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- EMDB-18188: Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trast... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18188
タイトルAtomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex
マップデータFigure 1a in the related article. Consensus map obtained from classic homogeneous refinement.
試料
  • 複合体: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Trastuzumab fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Trastuzumab Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Pertuzumab Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Pertuzumab Fab heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードErbB-2 / Pertuzumab / Trastuzumab / Ternary complex / Protein / Flexibility / Continuous conformation / Cryo-EM / Single particle analysis / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / neuromuscular junction development / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of MAP kinase activity / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / coreceptor activity / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of translation / positive regulation of epithelial cell proliferation / neuromuscular junction / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Downregulation of ERBB2 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / heart development / presynaptic membrane / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / basolateral plasma membrane / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / cell population proliferation / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ruedas R / Vuillemot R / Tubiana T / Winter JM / Pieri L / Arteni AA / Samson C / Jonic J / Mathieu M / Bressanelli S
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Other private
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structure and conformational variability of the HER2-trastuzumab-pertuzumab complex.
著者: Rémi Ruedas / Rémi Vuillemot / Thibault Tubiana / Jean-Marie Winter / Laura Pieri / Ana-Andreea Arteni / Camille Samson / Slavica Jonic / Magali Mathieu / Stéphane Bressanelli /
要旨: Single particle analysis from cryogenic transmission electron microscopy (cryo-EM) is particularly attractive for complexes for which structure prediction remains intractable, such as antibody- ...Single particle analysis from cryogenic transmission electron microscopy (cryo-EM) is particularly attractive for complexes for which structure prediction remains intractable, such as antibody-antigen complexes. Here we obtain the detailed structure of a particularly difficult complex between human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) and the antigen-binding fragments from two distinct therapeutic antibodies binding to distant parts of the flexible HER2, pertuzumab and trastuzumab (HTP). We highlight the strengths and limitations of current data processing software in dealing with various kinds of heterogeneities, particularly continuous conformational heterogeneity, and in describing the motions that can be extracted from our dataset. Our HTP structure provides a more detailed view than the one previously available for this ternary complex. This allowed us to pinpoint a previously overlooked loop in domain IV that may be involved both in binding of trastuzumab and in HER2 dimerization. This finding may contribute to explain the synergistic anticancer effect of the two antibodies. We further propose that the flexibility of the HTP complex, beyond the difficulties it causes for cryo-EM analysis, actually reflects regulation of HER2 signaling and its inhibition by therapeutic antibodies. Notably we obtain our best data with ultra-thin continuous carbon grids, showing that with current cameras their use to alleviate particle misdistribution is compatible with a protein complex of only 162 kDa. Perhaps most importantly, we provide here a dataset for such a smallish protein complex for further development of software accounting for continuous conformational heterogeneity in cryo-EM images.
履歴
登録2023年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Figure 1a in the related article. Consensus map obtained from classic homogeneous refinement.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.44141936 - 1.0247518
平均 (標準偏差)0.00039093936 (±0.018959016)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 324.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs

全体名称: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs
要素
  • 複合体: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Trastuzumab fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Trastuzumab Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Pertuzumab Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Pertuzumab Fab heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs

超分子名称: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Fab fragment from trastuzumab and pertuzumab linked to the extracellular domain of erbb2 (her2)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 171.364 KDa

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分子 #1: Trastuzumab fab light chain

分子名称: Trastuzumab fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.466031 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQDVN TAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASFLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QHYTTPPTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQDVN TAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASFLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QHYTTPPTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #2: Trastuzumab Fab heavy chain

分子名称: Trastuzumab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.42518 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNIK DTYIHWVRQA PGKGLEWVAR IYPTNGYTRY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCSRW GGDGFYAMDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNIK DTYIHWVRQA PGKGLEWVAR IYPTNGYTRY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCSRW GGDGFYAMDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EP

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分子 #3: Pertuzumab Fab light chain

分子名称: Pertuzumab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.548152 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCKASQDVS IGVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASYRYTGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYYIYPYTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCKASQDVS IGVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASYRYTGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYYIYPYTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: Pertuzumab Fab heavy chain

分子名称: Pertuzumab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.674486 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFT DYTMDWVRQA PGKGLEWVAD VNPNSGGSIY NQRFKGRFTL SVDRSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARN LGPSFYFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFT DYTMDWVRQA PGKGLEWVAD VNPNSGGSIY NQRFKGRFTL SVDRSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARN LGPSFYFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSC

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分子 #5: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

分子名称: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.794086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ...文字列:
TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ACHPCSPMCK GSRCWGESSE DCQSLTRTVC AGGCARCKGP LPTDCCHEQC AAGCTGPKHS DCLACLHFNH SG ICELHCP ALVTYNTDTF ESMPNPEGRY TFGASCVTAC PYNYLSTDVG SCTLVCPLHN QEVTAEDGTQ RCEKCSKPCA RVC YGLGME HLREVRAVTS ANIQEFAGCK KIFGSLAFLP ESFDGDPASN TAPLQPEQLQ VFETLEEITG YLYISAWPDS LPDL SVFQN LQVIRGRILH NGAYSLTLQG LGISWLGLRS LRELGSGLAL IHHNTHLCFV HTVPWDQLFR NPHQALLHTA NRPED ECVG EGLACHQLCA RGHCWGPGPT QCVNCSQFLR GQECVEECRV LQGLPREYVN ARHCLPCHPE CQPQNGSVTC FGPEAD QCV ACAHYKDPPF CVARCPSGVK PDLSYMPIWK FPDEEGACQP CPINCTHSCV DLDDKGCPAE Q

UniProtKB: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8928 / 平均露光時間: 4.71 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 240000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: HELIUM

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2954825
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: 1z8z and 1s78 pdb were used to build the startup model.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 711008
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)

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原子モデル構築 1

初期モデル
ChainPDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1n8z

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1s78

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1s78

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6oge

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8q6j:
Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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