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- EMDB-18210: ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18210
タイトルABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab
マップデータPostprocessed map
試料
  • 複合体: ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 5D3(Fab) heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: 5D3(Fab) light chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 2
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: ~{tert}-butyl 3-[(2~{S},5~{S},8~{S})-14-cyclopentyloxy-2-(2-methylpropyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,17-triazatetracyclo[8.7.0.0^{3,8}.0^{11,16}]heptadeca-1(10),11,13,15-tetraen-5-yl]propanoate
  • リガンド: water
キーワードABC transporter / multidrug resistance / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / sphingolipid transporter activity / renal urate salt excretion / Abacavir transmembrane transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / sphingolipid biosynthetic process ...biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / sphingolipid transporter activity / renal urate salt excretion / Abacavir transmembrane transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / external side of apical plasma membrane / organic anion transport / xenobiotic transport across blood-brain barrier / organic anion transmembrane transporter activity / transepithelial transport / Ciprofloxacin ADME / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ABC-type xenobiotic transporter / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / Heme biosynthesis / cellular detoxification / ABC-type xenobiotic transporter activity / Heme degradation / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / brush border membrane / Iron uptake and transport / mitochondrial membrane / transmembrane transport / apical plasma membrane / membrane raft / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Kowal J / Yu Q / Ni D / Stahlberg H / Tajkhorshid E / Altmann KH / Locher KP / Manolaridis I / Jackson SM / Taylor NMI / Zechner M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationTransCure スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural basis of small-molecule inhibition of human multidrug transporter ABCG2.
著者: Scott M Jackson / Ioannis Manolaridis / Julia Kowal / Melanie Zechner / Nicholas M I Taylor / Manuel Bause / Stefanie Bauer / Ruben Bartholomaeus / Guenther Bernhardt / Burkhard Koenig / ...著者: Scott M Jackson / Ioannis Manolaridis / Julia Kowal / Melanie Zechner / Nicholas M I Taylor / Manuel Bause / Stefanie Bauer / Ruben Bartholomaeus / Guenther Bernhardt / Burkhard Koenig / Armin Buschauer / Henning Stahlberg / Karl-Heinz Altmann / Kaspar P Locher /
要旨: ABCG2 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that protects tissues against xenobiotics, affects the pharmacokinetics of drugs and contributes to multidrug resistance. Although many inhibitors ...ABCG2 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that protects tissues against xenobiotics, affects the pharmacokinetics of drugs and contributes to multidrug resistance. Although many inhibitors and modulators of ABCG2 have been developed, understanding their structure-activity relationship requires high-resolution structural insight. Here, we present cryo-EM structures of human ABCG2 bound to synthetic derivatives of the fumitremorgin C-related inhibitor Ko143 or the multidrug resistance modulator tariquidar. Both compounds are bound to the central, inward-facing cavity of ABCG2, blocking access for substrates and preventing conformational changes required for ATP hydrolysis. The high resolutions allowed for de novo building of the entire transporter and also revealed tightly bound phospholipids and cholesterol interacting with the lipid-exposed surface of the transmembrane domains (TMDs). Extensive chemical modifications of the Ko143 scaffold combined with in vitro functional analyses revealed the details of ABCG2 interactions with this compound family and provide a basis for the design of novel inhibitors and modulators.
履歴
登録2023年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.074611746 - 0.13249852
平均 (標準偏差)0.00015634843 (±0.0028374281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 253.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local resolution filtered map

ファイルemd_18210_additional_1.map
注釈Local resolution filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_18210_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_18210_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab

全体名称: ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab
要素
  • 複合体: ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 5D3(Fab) heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: 5D3(Fab) light chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 2
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: ~{tert}-butyl 3-[(2~{S},5~{S},8~{S})-14-cyclopentyloxy-2-(2-methylpropyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,17-triazatetracyclo[8.7.0.0^{3,8}.0^{11,16}]heptadeca-1(10),11,13,15-tetraen-5-yl]propanoate
  • リガンド: water

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超分子 #1: ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab

超分子名称: ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Nanodisc-reconstituted 5D3-Fab-ABCG2 was incubated with MZ29
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 244 KDa

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分子 #1: 5D3(Fab) heavy chain variable domain

分子名称: 5D3(Fab) heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.843633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGFSIT SDYAWNWIRQ FPGKKLEWMG YINFDGGTTY NPSLRGRISI TRDTSKNQFF LQLRSVTPE DTATYYCATF YGAKGTLDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPVCGDTSG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGFSIT SDYAWNWIRQ FPGKKLEWMG YINFDGGTTY NPSLRGRISI TRDTSKNQFF LQLRSVTPE DTATYYCATF YGAKGTLDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPVCGDTSG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VTSSTWPSQS ITCNVAHPAS STKVDKKIEP RGP

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分子 #2: 5D3(Fab) light chain variable domain

分子名称: 5D3(Fab) light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.594016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DIVLTQSPSS FSVSLGDRVT ISCKASGYIL NRLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLETGFPS RFSGTGSGKD YTLSISSLQT EDVGTYYCQ QYWSTPWTFG GGTKLEIRRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVLTQSPSS FSVSLGDRVT ISCKASGYIL NRLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLETGFPS RFSGTGSGKD YTLSISSLQT EDVGTYYCQ QYWSTPWTFG GGTKLEIRRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #3: ATP-binding cassette sub-family G member 2

分子名称: ATP-binding cassette sub-family G member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type xenobiotic transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.385852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSSNVEVFI PVSQGNTNGF PATASNDLKA FTEGAVLSFH NICYRVKLKS GFLPCRKPVE KEILSNINGI MKPGLNAILG PTGGGKSSL LDVLAARKDP SGLSGDVLIN GAPRPANFKC NSGYVVQDDV VMGTLTVREN LQFSAALRLA TTMTNHEKNE R INRVIQEL ...文字列:
MSSSNVEVFI PVSQGNTNGF PATASNDLKA FTEGAVLSFH NICYRVKLKS GFLPCRKPVE KEILSNINGI MKPGLNAILG PTGGGKSSL LDVLAARKDP SGLSGDVLIN GAPRPANFKC NSGYVVQDDV VMGTLTVREN LQFSAALRLA TTMTNHEKNE R INRVIQEL GLDKVADSKV GTQFIRGVSG GERKRTSIGM ELITDPSILF LDEPTTGLDS STANAVLLLL KRMSKQGRTI IF SIHQPRY SIFKLFDSLT LLASGRLMFH GPAQEALGYF ESAGYHCEAY NNPADFFLDI INGDSTAVAL NREEDFKATE IIE PSKQDK PLIEKLAEIY VNSSFYKETK AELHQLSGGE KKKKITVFKE ISYTTSFCHQ LRWVSKRSFK NLLGNPQASI AQII VTVVL GLVIGAIYFG LKNDSTGIQN RAGVLFFLTT NQCFSSVSAV ELFVVEKKLF IHEYISGYYR VSSYFLGKLL SDLLP MRML PSIIFTCIVY FMLGLKPKAD AFFVMMFTLM MVAYSASSMA LAIAAGQSVV SVATLLMTIC FVFMMIFSGL LVNLTT IAS WLSWLQYFSI PRYGFTALQH NEFLGQNFCP GLNATGNNPC NYATCTGEEY LVKQGIDLSP WGLWKNHVAL ACMIVIF LT IAYLKLLFLK KYS

UniProtKB: Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #6: ~{tert}-butyl 3-[(2~{S},5~{S},8~{S})-14-cyclopentyloxy-2-(2-methy...

分子名称: ~{tert}-butyl 3-[(2~{S},5~{S},8~{S})-14-cyclopentyloxy-2-(2-methylpropyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,17-triazatetracyclo[8.7.0.0^{3,8}.0^{11,16}]heptadeca-1(10),11,13,15-tetraen-5-yl]propanoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: BWQ
分子量理論値: 523.664 Da
Chemical component information

ChemComp-BWQ:
~{tert}-butyl 3-[(2~{S},5~{S},8~{S})-14-cyclopentyloxy-2-(2-methylpropyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,17-triazatetracyclo[8.7.0.0^{3,8}.0^{11,16}]heptadeca-1(10),11,13,15-tetraen-5-yl]propanoate

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 48 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 0.04 M / 構成要素 - 名称: Hepes
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was mono-disperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 99.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3953

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 205986
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6eti


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化温度因子: 50
得られたモデル

PDB-8q7b:
ABCG2 in complex with MZ29 and 5D3 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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