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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17793 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cell-free synthesized human histamine H2 receptor coupled to heterotrimeric Gs protein in lipid environment | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / Cell-free / H2R / human histamine 2 receptor / active conformation / complex / detergent-free / lipid environment / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gastric acid secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...gastric acid secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Schnelle K / Koeck Z / Persechino M / Umbach S / Schihada H / Januliene D / Parey K / Pockes S / Kolb P / Doetsch V ...Schnelle K / Koeck Z / Persechino M / Umbach S / Schihada H / Januliene D / Parey K / Pockes S / Kolb P / Doetsch V / Moeller A / Hilger D / Bernhard F | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of cell-free synthesized human histamine 2 receptor/G complex in nanodisc environment. 著者: Zoe Köck / Kilian Schnelle / Margherita Persechino / Simon Umbach / Hannes Schihada / Dovile Januliene / Kristian Parey / Steffen Pockes / Peter Kolb / Volker Dötsch / Arne Möller / Daniel ...著者: Zoe Köck / Kilian Schnelle / Margherita Persechino / Simon Umbach / Hannes Schihada / Dovile Januliene / Kristian Parey / Steffen Pockes / Peter Kolb / Volker Dötsch / Arne Möller / Daniel Hilger / Frank Bernhard / 要旨: Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the human histamine 2 receptor (HR) in an active conformation with bound histamine and in complex with G heterotrimeric protein at an ...Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the human histamine 2 receptor (HR) in an active conformation with bound histamine and in complex with G heterotrimeric protein at an overall resolution of 3.4 Å. The complex was generated by cotranslational insertion of the receptor into preformed nanodisc membranes using cell-free synthesis in E. coli lysates. Structural comparison with the inactive conformation of HR and the inactive and G-coupled active state of HR together with structure-guided functional experiments reveal molecular insights into the specificity of ligand binding and G protein coupling for this receptor family. We demonstrate lipid-modulated folding of cell-free synthesized HR, its agonist-dependent internalization and its interaction with endogenously synthesized HR and HR in HEK293 cells by applying a recently developed nanotransfer technique. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17793.map.gz | 84.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17793-v30.xml emd-17793.xml | 29.4 KB 29.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17793_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17793.png | 140.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17793_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17793.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_17793_additional_1.map.gz emd_17793_additional_2.map.gz emd_17793_half_map_1.map.gz emd_17793_half_map_2.map.gz | 85.9 MB 45.1 MB 84.6 MB 84.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17793 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17793_validation.pdf.gz | 980.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17793_full_validation.pdf.gz | 980 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17793_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17793_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pokMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.924 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17793_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17793_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpen map
ファイル | emd_17793_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpen map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17793_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17793_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : H2 receptor coupled to heterotrimeric Gs protein
+超分子 #1: H2 receptor coupled to heterotrimeric Gs protein
+超分子 #2: Histamine H2 receptor
+超分子 #3: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...
+超分子 #4: Nanobody35
+分子 #1: Histamine H2 receptor
+分子 #2: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...
+分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
+分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
+分子 #5: Nanobody35
+分子 #6: HISTAMINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |