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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17691 | |||||||||
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タイトル | 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of the human pyruvate dehydrogenase complex (icosahedral symmetry) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | pyruvate dehydrogenase complex / PDHc / E2 / cryo-EM / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Protein lipoylation / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process ...PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Protein lipoylation / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zdanowicz R / Afanasyev P / Boehringer D / Glockshuber R | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Stoichiometry and architecture of the human pyruvate dehydrogenase complex. 著者: Rafal Zdanowicz / Pavel Afanasyev / Adam Pruška / Julian A Harrison / Christoph Giese / Daniel Boehringer / Alexander Leitner / Renato Zenobi / Rudi Glockshuber / 要旨: The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a key megaenzyme linking glycolysis with the citric acid cycle. In mammalian PDHc, dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) and the dihydrolipoamide ...The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a key megaenzyme linking glycolysis with the citric acid cycle. In mammalian PDHc, dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) and the dihydrolipoamide dehydrogenase-binding protein (E3BP) form a 60-subunit core that associates with the peripheral subunits pyruvate dehydrogenase (E1) and dihydrolipoamide dehydrogenase (E3). The structure and stoichiometry of the fully assembled, mammalian PDHc or its core remained elusive. Here, we demonstrate that the human PDHc core is formed by 48 E2 copies that bind 48 E1 heterotetramers and 12 E3BP copies that bind 12 E3 homodimers. Cryo-electron microscopy, together with native and cross-linking mass spectrometry, confirmed a core model in which 8 E2 homotrimers and 12 E2-E2-E3BP heterotrimers assemble into a pseudoicosahedral particle such that the 12 E3BP molecules form six E3BP-E3BP intertrimer interfaces distributed tetrahedrally within the 60-subunit core. The even distribution of E3 subunits in the peripheral shell of PDHc guarantees maximum enzymatic activity of the megaenzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17691.map.gz | 44 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17691-v30.xml emd-17691.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17691_fsc.xml | 15.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17691.png | 230.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17691.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_17691_half_map_1.map.gz emd_17691_half_map_2.map.gz | 337.7 MB 337.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17691 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17691_validation.pdf.gz | 774 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17691_full_validation.pdf.gz | 773.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17691_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17691_validation.cif.gz | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17691 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17691_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17691_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of th...
全体 | 名称: 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of the human pyruvate dehydrogenase complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of th...
超分子 | 名称: 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of the human pyruvate dehydrogenase complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.6 MDa |
-分子 #1: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruva...
分子 | 名称: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 59.811832 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSLPPHQKVP LPSLSPTMQA GTIARWEKKE GDKINEGDLI AEVETDKATV GFESLEECYM AKILVAEGTR DVPIGAIICI TVGKPEDIE AFKNYTLDSS AAPTPQAAPA PTPAATASPP TPSAQAPGSS YPPHMQVLLP ALSPTMTMGT VQRWEKKVGE K LSEGDLLA ...文字列: MSLPPHQKVP LPSLSPTMQA GTIARWEKKE GDKINEGDLI AEVETDKATV GFESLEECYM AKILVAEGTR DVPIGAIICI TVGKPEDIE AFKNYTLDSS AAPTPQAAPA PTPAATASPP TPSAQAPGSS YPPHMQVLLP ALSPTMTMGT VQRWEKKVGE K LSEGDLLA EIETDKATIG FEVQEEGYLA KILVPEGTRD VPLGTPLCII VEKEADISAF ADYRPTEVTD LKPQVPPPTP PP VAAVPPT PQPLAPTPSA PCPATPAGPK GRVFVSPLAK KLAVEKGIDL TQVKGTGPDG RITKKDIDSF VPSKVAPAPA AVV PPTGPG MAPVPTGVFT DIPISNIRRV IAQRLMQSKQ TIPHYYLSID VNMGEVLLVR KELNKILEGR SKISVNDFII KASA LACLK VPEANSSWMD TVIRQNHVVD VSVAVSTPAG LITPIVFNAH IKGVETIAND VVSLATKARE GKLQPHEFQG GTFTI SNLG MFGIKNFSAI INPPQACILA IGASEDKLVP ADNEKGFDVA SMMSVTLSCD HRVVDGAVGA QWLAEFRKYL EKPITM LL UniProtKB: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |