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万見
- EMDB-17762: Cryo-EM structure of active Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17762
タイトルCryo-EM structure of active Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) complex with prFMN bound
マップデータPCD holo-complex with prFMN co-factor bound
試料
  • 複合体: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound
    • タンパク質・ペプチド: Phthaloyl-CoA decarboxylase
  • リガンド: hydroxylated prenyl-FMN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードprFMN / plastic degradation / Phthalates / anaerobic / light sensitive / Co-enzyme A / decarboxylase / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phthaloyl-CoA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Kayastha K / Ermler U
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Active Pcd complex with prFMN bound
著者: Kayastha K / Ermler U
履歴
登録2023年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PCD holo-complex with prFMN co-factor bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 240 pix.
= 267.84 Å		1.12 Å/pix.
x 240 pix.
= 267.84 Å		1.12 Å/pix.
x 240 pix.
= 267.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.116 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0105
最小 - 最大-0.020756237 - 0.066668086
平均 (標準偏差)0.000096289994 (±0.002448544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 267.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17762_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17762_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound

全体名称: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound
要素
  • 複合体: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound
    • タンパク質・ペプチド: Phthaloyl-CoA decarboxylase
  • リガンド: hydroxylated prenyl-FMN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound

超分子名称: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Phthaloyl-CoA decarboxylase

分子名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: prFMN / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
分子量理論値: 58.985941 KDa
組換発現生物種: Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
配列文字列: MNDLATKGIS EAAERVGEKD LRAALEWFRS KGYLVETNKE VNPDLEITGL QKIFDGSLPM LFNNVKDMPH ARAITNLFGD IRVVEELFG WENSLDRVKK VARAIDHPLK PVIIGQDEAP VQEEVLTTDL DVNKWLTAIR HTPLETEMTI GSGISCVVGP Y FDGGSHIG ...文字列:
MNDLATKGIS EAAERVGEKD LRAALEWFRS KGYLVETNKE VNPDLEITGL QKIFDGSLPM LFNNVKDMPH ARAITNLFGD IRVVEELFG WENSLDRVKK VARAIDHPLK PVIIGQDEAP VQEEVLTTDL DVNKWLTAIR HTPLETEMTI GSGISCVVGP Y FDGGSHIG YNRMNFRWGN VGTFQISPGS HMWQVMTEHY KDDEPIPLTM CFGVPPSCTY VAGAGFDYAI LPKGCDEIGI AG AIQGSPV RLVKCRTIDA YTLADAEYVL EGYLHPRDKR YETAESEAAD IQGRFHFHPE WAGYMGKAYK APTFHVTAIT MRR RESKPI IFPLGVHTAD DANIDTSVRE SAIFALCERL QPGIVQNVHI PYCMTDWGGC IIQVKKRNQI EEGWQRNFLA AILA CSQGM RLAIAVSEDV DIYSMDDIMW CLTTRVNPQT DILNPLPGGR GQTFMPAERM TSGDKQWTAS NTQFEGGMGI DATVP YGYE SDFHRPVYGV DLVKPENFFD AKDIDKMKSR MAGWVLSLAR TGR

UniProtKB: Phthaloyl-CoA decarboxylase

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分子 #2: hydroxylated prenyl-FMN

分子名称: hydroxylated prenyl-FMN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: BYN
分子量理論値: 542.476 Da
Chemical component information

ChemComp-BYN:
hydroxylated prenyl-FMN

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分子 #3: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 135 sec. / 前処理 - 気圧: 38.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9974 / 平均露光時間: 2.82 sec. / 平均電子線量: 50.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2206933
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 743306
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8pmk:
Cryo-EM structure of active Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) complex with prFMN bound

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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