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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17629 | |||||||||
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タイトル | Symmetry expanded D7 local refined map of mitochondrial heat-shock protein 60-like protein from Chaetomium thermophilum | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | mitochondrial heat-shock protein 60-like protein / Stress response / ATP-binding / Nucleotide-binding / Chaetomium thermophilum / native cell extracts / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Semchonok DA / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Symmetry expanded D7, locally refined cryo-EM map of mitochondrial heat shock protein 60-like protein Chaetomium thermophilum. 著者: Semchonok DA / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17629.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17629-v30.xml emd-17629.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17629_fsc.xml | 8.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17629.png | 84.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17629_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_17629_half_map_1.map.gz emd_17629_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17629 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17629_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17629_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17629_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17629_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17629 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pe8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17629_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17629_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17629_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : native cell extract of Chaetomium thermophilum
全体 | 名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum |
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要素 |
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-超分子 #1: native cell extract of Chaetomium thermophilum
超分子 | 名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified and fractionated (fraction 25) cell lysate of Chaetomium thermophilum |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) |
分子量 | 理論値: 60 KDa |
-分子 #1: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
分子 | 名称: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) |
分子量 | 理論値: 60.669473 KDa |
配列 | 文字列: MQRALTRASV SSPLATARVR SAQQLRFAHK ELKFGVEGRA ALLNGVETLA KAVATTLGPK GRNVLIESTF GSPKITKDGV TVAKAISLK DKFENLGAKL LAEVASKTNE VAGDGTTTAT VLARAIFSEM VKNVAAGCNP MDLRRGIQAA VDAVVEYLQQ N KRDITTSA ...文字列: MQRALTRASV SSPLATARVR SAQQLRFAHK ELKFGVEGRA ALLNGVETLA KAVATTLGPK GRNVLIESTF GSPKITKDGV TVAKAISLK DKFENLGAKL LAEVASKTNE VAGDGTTTAT VLARAIFSEM VKNVAAGCNP MDLRRGIQAA VDAVVEYLQQ N KRDITTSA EIAQVATISA NGDQHIGKLI ASAMEKVGKE GVITVKEGKT LQDELEVTEG MRFDRGFVSP YFITDAKAQK VE FEKPLIL LSEQKISAAT DIIPALEISH KMRRPLVIIA EDIDGEALAV CILNKLRGQL EVAAVKAPGF GDNRKSILGD IAV LTNGTV FTNELDVKLE KVTPDMLGST GSITITKEDT IILNGDGSKD AIAQRCEQIR GAMNDPSTSE YEKEKLQERL AKLS GGVAV IKVGGSSEVE VGEKKDRFVD ALNATRAAVE EGILPGGGTA LIKASVNALN NLKPANFDQQ LGVNIIKNAI TRPAR MIVE NAGLEGSVVI GKISDEYAAD FNKGFNSATG EYVDMIQAGI LDPLKVVRTG LIDASGVASL LGTTEVAIVE APEEKG PAG GMGGMGGMGG MM UniProtKB: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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特殊光学系 | 位相板: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1109 / 平均電子線量: 28.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model 詳細: The initial model consisted of the complete monomeric unit of HSP60 |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8pe8: |