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万見
- EMDB-17539: Cryo-EM structure of dimeric UBR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17539
タイトルCryo-EM structure of dimeric UBR5
マップデータAmplitude-scaled map (LocScale).
試料
  • 複合体: Dimer of UBR5
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5
  • リガンド: ZINC ION
キーワードE3 / ubiquitin ligase / HECT / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


heterochromatin boundary formation / protein K29-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling ...heterochromatin boundary formation / protein K29-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / protein K48-linked ubiquitination / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of smoothened signaling pathway / ubiquitin binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of gene expression / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase EDD, ubiquitin-associated domain / : / E3 ubiquitin ligase EDD / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain ...E3 ubiquitin ligase EDD, ubiquitin-associated domain / : / E3 ubiquitin ligase EDD / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UBR5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Aguirre JD / Kater L / Kempf G / Cavadini S / Thoma NH
資金援助 スイス, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179541 スイス
Swiss National Science Foundation201206 スイス
European Research Council (ERC)884331European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: UBR5 forms ligand-dependent complexes on chromatin to regulate nuclear hormone receptor stability.
著者: Jonathan M Tsai / Jacob D Aguirre / Yen-Der Li / Jared Brown / Vivian Focht / Lukas Kater / Georg Kempf / Brittany Sandoval / Stefan Schmitt / Justine C Rutter / Pius Galli / Colby R Sandate ...著者: Jonathan M Tsai / Jacob D Aguirre / Yen-Der Li / Jared Brown / Vivian Focht / Lukas Kater / Georg Kempf / Brittany Sandoval / Stefan Schmitt / Justine C Rutter / Pius Galli / Colby R Sandate / Jevon A Cutler / Charles Zou / Katherine A Donovan / Ryan J Lumpkin / Simone Cavadini / Paul M C Park / Quinlan Sievers / Charlie Hatton / Elizabeth Ener / Brandon D Regalado / Micah T Sperling / Mikołaj Słabicki / Jeonghyeon Kim / Rebecca Zon / Zinan Zhang / Peter G Miller / Roger Belizaire / Adam S Sperling / Eric S Fischer / Rafael Irizarry / Scott A Armstrong / Nicolas H Thomä / Benjamin L Ebert /
要旨: Nuclear hormone receptors (NRs) are ligand-binding transcription factors that are widely targeted therapeutically. Agonist binding triggers NR activation and subsequent degradation by unknown ligand- ...Nuclear hormone receptors (NRs) are ligand-binding transcription factors that are widely targeted therapeutically. Agonist binding triggers NR activation and subsequent degradation by unknown ligand-dependent ubiquitin ligase machinery. NR degradation is critical for therapeutic efficacy in malignancies that are driven by retinoic acid and estrogen receptors. Here, we demonstrate the ubiquitin ligase UBR5 drives degradation of multiple agonist-bound NRs, including the retinoic acid receptor alpha (RARA), retinoid x receptor alpha (RXRA), glucocorticoid, estrogen, liver-X, progesterone, and vitamin D receptors. We present the high-resolution cryo-EMstructure of full-length human UBR5 and a negative stain model representing its interaction with RARA/RXRA. Agonist ligands induce sequential, mutually exclusive recruitment of nuclear coactivators (NCOAs) and UBR5 to chromatin to regulate transcriptional networks. Other pharmacological ligands such as selective estrogen receptor degraders (SERDs) degrade their receptors through differential recruitment of UBR5 or RNF111. We establish the UBR5 transcriptional regulatory hub as a common mediator and regulator of NR-induced transcription.
履歴
登録2023年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17539.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Amplitude-scaled map (LocScale).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 384 pix.
= 429.312 Å		1.12 Å/pix.
x 384 pix.
= 429.312 Å		1.12 Å/pix.
x 384 pix.
= 429.312 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.118 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0873
最小 - 最大-0.22077656 - 0.539069
平均 (標準偏差)0.0009429277 (±0.011623248)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 429.312 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full map.

ファイルemd_17539_additional_1.map
注釈Full map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A.

ファイルemd_17539_half_map_1.map
注釈Half-map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B.

ファイルemd_17539_half_map_2.map
注釈Half-map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimer of UBR5

全体名称: Dimer of UBR5
要素
  • 複合体: Dimer of UBR5
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Dimer of UBR5

超分子名称: Dimer of UBR5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 313.263688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGF RTMTSIHFVV HPLPGTEDQL NDRLREVSEK LNKYNLNSHP PLNVLEQATI KQCVVGPNH AAFLLEDGRV CRIGFSVQPD RLELGKPDNN DGSKLNSNSG AGRTSRPGRT SDSPWFLSGS ETLGRLAGNT L GSRWSSGV ...文字列:
MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGF RTMTSIHFVV HPLPGTEDQL NDRLREVSEK LNKYNLNSHP PLNVLEQATI KQCVVGPNH AAFLLEDGRV CRIGFSVQPD RLELGKPDNN DGSKLNSNSG AGRTSRPGRT SDSPWFLSGS ETLGRLAGNT L GSRWSSGV GGSGGGSSGR SSAGARDSRR QTRVIRTGRD RGSGLLGSQP QPVIPASVIP EELISQAQVV LQGKSRSVII RE LQRTNLD VNLAVNNLLS RDDEDGDDGD DTASESYLPG EDLMSLLDAD IHSAHPSVII DADAMFSEDI SYFGYPSFRR SSL SRLGSS RVLLLPLERD SELLRERESV LRLRERRWLD GASFDNERGS TSKEGEPNLD KKNTPVQSPV SLGEDLQWWP DKDG TKFIC IGALYSELLA VSSKGELYQW KWSESEPYRN AQNPSLHHPR ATFLGLTNEK IVLLSANSIR ATVATENNKV ATWVD ETLS SVASKLEHTA QTYSELQGER IVSLHCCALY TCAQLENSLY WWGVVPFSQR KKMLEKARAK NKKPKSSAGI SSMPNI TVG TQVCLRNNPL YHAGAVAFSI SAGIPKVGVL MESVWNMNDS CRFQLRSPES LKNMEKASKT TEAKPESKQE PVKTEMG PP PSPASTCSDA SSIASSASMP YKRRRSTPAP KEEEKVNEEQ WSLREVVFVE DVKNVPVGKV LKVDGAYVAV KFPGTSSN T NCQNSSGPDA DPSSLLQDCR LLRIDELQVV KTGGTPKVPD CFQRTPKKLC IPEKTEILAV NVDSKGVHAV LKTGNWVRY CIFDLATGKA EQENNFPTSS IAFLGQNERN VAIFTAGQES PIILRDGNGT IYPMAKDCMG GIRDPDWLDL PPISSLGMGV HSLINLPAN STIKKKAAVI IMAVEKQTLM QHILRCDYEA CRQYLMNLEQ AVVLEQNLQM LQTFISHRCD GNRNILHACV S VCFPTSNK ETKEEEEAER SERNTFAERL SAVEAIANAI SVVSSNGPGN RAGSSSSRSL RLREMMRRSL RAAGLGRHEA GA SSSDHQD PVSPPIAPPS WVPDPPAMDP DGDIDFILAP AVGSLTTAAT GTGQGPSTST IPGPSTEPSV VESKDRKANA HFI LKLLCD SVVLQPYLRE LLSAKDARGM TPFMSAVSGR AYPAAITILE TAQKIAKAEI SSSEKEEDVF MGMVCPSGTN PDDS PLYVL CCNDTCSFTW TGAEHINQDI FECRTCGLLE SLCCCTECAR VCHKGHDCKL KRTSPTAYCD CWEKCKCKTL IAGQK SARL DLLYRLLTAT NLVTLPNSRG EHLLLFLVQT VARQTVEHCQ YRPPRIREDR NRKTASPEDS DMPDHDLEPP RFAQLA LER VLQDWNALKS MIMFGSQENK DPLSASSRIG HLLPEEQVYL NQQSGTIRLD CFTHCLIVKC TADILLLDTL LGTLVKE LQ NKYTPGRREE AIAVTMRFLR SVARVFVILS VEMASSKKKN NFIPQPIGKC KRVFQALLPY AVEELCNVAE SLIVPVRM G IARPTAPFTL ASTSIDAMQG SEELFSVEPL PPRPSSDQSS SSSQSQSSYI IRNPQQRRIS QSQPVRGRDE EQDDIVSAD VEEVEVVEGV AGEEDHHDEQ EEHGEENAEA EGQHDEHDED GSDMELDLLA AAETESDSES NHSNQDNASG RRSVVTAATA GSEAGASSV PAFFSEDDSQ SNDSSDSDSS SSQSDDIEQE TFMLDEPLER TTNSSHANGA AQAPRSMQWA VRNTQHQRAA S TAPSSTST PAASSAGLIY IDPSNLRRSG TISTSAAAAA AALEASNASS YLTSASSLAR AYSIVIRQIS DLMGLIPKYN HL VYSQIPA AVKLTYQDAV NLQNYVEEKL IPTWNWMVSI MDSTEAQLRY GSALASAGDP GHPNHPLHAS QNSARRERMT ARE EASLRT LEGRRRATLL SARQGMMSAR GDFLNYALSL MRSHNDEHSD VLPVLDVCSL KHVAYVFQAL IYWIKAMNQQ TTLD TPQLE RKRTRELLEL GIDNEDSEHE NDDDTNQSAT LNDKDDDSLP AETGQNHPFF RRSDSMTFLG CIPPNPFEVP LAEAI PLAD QPHLLQPNAR KEDLFGRPSQ GLYSSSASSG KCLMEVTVDR NCLEVLPTKM SYAANLKNVM NMQNRQKKEG EEQPVL PEE TESSKPGPSA HDLAAQLKSS LLAEIGLTES EGPPLTSFRP QCSFMGMVIS HDMLLGRWRL SLELFGRVFM EDVGAEP GS ILTELGGFEV KESKFRREME KLRNQQSRDL SLEVDRDRDL LIQQTMRQLN NHFGRRCATT PMAVHRVKVT FKDEPGEG S GVARSFYTAI AQAFLSNEKL PNLECIQNAN KGTHTSLMQR LRNRGERDRE REREREMRRS SGLRAGSRRD RDRDFRRQL SIDTRPFRPA SEGNPSDDPE PLPAHRQALG ERLYPRVQAM QPAFASKITG MLLELSPAQL LLLLASEDSL RARVDEAMEL IIAHGRENG ADSILDLGLV DSSEKVQQEN RKRHGSSRSV VDMDLDDTDD GDDNAPLFYQ PGKRGFYTPR PGKNTEARLN C FRNIGRIL GLCLLQNELC PITLNRHVIK VLLGRKVNWH DFAFFDPVMY ESLRQLILAS QSSDADAVFS AMDLAFAIDL CK EEGGGQV ELIPNGVNIP VTPQNVYEYV RKYAEHRMLV VAEQPLHAMR KGLLDVLPKN SLEDLTAEDF RLLVNGCGEV NVQ MLISFT SFNDESGENA EKLLQFKRWF WSIVEKMSMT ERQDLVYFWT SSPSLPASEE GFQPMPSITI RPPDDQHLPT ANTC ISRLY VPLYSSKQIL KQKLLLAIKT KNFGFV

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 399325
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8p82:
Cryo-EM structure of dimeric UBR5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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