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- EMDB-17324: Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17324
タイトルCryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with product, benzoyl-CoA
マップデータ
試料
  • 複合体: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA
    • タンパク質・ペプチド: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
  • リガンド: benzoyl coenzyme A
  • リガンド: hydroxylated prenyl-FMN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water
キーワードprFMN / plastic degradation / Phthalates / anaerobic / light sensitive / Co-enzyme A / decarboxylase / benzoyl CoA / product bound / FLAVOPROTEIN
生物種Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kayastha K / Ermler U
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with product, benzoyl-CoA
著者: Kayastha K / Ermler U
履歴
登録2023年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17324.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.84 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.84 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 267.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00552
最小 - 最大-0.01202261 - 0.03840886
平均 (標準偏差)0.000029388057 (±0.0013507288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17324_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17324_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA

全体名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA
要素
  • 複合体: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA
    • タンパク質・ペプチド: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
  • リガンド: benzoyl coenzyme A
  • リガンド: hydroxylated prenyl-FMN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA

超分子名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with benzoyl-CoA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)

分子名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Pcd monomers bound with co-factors prFMN, Fe, K and reaction product, Benzoyl-CoA.
コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
分子量理論値: 57.682492 KDa
配列文字列: ERVGEKDLRA ALEWFRSKGY LVETNKEVNP DLEITGLQKI FDGSLPMLFN NVKDMPHARA ITNLFGDIRV VEELFGWENS LDRVKKVAR AIDHPLKPVI IGQDEAPVQE EVLTTDLDVN KWLTAIRHTP LETEMTIGSG ISCVVGPYFD GGSHIGYNRM N FRWGNVGT ...文字列:
ERVGEKDLRA ALEWFRSKGY LVETNKEVNP DLEITGLQKI FDGSLPMLFN NVKDMPHARA ITNLFGDIRV VEELFGWENS LDRVKKVAR AIDHPLKPVI IGQDEAPVQE EVLTTDLDVN KWLTAIRHTP LETEMTIGSG ISCVVGPYFD GGSHIGYNRM N FRWGNVGT FQISPGSHMW QVMTEHYKDD EPIPLTMCFG VPPSCTYVAG AGFDYAILPK GCDEIGIAGA IQGSPVRLVK CR TIDAYTL ADAEYVLEGY LHPRDKRYET AESEAADIQG RFHFHPEWAG YMGKAYKAPT FHVTAITMRR RESKPIIFPL GVH TADDAN IDTSVRESAI FALCERLQPG IVQNVHIPYC MTDWGGCIIQ VKKRNQIEEG WQRNFLAAIL ACSQGMRLAI AVSE DVDIY SMDDIMWCLT TRVNPQTDIL NPLPGGRGQT FMPAERMTSG DKQWTASNTQ FEGGMGIDAT VPYGYESDFH RPVYG VDLV KPENFFDAKD IDKMKSRMAG WVLSLARTGR

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分子 #2: benzoyl coenzyme A

分子名称: benzoyl coenzyme A / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: BYC
分子量理論値: 871.64 Da
Chemical component information

ChemComp-BYC:
benzoyl coenzyme A

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分子 #3: hydroxylated prenyl-FMN

分子名称: hydroxylated prenyl-FMN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: BYN
分子量理論値: 542.476 Da
Chemical component information

ChemComp-BYN:
hydroxylated prenyl-FMN

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分子 #4: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 59 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 135 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6743 / 平均露光時間: 3.38 sec. / 平均電子線量: 52.27 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2081809
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 821681
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: pdb from the first holo-complex was used
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8p02:
Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with product, benzoyl-CoA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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