKERI TTLNMHCDDI EIEEDILAVD EHGDSLAEPG VFDVKFLKKG WRSGMGADLN ESLCCVCLDR SIRWFREAGG K

UniProtKB: Antiviral protein SKI8

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分子 #3: Superkiller protein 3

分子名称: Superkiller protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 164.278484 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPDSMSDIKQ LLKEAKQELT NRDYEETIEI SEKVLKLDPD NYFAHIFLGK ALSSLPASNN VSSNRNLERA TNHYVSAAKL VPDNLLAWK GLFLLFRTTE VVPDILSYDE YFDLCGQYAD ALLKQEQSQV ELINDIKLLK KTHPDCQKAF YQHLKPGSLM A ETIGRHLS ...文字列:
GPDSMSDIKQ LLKEAKQELT NRDYEETIEI SEKVLKLDPD NYFAHIFLGK ALSSLPASNN VSSNRNLERA TNHYVSAAKL VPDNLLAWK GLFLLFRTTE VVPDILSYDE YFDLCGQYAD ALLKQEQSQV ELINDIKLLK KTHPDCQKAF YQHLKPGSLM A ETIGRHLS TPQDALLNLI KILSNIETTE IGKTLSQNRL KLKASDPDYQ IKLNSFSWEI IKNSEIDQLY NQLVNILADD QK RSEIENQ WLEYRIKVLK SMPLDVKKDF FTKVKEMVED MVLVNHQSLL AWQKYFEWTD YEDLDNMDAP LIIKYFKKFP KDP LAMILY SWLSSKLSKY DIKSLESANK PPEGHKKTEK ETDIKDVDET NEDEVKDRVE DEVKDRVEDE VKDQDEEAKE DEEE DLDDI EIGLLEEEVV TVLTENIVKC KNNILAHRIL CQYYLLTKEY EAALPYIKNG ISLIAYNIKD LGVHLPLTKR EFSLD LATV YTYVDAPKDH NAALKLYDNI LSGDFSNIQA KMGKGIIFIE RKNWKDAMTL LTQVHEQSPN NLEVLSELSW SKAHMG YMD EALAGLDTVI KGIKGMDLRS IDFRALNLWR QAKVYIMKHA SINDAKQENV KCAFKLLIQS IKILDTFAPG FSTLGDI YC HYYKDHLRAF KCYFKAFDLD AGDYTAAKYI TETYASKPNW QAASSIASRL IKGEKAKAEL RSNNWPFRVV GIAHLEKQ E ESDSIEWFQS ALRVDPNDVE SWVGLGQAYH ACGRIEASIK VFDKAIQLRP SHTFAQYFKA ISLCDVGEYL ESLDILEKV CQEAATEESF QIGLVEVLMR CSLDLYSQGF LLKSVSIAKD TIERIKIIIS ELKCENQQVW IYLSQVLRLF IWIESKVDTL PVESLVSIF ENSQFSGSEE IDSVDNIKID TLLDSTTDDN VSIACKFLIL ASKYSVSDQK FTDIAGTVRA SYWYNIGISE L TAFITLKE PQYRDAAIFA FKKSIQLQSN TSETWIGLGI ATMDINFRVS QHCFIKATAL EPKATNTWFN LAMLGLKKKD TE FAQQVLN KLQSLAPQDS SPWLGMALIL EEQGDIIGSS KLFAHSFILS NGRSKAAQFM YAKNVLENHI NNGDDERDIE TVE KLTTAS IALEQFFKKS PDSQFALQCA LLTLERLHHY ENANELANRL IGILEKKFEK TQDERELFNF AIIKGQFARI HLGL GNFEL SIENADLSQG IISESSDEKS MKTKISNHIC LGLSYFFLND FDQTLNQFQE LLSISKDSKH LVVLIAKVLY DVGES DTKE IALQELTEYI ATSGADLLVT LTIAAMSILD DKREDLSIIL EELKALPLSK QIIDKHKDAP YLIEEITKRL YRNDTG KQV WQRSAYFFPN NLKVWERLDK NIQRRIASNG QNKVTAEEMS KLYCESKNLR SIQRGMFLCP WNVTAVKALN ECF

UniProtKB: Superkiller protein 3

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分子 #4: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.140017 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9416 / 平均電子線量: 67.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 385414
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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