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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17756 | |||||||||
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タイトル | Structure of the murine trace amine-associated receptor TAAR7f bound to N,N-dimethylcyclohexylamine (DMCH) in complex with mini-Gs trimeric G protein | |||||||||
マップデータ | Consensus map of the mTAAR7f receptor bound to NDMCH in complex with miniGs trimer | |||||||||
試料 |
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キーワード | trace-amine associated receptor / TAAR / mTAAR7f / GPCR / receptor / G protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trace-amine receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels ...trace-amine receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Gusach A / Lee Y / Edwards PC / Huang F / Weyand SN / Tate CG | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Molecular recognition of an aversive odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f. 著者: Anastasiia Gusach / Yang Lee / Armin Nikpour Khoshgrudi / Elizaveta Mukhaleva / Ning Ma / Eline J Koers / Qingchao Chen / Patricia C Edwards / Fanglu Huang / Jonathan Kim / Filippo Mancia / ...著者: Anastasiia Gusach / Yang Lee / Armin Nikpour Khoshgrudi / Elizaveta Mukhaleva / Ning Ma / Eline J Koers / Qingchao Chen / Patricia C Edwards / Fanglu Huang / Jonathan Kim / Filippo Mancia / Dmitry B Verprintsev / Nagarajan Vaidehi / Simone N Weyand / Christopher G Tate / 要旨: There are two main families of G protein-coupled receptors that detect odours in humans, the odorant receptors (ORs) and the trace amine-associated receptors (TAARs). Their amino acid sequences are ...There are two main families of G protein-coupled receptors that detect odours in humans, the odorant receptors (ORs) and the trace amine-associated receptors (TAARs). Their amino acid sequences are distinct, with the TAARs being most similar to the aminergic receptors such as those activated by adrenaline, serotonin and histamine. To elucidate the structural determinants of ligand recognition by TAARs, we have determined the cryo-EM structure of a murine receptor, mTAAR7f, coupled to the heterotrimeric G protein G and bound to the odorant N,N-dimethylcyclohexylamine (DMCH) to an overall resolution of 2.9 Å. DMCH is bound in a hydrophobic orthosteric binding site primarily through van der Waals interactions and a strong charge-charge interaction between the tertiary amine of the ligand and an aspartic acid residue. This site is distinct and non-overlapping with the binding site for the odorant propionate in the odorant receptor OR51E2. The structure, in combination with mutagenesis data and molecular dynamics simulations suggests that the activation of the receptor follows a similar pathway to that of the β-adrenoceptors, with the significant difference that DMCH interacts directly with one of the main activation microswitch residues. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17756.map.gz | 93 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17756-v30.xml emd-17756.xml | 29.1 KB 29.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17756_fsc.xml | 12.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17756.png | 121 KB | ||
マスクデータ | emd_17756_msk_1.map emd_17756_msk_2.map | 196.4 MB 196.4 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17756.cif.gz | 8 KB | ||
その他 | emd_17756_additional_1.map.gz emd_17756_half_map_1.map.gz emd_17756_half_map_2.map.gz | 93.6 MB 182.4 MB 182.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17756 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17756_validation.pdf.gz | 937.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17756_full_validation.pdf.gz | 936.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17756_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17756_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17756 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pm2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 196.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus map of the mTAAR7f receptor bound to NDMCH in complex with miniGs trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.824 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17756_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_17756_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Receptor-focused map
ファイル | emd_17756_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Receptor-focused map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of the consensus map
ファイル | emd_17756_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of the consensus map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of the consensus map
ファイル | emd_17756_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of the consensus map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized...
全体 | 名称: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized in LMNG/CHS bound to N,N-dimethylcyclohexylamine and coupled to: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit ...名称: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized in LMNG/CHS bound to N,N-dimethylcyclohexylamine and coupled to: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoform short + Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 + Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 + Nanobody 35 |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized...
超分子 | 名称: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized in LMNG/CHS bound to N,N-dimethylcyclohexylamine and coupled to: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit ...名称: A complex of mouse trace-amine associated receptor 7f solubilized in LMNG/CHS bound to N,N-dimethylcyclohexylamine and coupled to: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoform short + Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 + Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 + Nanobody 35 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.964734 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKLEDYFP ...文字列: GNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GGQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKLEDYFP EFARYTTPED ATPEPGEDPR VTRAKYFIRD EFLRISTASG DGRHYCYPHF TCAVDTENAR RIFNDCRDII QR MHLRQYE LL |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.342785 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: There is an engineered mutation C68S introduced / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.845078 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFSAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: Nanobody 35
分子 | 名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 16.926076 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSNYKMNWVR QAPGKGLEWV SDISQSGASI SYTGSVKGR FTISRDNAKN TLYLQMNSLK PEDTAVYYCA RCPAPFTRDC FDVTSTTYAY RGQGTQVTVS SHHHHHH |
-分子 #5: Trace amine-associated receptor 7f
分子 | 名称: Trace amine-associated receptor 7f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 詳細: mTAAR7f sequence contains cleaved protease sites: TEV (S residue on the N terminus) and HRV-3C (C terminus) コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 41.012539 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SMSIADETVS WNQDSILSRD LFSATSAELC YENLNRSCVR SPYSPGPRLI LYAVFGFGAV LAVCGNLLVM TSILHFRQLH SPANFLVAS LACADFLVGV MVMPFSMVRS VEGCWYFGDS YCKLHTCFDV SFCYCSLFHL CFISVDRYIA VSDPLAYPTR F TASVSGKC ...文字列: SMSIADETVS WNQDSILSRD LFSATSAELC YENLNRSCVR SPYSPGPRLI LYAVFGFGAV LAVCGNLLVM TSILHFRQLH SPANFLVAS LACADFLVGV MVMPFSMVRS VEGCWYFGDS YCKLHTCFDV SFCYCSLFHL CFISVDRYIA VSDPLAYPTR F TASVSGKC ITFSWLLSIS YGFSLIYTGA SEAGLEDLVS SLTCVGGCQI AVNQTWVFIN FSVFLIPTLV MITVYSKIFL IA KQQAQNI EKMSKQTARA SDSYKDRVAK RERKAAKTLG IAVAAFLLSW LPYFIDSFID AFLGFITPTY VYEILVWIVY YNS AMNPLI YAFFYPWFRK AIKLTVTGKI LRENSSTTNL FSELEVLFQ UniProtKB: Trace amine-associated receptor 7f |
-分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #7: ~{N},~{N}-dimethylcyclohexanamine
分子 | 名称: ~{N},~{N}-dimethylcyclohexanamine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 8IA |
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分子量 | 理論値: 127.227 Da |
Chemical component information | ChemComp-8IA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: Forward Power of 38 W, Reflected Power of 2W; Fischione | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11157 / 平均露光時間: 7.84 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.4 µm / 倍率(補正後): 96000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other 詳細: Initial models of heterotrimeric mini-Gs and Nb35 were sourced from PDB 7T9I. A de novo model of TAAR7f was generated from the focused map and protein sequence using ModelAngelo |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-8pm2: |