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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18269 | |||||||||
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タイトル | P301S Tau Filaments from the Brains of Tg2541 Transgenic Mouse Line | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | P301S tau / Frontotemporal dementia and parkinsonism linked to chromosome 17 / Transgenic mice / Electron cryo-microscopy / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of intracellular transport / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of microtubule-based movement / PKR-mediated signaling / axo-dendritic transport / axon extension / adult walking behavior / mitochondrion transport along microtubule / tubulin complex ...Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of intracellular transport / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of microtubule-based movement / PKR-mediated signaling / axo-dendritic transport / axon extension / adult walking behavior / mitochondrion transport along microtubule / tubulin complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / main axon / negative regulation of tubulin deacetylation / axoneme / glial cell projection / intracellular transport / mRNA transport / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / regulation of cellular response to heat / positive regulation of microtubule polymerization / heat shock protein binding / axonogenesis / response to nutrient / : / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / response to lead ion / neuron migration / Hsp90 protein binding / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / protein-folding chaperone binding / cell body / growth cone / microtubule binding / microtubule / postsynaptic density / neuron projection / membrane raft / axon / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / DNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Schweighauser M / Murzin AG / Macdonald J / Lavenir I / Crowther RA / Scheres SHW / Goedert M | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures of tau filaments from the brains of mice transgenic for human mutant P301S Tau. 著者: Manuel Schweighauser / Alexey G Murzin / Jennifer Macdonald / Isabelle Lavenir / R Anthony Crowther / Sjors H W Scheres / Michel Goedert / 要旨: Mice transgenic for human mutant P301S tau are widely used as models for human tauopathies. They develop neurodegeneration and abundant filamentous inclusions made of human mutant four-repeat tau. ...Mice transgenic for human mutant P301S tau are widely used as models for human tauopathies. They develop neurodegeneration and abundant filamentous inclusions made of human mutant four-repeat tau. Here we used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine the structures of tau filaments from the brains of Tg2541 and PS19 mice. Both lines express human P301S tau (0N4R for Tg2541 and 1N4R for PS19) on mixed genetic backgrounds and downstream of different promoters (murine Thy1 for Tg2541 and murine Prnp for PS19). The structures of tau filaments from Tg2541 and PS19 mice differ from each other and those of wild-type tau filaments from human brains. The structures of tau filaments from the brains of humans with mutations P301L, P301S or P301T in MAPT are not known. Filaments from the brains of Tg2541 and PS19 mice share a substructure at the junction of repeats 2 and 3, which comprises residues I297-V312 of tau and includes the P301S mutation. The filament core from the brainstem of Tg2541 mice consists of residues K274-H329 of tau and two disconnected protein densities. Two non-proteinaceous densities are also in evidence. The filament core from the cerebral cortex of line PS19 extends from residues G271-P364 of tau. One strong non-proteinaceous density is also present. Unlike the tau filaments from human brains, the sequences following repeat 4 are missing from the cores of tau filaments from the brains of Tg2541 and PS19 mice. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18269.map.gz | 13.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18269-v30.xml emd-18269.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18269_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18269.png | 30.1 KB | ||
マスクデータ | emd_18269_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18269.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_18269_half_map_1.map.gz emd_18269_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18269 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18269 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18269_validation.pdf.gz | 902.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18269_full_validation.pdf.gz | 902 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18269_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18269_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18269 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18269 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q96MC 8q92C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18269_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18269_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18269_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : P301S Tau Protein Filament (Tg2541)
全体 | 名称: P301S Tau Protein Filament (Tg2541) |
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要素 |
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-超分子 #1: P301S Tau Protein Filament (Tg2541)
超分子 | 名称: P301S Tau Protein Filament (Tg2541) / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Human P301S tau filaments extracted from the brains of transgenic mouse line Tg2541 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Tg2541 / 器官: Brain / 組織: Brainstem |
-分子 #1: Isoform Tau-E of Microtubule-associated protein tau
分子 | 名称: Isoform Tau-E of Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Tg2541 / 器官: Brain / 組織: Brainstem |
分子量 | 理論値: 5.961934 KDa |
配列 | 文字列: KVQIINKKLD LSNVQSKCGS KDNIKHVSGG GSVQIVYKPV DLSKVTSKCG SLGNIH UniProtKB: Microtubule-associated protein tau |
-分子 #2: Unknown protein
分子 | 名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Tg2541 / 器官: Brain / 組織: Brainstem |
分子量 | 理論値: 1.039273 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) |
-分子 #3: Unknown protein
分子 | 名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Tg2541 / 器官: Brain / 組織: Brainstem |
分子量 | 理論値: 869.063 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 34.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |