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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17451 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with Mab-23 (Fab) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Antibody / Spike / Complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Das H / Hallberg BM | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with Mab-23 (Fab domains) 著者: Das H / Hallberg BM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17451.map.gz | 295.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17451-v30.xml emd-17451.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17451_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17451.png | 88.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17451.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_17451_half_map_1.map.gz emd_17451_half_map_2.map.gz | 475.6 MB 475.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17451 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17451 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17451_validation.pdf.gz | 970.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17451_full_validation.pdf.gz | 969.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17451_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17451_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17451 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17451 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8p5mMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17451_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17451_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies
全体 | 名称: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies |
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要素 |
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-超分子 #1: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies
超分子 | 名称: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 95.7 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 spike (RBD)
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike (RBD) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: Monoclonal Antibody Mab-23
超分子 | 名称: Monoclonal Antibody Mab-23 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.002676 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: Mab-23 (Heavy chain variable domain)
分子 | 名称: Mab-23 (Heavy chain variable domain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.500398 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCTASGFTFS NYGFHWVRQA PGKGLEWVTI ISYDGITKHY ADSVKDRFTV SRDNSKTMVY LQMNNLKLD DTAVYYCARD LGTYDDSWGQ GVLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGLVKDYF PEVTSWNSGA L TSGVHTFP ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCTASGFTFS NYGFHWVRQA PGKGLEWVTI ISYDGITKHY ADSVKDRFTV SRDNSKTMVY LQMNNLKLD DTAVYYCARD LGTYDDSWGQ GVLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGLVKDYF PEVTSWNSGA L TSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKVEPKSCDK THTCPPCPAP ELLGGPSVFL FP PKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSHEDP EVKFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQYNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVS NKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSRDETKN QVSLTCLVKG FYPSDIAVEW ESNGQPENNY KTTPPVLDSD GSFF LYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE ALHNHYTQKS LSLSPGK |
-分子 #3: Mab-23 (Light chain variable domain)
分子 | 名称: Mab-23 (Light chain variable domain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.234852 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSA LSASVGDRVT ISCRASQNID GFLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASRLQSGIPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAAYYCQ QVYSAPLTFG GGTKVEFKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSA LSASVGDRVT ISCRASQNID GFLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASRLQSGIPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAAYYCQ QVYSAPLTFG GGTKVEFKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 4774 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |