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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17865 | |||||||||
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タイトル | Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state with additional mode B promoter (transcriptase conformation) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Viral polymerase / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / Uncharacterized protein / Putative PB1 / RNA-dependent RNA polymerase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tilapia lake virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Arragain B / Cusack S | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural and functional analysis of the minimal orthomyxovirus-like polymerase of Tilapia Lake Virus from the highly diverged Amnoonviridae family. 著者: Benoit Arragain / Martin Pelosse / Albert Thompson / Stephen Cusack / 要旨: Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ...Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ends and encode proteins with no known homologues, apart from the segment 1, which encodes an orthomyxo-like RNA-dependent-RNA polymerase core subunit. Here we show that segments 1-3 encode respectively the PB1, PB2 and PA-like subunits of an active heterotrimeric polymerase that maintains all domains found in the distantly related influenza polymerase, despite an unprecedented overall size reduction of 40%. Multiple high-resolution cryo-EM structures of TiLV polymerase in pre-initiation, initiation and active elongation states, show how it binds the vRNA and cRNA promoters and performs RNA synthesis, with both transcriptase and replicase configurations being characterised. However, the highly truncated endonuclease-like domain appears inactive and the putative cap-binding domain is autoinhibited, emphasising that many functional aspects of TiLV polymerase remain to be elucidated. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17865.map.gz | 9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17865-v30.xml emd-17865.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17865_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17865.png | 87.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17865_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17865.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_17865_additional_1.map.gz emd_17865_half_map_1.map.gz emd_17865_half_map_2.map.gz | 80.9 MB 81.1 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17865 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17865 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17865_validation.pdf.gz | 875.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17865_full_validation.pdf.gz | 875.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17865_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17865_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17865 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17865 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pszMC 8psnC 8psoC 8psqC 8pssC 8psuC 8psxC 8pt2C 8pt6C 8pt7C 8pthC 8ptjC 8qz8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17865.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17865_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17865_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17865_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17865_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Tilapia lake virus polymerase
+超分子 #1: Tilapia lake virus polymerase
+分子 #1: Polymerase acidic protein (PA-like)
+分子 #2: Putative PB1
+分子 #3: RNA-dependent RNA polymerase
+分子 #4: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
+分子 #5: Transcription-like product
+分子 #6: ZINC ION
+分子 #7: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-...
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8psz: |