[日本語] English
万見
- EMDB-18203: Copper-transporting ATPase HMA4 in E1 state with Cu -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18203
タイトルCopper-transporting ATPase HMA4 in E1 state with Cu
マップデータ
試料
  • 複合体: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica
    • タンパク質・ペプチド: Copper-transporting ATPase HMA4
  • リガンド: COPPER (II) ION
キーワードP-ATPase / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / vacuolar membrane / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase HMA4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Guo Z / Gourdon P / Wang K
資金援助 デンマーク, 2件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR133-A12689 デンマーク
LundbeckfondenR324-2019-1855 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Diverse roles of the metal binding domains and transport mechanism of copper transporting P-type ATPases.
著者: Zongxin Guo / Fredrik Orädd / Viktoria Bågenholm / Christina Grønberg / Jian Feng Ma / Peter Ott / Yong Wang / Magnus Andersson / Per Amstrup Pedersen / Kaituo Wang / Pontus Gourdon /
要旨: Copper transporting P-type (P-) ATPases are essential for cellular homeostasis. Nonetheless, the E1-E1P-E2P-E2 states mechanism of P-ATPases remains poorly understood. In particular, the role of the ...Copper transporting P-type (P-) ATPases are essential for cellular homeostasis. Nonetheless, the E1-E1P-E2P-E2 states mechanism of P-ATPases remains poorly understood. In particular, the role of the intrinsic metal binding domains (MBDs) is enigmatic. Here, four cryo-EM structures and molecular dynamics simulations of a P-ATPase are combined to reveal that in many eukaryotes the MBD immediately prior to the ATPase core, MBD, serves a structural role, remodeling the ion-uptake region. In contrast, the MBD prior to MBD, MBD, likely assists in copper delivery to the ATPase core. Invariant Tyr, Asn and Ser residues in the transmembrane domain assist in positioning sulfur-providing copper-binding amino acids, allowing for copper uptake, binding and release. As such, our findings unify previously conflicting data on the transport and regulation of P-ATPases. The results are critical for a fundamental understanding of cellular copper homeostasis and for comprehension of the molecular bases of P-disorders and ongoing clinical trials.
履歴
登録2023年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18203.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.5534537 - 0.87726617
平均 (標準偏差)0.00034262612 (±0.023264457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 270.84802 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18203_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18203_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica

全体名称: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica
要素
  • 複合体: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica
    • タンパク質・ペプチド: Copper-transporting ATPase HMA4
  • リガンド: COPPER (II) ION

-
超分子 #1: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica

超分子名称: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)

-
分子 #1: Copper-transporting ATPase HMA4

分子名称: Copper-transporting ATPase HMA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 105.236398 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEQNGENHLK DPLLQADGGG SGASPAGASP RKERKTRKVM FNVRGISCAS CAVSIETVVA GLKGVESVSV SPLQGQAVVQ YRPEEADAR TIKEAIEGLN FEVDELQEQE IAVCRLQIKG MACTSCSESV ERALQMVPGV KKAAVGLALE EAKVHFDPNI T SRDLIIEA ...文字列:
MEQNGENHLK DPLLQADGGG SGASPAGASP RKERKTRKVM FNVRGISCAS CAVSIETVVA GLKGVESVSV SPLQGQAVVQ YRPEEADAR TIKEAIEGLN FEVDELQEQE IAVCRLQIKG MACTSCSESV ERALQMVPGV KKAAVGLALE EAKVHFDPNI T SRDLIIEA IEDAGFGADL ISSGDDVNKV HLKLEGVSSP EDIKLIQSRL ESVEGVNNVE CDTAGQTIIV AYDPDVTGPR LL IQCIQDA AQPPKYFNAS LYSPPKQREA ERHHEIRNYR NQFLWSCLFS VPVFMFSMVL PMISPFGDWL FYKVCNNMTI GML LRWLLC SPVQFIIGWR FYVGAYHALK RGYSNMDVLV ALGTNAAYFY SVYIVLKALT SESFEGQDFF ETSAMLISFI LLGK YLEVV AKGKTSDALS KLTELAPETA CLLTLDKDGN AISETEISTQ LLQRNDVIKI VPGEKVPVDG VVIKGQSHVN ESMIT GEAR PIAKKPGDKV IGGTVNDNGC IIVKVTHVGS ETALSQIVQL VEAAQLARAP VQKLADRISR FFVPTVVVAA FLTWLG WFV AGQFDIYPRE WIPKAMDSFE LALQFGISVL VVACPCALGL ATPTAVMVAT GKGASQGVLI KGGNALEKAH KVKAIIF DK TGTLTVGKPS VVQTKVFSKI PLLELCDLAA GAEANSEHPL SKAIVEYTKK LREQYGSHSD HIMESKDFEV HPGAGVSA N VEGKLVLVGN KRLMQEFEVP ISSEVEGHMS ETEELARTCV LVAIDRTICG ALSVSDPLKP EAGRAISYLS SMGISSIMV TGDNWATAKS IAKEVGIGTV FAEIDPVGKA EKIKDLQMKG LTVAMVGDGI NDSPALAAAD VGLAIGAGTD VAIEAADIVL MRSSLEDVI TAIDLSRKTL SRIRLNYVWA LGYNVLGMPV AAGVLFPFTG IRLPPWLAGA CMAASSVSVV CSSLLLQLYK K PLHVEEVA AGPKNDPDLV

UniProtKB: Copper-transporting ATPase HMA4

-
分子 #2: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClSodium chloride
0.5 mMCuCl2cupric chloride
1.0 mMTCEPTris (2-carboxyethyl) phosphine

詳細: 20mM tris-hcl, 150mM NaCl, o.5mM CuCl2, 1mM TCEP
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 246045
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る