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万見- EMDB-17645: Structure of a heteropolymeric type 4 pilus from a monoderm bacterium -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17645 | |||||||||
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タイトル | Structure of a heteropolymeric type 4 pilus from a monoderm bacterium | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial pilus Type 4 pilus / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 establishment of competence for transformation / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus sanguinis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Anger R / Pieulle L / Shahin M / Valette O / Le Guenno H / Kosta A / Pelicic V / Fronzes R | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of a heteropolymeric type 4 pilus from a monoderm bacterium. 著者: Robin Anger / Laetitia Pieulle / Meriam Shahin / Odile Valette / Hugo Le Guenno / Artemis Kosta / Vladimir Pelicic / Rémi Fronzes / 要旨: Type 4 pili (T4P) are important virulence factors, which belong to a superfamily of nanomachines ubiquitous in prokaryotes, called type 4 filaments (T4F). T4F are defined as helical polymers of type ...Type 4 pili (T4P) are important virulence factors, which belong to a superfamily of nanomachines ubiquitous in prokaryotes, called type 4 filaments (T4F). T4F are defined as helical polymers of type 4 pilins. Recent advances in cryo-electron microscopy (cryo-EM) led to structures of several T4F, revealing that the long N-terminal α-helix (α1) - the trademark of pilins - packs in the centre of the filaments to form a hydrophobic core. In diderm bacteria - all available bacterial T4F structures are from diderm species - a portion of α1 is melted (unfolded). Here we report that this architecture is conserved in phylogenetically distant monoderm species by determining the structure of Streptococcus sanguinis T4P. Our 3.7 Å resolution cryo-EM structure of S. sanguinis heteropolymeric T4P and the resulting full atomic model including all minor pilins highlight universal features of bacterial T4F and have widespread implications in understanding T4F biology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17645.map.gz | 62.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17645-v30.xml emd-17645.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17645_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17645.png | 58.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17645.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_17645_half_map_1.map.gz emd_17645_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17645 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17645_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17645_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17645_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17645_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17645 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pfbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17645_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17645_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type 4 pilus of Streptococcus sanguinis
全体 | 名称: Type 4 pilus of Streptococcus sanguinis |
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要素 |
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-超分子 #1: Type 4 pilus of Streptococcus sanguinis
超分子 | 名称: Type 4 pilus of Streptococcus sanguinis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus sanguinis (バクテリア) |
-分子 #1: Type IV pilin PilE1
分子 | 名称: Type IV pilin PilE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus sanguinis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 14.752422 KDa |
配列 | 文字列: FTLVELIVVI IIIAIIAAVA IPAITSFQDN ARKSRIQSEH RELVSAIQSY IGAQDDPTNP SEITLAKLAP YMSKNAKNED GIVNSLAKD KSGNSSTSAP GSAHQIDTTN HKLISTFTPS NGGQATVLTY DWSANGVNSN UniProtKB: Type IV pilin PilE1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.0460000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.492 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |